V roce 1941 se kanadské královské letectvo vydalo hledat rovinatou oblast na úpatí splavné vody na řece Saguenay a našlo ji. Oblast měla vyčištěnou zemědělskou půdu, geografickou izolaci, nedaleký hlubokomořský přístav Port-Alfred a železniční trať. V létě byla zahájena výstavba dvou letišť: stanice RCAF St-Honoré poblíž Chicoutimi, která byla otevřena v červnu 1942, a stanice RCAF Bagotville v La Baie, která byla otevřena 17. července 1942 s podzákladnou St-Honoré.

To, co dělalo Saguenay hodnou obrany, byl hliník. Huť Alcan v Arvidě byla jedním z největších průmyslových závodů v Kanadě a produkovala podstatnou část kovu, z něhož byly postaveny spojenecké vzdušné síly, a vodní elektrárny, které ji poháněly, se nacházely ve stejném údolí. V roce 1942 německé ponorky potápěly lodě v Mexickém zálivu a na dolním toku řeky Svatého Vavřince v bitvě, která se stala známou jako bitva o Svatého Vavřince. Bagotville a Mont-Joli byly společně postaveny proti hrozbě a uklidnily místní strach, což nebyla triviální část úkolu.

Stanice měla dva úkoly najednou. První operační výcviková jednotka (OUT) cvičila stíhací piloty z celého Commonwealthu v rámci britského leteckého výcvikového plánu Commonwealthu na letounech Hurricane, Kittyhawk, Harvard a Lysander; byla to jediná výcviková základna pro stíhací letouny Hurricane v zemi. Vedle ní sídlila 130. peruť "Panthère", operační jednotka protivzdušné obrany pro huť, jejíž motto "Défendez le Saguenay" později přijala celá základna. 129. peruť převzala úkol protivzdušné obrany 24. října 1943 a o dva měsíce později jej převzala 1. operační výcviková jednotka (OUT).

Matematika výcviku je střízlivá. V 29 kurzech během 28 měsíců absolvovala 1. operační tým (OTU) 940 stíhacích pilotů a 41 mužů zahynulo. S klesající poptávkou po leteckých posádkách stanice upadala: 1. operační tým ukončil činnost 28. října 1944, v listopadu byl rozpuštěn a Bagotville a St-Honoré byly uzavřeny a zakonzervovány 5. ledna 1945.

425. peruť byla zformována na základně RAF Dishforth v Yorkshiru 22. června 1942 jako první francouzsko-kanadská jednotka Královského kanadského letectva, létající na holínkách Vickers Wellington v rámci 6. letecké skupiny. Do války vstoupila v noci z 5. na 6. října 1942 proti Cáchám. V roce 1943 byla nasazena do Kairouanu v Tunisku a operovala proti Itálii a Sicílii, než se v listopadu vrátila do Anglie. V prosinci se přeměnila na Handley Page Halifax a v únoru 1944 absolvovala svůj první bojový let s Halifaxem.

Její poslední operace ve válce se uskutečnila 25. dubna 1945 proti dělostřeleckým bateriím na fríském ostrově Wangerooge. Poté byla znovu vybavena kanadskými letouny Avro Lancaster Mk X a v červnu odletěla domů, aby se připravila na Tiger Force a invazi do Japonska. Atomové bomby učinily Tiger Force zbytečnými a 425. prapor byl rozpuštěn na základně RCAF Debert 5. září 1945, necelé tři týdny po japonské kapitulaci.

Eskadra se v říjnu 1954 znovu zformovala v St-Hubert na letounu CF-100 Canuck, koncem roku 1961 se stala operační výcvikovou jednotkou pro CF-101 Voodoo v Namao a v létě 1962 se přesunula do Bagotville, kde sídlí dodnes. 1. července 1984 se přeměnila na CF-188 Hornet. V roce 2008 získala své první bojové vyznamenání od druhé světové války za operaci Allied Force nad Kosovem.

Její nedávná historie je převážně východoevropská. V roce 2014 byly v rámci zárukových opatření NATO po anexi Krymu vyslány čtyři letouny do Câmpia Turzii v Rumunsku; v březnu 2016 byl čtyřčlenný oddíl s přibližně 100 vojáky nasazen na základnu Mihail Kogălniceanu v rámci cvičení Resilient Resolve; a v roce 2022 se letka vrátila na základnu Mihail Kogălniceanu za účelem posílené letecké policie v oblasti Černého moře. To je praktický význam stíhací základny na Saguenay ve 20. letech 21. století.

Bagotville bylo znovu aktivováno 1. července 1951 s tím, jak se zostřovala korejská a studená válka, nejprve jako výcviková základna pro letky určené do Evropy. 413. a 414. perutě zde pracovaly na letounech Sabre, než byly v březnu 1953 nasazeny do Evropy na cvičení Leapfrog III. 431. peruť se v lednu 1954 znovu zformovala na letounu Sabre jako provizorní opatření a o devět měsíců později byla deaktivována. V roce 1954 dorazil k perutím 432. a 440. letoun CF-100 Canuck do každého počasí a v roce 1957 se k nim jako cvičný letoun připojil CT-133 Silver Star.

Voodoo změnilo charakter základny. 416. peruť se zformovala v Bagotville na letounech CF-101 v roce 1961 a následující rok se přesunula do Chathamu; 425. peruť dorazila v létě 1962 se stejným typem. Tato letadla byla upravena tak, aby nesla raketu AIR-2 Genie, neřízenou raketu vzduch-vzduch s jadernou hlavicí určenou k ničení celých formací sovětských bombardérů, a hlavice byly skladovány v Bagotville v rámci úschovních ujednání, která následovala po krizi, jež v roce 1963 svrhla Diefenbakerovu vládu.

