كانت البحرية ترغب في الحصول على طائرات منذ حرب عام 1965، ولكن وفقًا لتاريخ سلاح الجو في ويكيبيديا الإنجليزية، عارضت القوات الجوية إنشاء فرع طيران بحري مستقل، ولم تكن الأموال متوفرة. حُسم الخلاف خلال حرب عام 1971، عندما اضطرت البحرية إلى استعارة طائرة فوكر إف 27 من الخطوط الجوية الباكستانية الدولية للبحث عن سفن هندية قبالة كراتشي. تبع ذلك وصول طائرات ويستلاند سي كينغ من البحرية الملكية في الفترة 1974-1975، وكانت بحاجة إلى قاعدة لها.

كانت قاعدة مهران البحرية هي ذلك المقر. اكتمل بناء مركز قيادتها في 25 سبتمبر 1975، وافتُتحت القاعدة في اليوم التالي بقيادة النقيب فضل راب. وبدلاً من بناء مدرج جديد، استقرت البحرية بجوار قاعدة القوات الجوية الباكستانية في طريق دريغ، حيث تقع اليوم قاعدة فيصل الجوية. تشير ويكيبيديا إلى أن مهران تشترك في الولاية القضائية مع فيصل وثكنة فيصل، وتُدرج قائمة المطارات التابعة لها القاعدة الجوية البحرية تحت رمز فيصل، OPSF. على مدار السنوات التالية، استقبلت مهران سرب الأطلسي (رقم 29، اعتبارًا من أغسطس 1976)، وسرب ألوت (رقم 333، 1977)، وطائرات إف-27 التابعة للسرب رقم 27 (1982). وفي عام 1990، أصبحت، وفقًا لويكيبيديا، أول قاعدة طيران بحرية باكستانية قادرة على العمل ليلاً.

كانت طائرات بريغيه أتلانتيك التابعة للسرب رقم 29 أطول الطائرات مدىً في البحرية. في 10 أغسطس 1999، بعد شهر من حرب كارجيل، تم اعتراض إحداها، التي كانت تحلق تحت اسم أتلانتيك-91 وعلى متنها 16 رجلاً، بالقرب من الحدود في ران كوتش بواسطة طائرتين هنديتين من طراز ميغ-21، وأُسقطت بصاروخ آر-60. قُتل جميع من كانوا على متنها.

لا يزال سبب تحرك الطائرة محل خلاف. تقول الهند إنها اقتربت لمسافة 10 كيلومترات من الحدود، وعبرت المجال الجوي الهندي قرب خور كوري، وتصرفت بطريقة عدائية. بينما تقول باكستان إنها كانت رحلة تدريبية غير مسلحة داخل المجال الجوي الباكستاني، وأن حطامها سقط على الأراضي الباكستانية. رفعت باكستان دعوى أمام محكمة العدل الدولية في 21 سبتمبر/أيلول 1999؛ وفي 21 يونيو/حزيران 2000، قضت المحكمة بعدم اختصاصها، دون البت في الوقائع. استمرت طائرات أتلانتيك في التحليق من مطار مهران حتى تم إخراجها من الخدمة رسميًا في سبتمبر/أيلول 2012.

في وقت متأخر من يوم 22 مايو/أيار 2011، بعد ثلاثة أسابيع من مقتل أسامة بن لادن على يد القوات الأمريكية في أبوت آباد، اقتحم مسلحون قاعدة مهران البحرية. وأعلنت حركة طالبان الباكستانية أن الهجوم كان انتقامًا لمقتل بن لادن. واستمر القتال نحو 16 ساعة وفقًا لموقع ويكيبيديا، و17 ساعة وفقًا لقناة الجزيرة. ودُمرت طائرتان من طراز P-3C أوريون على الأرض؛ وتشير مقالة ويكيبيديا عن طائرة أوريون إلى أن ذلك كان يمثل نصف أسطول طائرات P-3C التابع للبحرية آنذاك. وتم إجلاء أحد عشر فنيًا صينيًا وستة مستشارين أمريكيين كانوا في القاعدة سالمين.

لم تُحسم الأرقام بعد. أفادت قناة الجزيرة بأن الحكومة والبحرية أحصتا ستة مهاجمين، بينما أحصى تقرير للشرطة ما بين عشرة واثني عشر، وأن هذا التباين دفع المحللين إلى الاشتباه في وجود مساعدة داخلية؛ إذ ذكر التقرير مقتل عشرة أشخاص في القاعدة. أما ويكيبيديا، فتشير إلى مقتل 18 من أفراد الأمن وإصابة 16 آخرين، وتقدر الخسائر المادية بنحو 6.47 مليار روبية. ويضيف التقرير أن أفرادًا من البحرية خضعوا لاحقًا للتحقيق للاشتباه في صلتهم بحركة طالبان. وقد وافقت الولايات المتحدة في يونيو/حزيران 2011 على استبدال طائرتي أوريون، ووصلت طائرتان إضافيتان من طراز P-3C في فبراير/شباط 2012.

شهد خط طيران قاعدة مهران الجوية تغييراتٍ في العقد الأخير تفوق ما شهده في الثلاثين عامًا السابقة. أُحيلت طائرات إف-27 إلى التقاعد في 21 يناير 2020. ووصلت طائرات إيه تي آر 72، التي حوّلتها شركة راينلاند إير سيرفيس الألمانية إلى طائرات دورية من طراز آر إيه إس 72 سي إيجل، منذ يونيو 2018، وتُدرجها ويكيبيديا ضمن السرب رقم 29. وفي 2 سبتمبر 2021، استقبل رئيس أركان البحرية، الأدميرال محمد أمجد خان نيازي، أول طائرة سي سلطان في مهران: وهي طائرة أعمال من طراز إمبراير لاينيج 1000 إي مُعدّلة للدوريات البحرية بعيدة المدى، بمدى يصل إلى 8500 كيلومتر، وفقًا لما ذكرته صحيفة نافال نيوز. وأفادت نافال نيوز بوجود عقد لثلاث طائرات، وإجمالي عشر طائرات في نهاية المطاف؛ ولم يُنشر عدد الطائرات التي وصلت منذ ذلك الحين.

هذا النمط مقصود. يصف موقع "قوة"، وهو موقع باكستاني لتحليل الشؤون الدفاعية، طائرة "سي سلطان" بأنها محور الجهود المبذولة لاستبدال طائرات "بي-3 سي" المتقادمة، وذلك باستخدام هياكل طائرات تجارية مزودة بأجهزة استشعار جاهزة لخفض التكاليف. لكن ما لم يُجب عنه الموقع بعد هو ما إذا كان بإمكان قوة بحرية تمتلك عددًا محدودًا من طائرات الدورية مراقبة بحر العرب بمفردها.