Zůstali tam až do doby, než byla zbraň na začátku 80. let stažena. Je to část historie základny, která je pro návštěvníky nejméně viditelná, a zároveň ta, která nejvíce mění to, čím toto místo bylo: po dvě desetiletí žilo klidné quebecké město na fjordech hned vedle amerických jaderných zbraní a toto uspořádání nebylo ani tajné, ani se o něm moc nediskutovalo.

Sjednocení 1. února 1968 změnilo základnu RCAF Bagotville na CFB Bagotville. V témže roce se zde pro výcvik zformovala 410. peruť, která se v roce 1982 přesunula do Cold Lake; 433. peruť dorazila z reorganizace v září 1969 s CF-5; 434. "Bluenose" nahradila 410. peruť v roce 1982 a v červenci 1985 odjela do Chathamu. 1. července 1984 vyměnila 425. peruť své Voodoo za Hornety a v roce 1985 první dva Hornety převzaly nepřetržitou pohotovost NORAD.

433. peruť byla zformována na základně RAF Skipton-on-Swale 25. září 1943 a poté téměř dva měsíce stála bez letadel. Když dorazily Halifaxy Mk III, byla připravena k provozu 2. ledna 1944. Rok létala v noci nad kontinentem, než byla v lednu 1945 přeměněna na Lancastery. Mezi lednem 1944 a dubnem 1945 Porcupines absolvovaly 2 316 úspěšných misí. Po válce přepravovaly vojáky a válečné zajatce domů z Německa a Itálie, dokud se peruť 15. října 1945 ve Skipton-on-Swale nerozpustila.

Dne 15. listopadu 1954 se v Cold Lake reformovala jako stíhací letka pro všechny úkazy, v říjnu 1955 se přesunula do North Bay, létala na letounu CF-100 v rámci severoamerické protivzdušné obrany a 31. července 1961 se rozpadla. Vrátila se 26. září 1969 v Bagotville jako francouzsky mluvící letka mobilního velitelství, létající na letounu CF-5 Freedom Fighter v taktické a průzkumné roli a v roce 1984 se přeměnila na CF-188 Hornet. V roce 1986 ukončila provoz kvůli restrukturalizaci a v lednu 1988 se vrátila na letounu Hornet.

Pak byla znovu zničena. Dne 14. července 2005 byla peruť po 62 letech deaktivována a její letadla i personál byli začleněni do 425. perutě, která se stala dvojjazyčnou jednotkou. Dikobrazi existovali pouze jako památka a odznak – zlatý dikobraz na stříbře s mottem "Qui s'y frotte s'y pique", zhruba "kdo se o něj otře, dostane píchnutí" – a lidé z perutě se rozprchli.

Dne 9. června 2015 byla v Bagotville znovu aktivována, čímž se Královské kanadské letectvo obnovilo na čtyři stíhací perutě. Velitel letectva, který se zúčastnil ceremoniálu, generálporučík Yvan Blondin, zahájil svou kariéru na CF-188 s letkou 433 a o deset let dříve podepsal rozkaz, kterým byla tato peruť vyřazena z provozu. Členové perutě jsou známí jako "Ti-pics" a toto slovo používal i on sám o sobě.

Mezi 19. a 21. červencem 1996 způsobily dva týdny dešťů na nasycené půdě největší povodeň v kanadské historii dvacátého století. Během dvou dnů napršela řeka Saguenay srážkami, jejichž objem je popsán jako objem, který přeteče přes Niagarské vodopády za čtyři týdny; částmi Chicoutimi a La Baie protekly více než dva metry vody. Při povodni zemřelo deset lidí a další dva při sesuvech půdy, které způsobila, bylo zničeno 488 domů a 1 230 poškozeno, 16 000 lidí bylo evakuováno a škody dosáhly přibližně 1,5 miliardy kanadských dolarů.

Bagotville se stalo útočištěm regionu. V rámci operace Saguenay, jedné z největších domácích záchranných operací, které kanadské ozbrojené síly provedly, základna ubytovala 4 189 evakuovaných a její kuchyně připravila rekordních 15 000 jídel. Postavení základny v Saguenay není otázkou náborových plakátů; spočívá v čtrnáctidenním období v roce 1996, které většina lidí v údolí stále dokáže popsat.

V běžných letech probíhá vztah prostřednictvím výplatní pásky a letecké show. V Bagotville pracuje přibližně 1700 vojenských i civilních osob, což z něj činí jednoho z největších zaměstnavatelů v regionu. Mezinárodní letecký veletrh Spectacle aérien international de Bagotville se koná zhruba každé dva roky od roku 1953; ročník 2024, který se konal 22. a 23. června, přilákal o víkendu rekordních 151 000 lidí, v sobotu 83 000 a v neděli 68 000, po pětileté pauze. Na základně se nachází Muzeum letecké obrany (Musée de la défense aérienne) s vystavenými letadly venku.

Budoucnost přichází v podobě betonu. 1. března 1999 zde byla postavena 12. radarová letka, která nahradila uzavřenou radarovou stanici v Mont Apica. V roce 2012 bylo zformováno velitelství expedičního křídla 2e Escadre a v roce 2023 pro něj začala výstavba zařízení v hodnotě $131 milionů dolarů. V srpnu 2024 zahájilo Pomerleau práce na zařízení rychlé reakce NORAD pro CF-35A v hodnotě $120 milionů dolarů: 7 400 metrů čtverečních hangárů, kanceláří a ubikací pro posádku uvnitř zabezpečeného komplexu o rozloze 17 000 metrů čtverečních, který má být dokončen v roce 2027 a který zajistí přes 600 regionálních pracovních míst.