In 1941 ging de Royal Canadian Air Force op zoek naar vlak land aan het begin van de bevaarbare wateren van de Saguenay en vond het. De regio bestond uit ontgonnen landbouwgrond, geografische isolatie, de nabijgelegen diepwaterhaven van Port-Alfred en een spoorlijn. Die zomer begon de bouw van twee vliegvelden: RCAF Station St-Honoré bij Chicoutimi, dat in juni 1942 werd geopend, en RCAF Station Bagotville in La Baie, dat op 17 juli 1942 werd geopend met St-Honoré als subbasis.

Wat de Saguenay de moeite waard maakte om te verdedigen, was aluminium. De Alcan-smelterij in Arvida was een van de grootste industriële complexen in Canada en produceerde een aanzienlijk deel van het metaal waarmee de geallieerde luchtmacht werd opgebouwd. De waterkrachtcentrales die de smelterij van stroom voorzagen, bevonden zich in hetzelfde dal. In 1942 brachten Duitse onderzeeërs schepen tot zinken in de Golf en de benedenloop van de Saint Lawrence-rivier, in wat bekend werd als de Slag om de Saint Lawrence. Bagotville en Mont-Joli werden samen opgericht om de dreiging te neutraliseren en de lokale angst te sussen, wat geen geringe taak was.

Het station had twee functies tegelijk. De 1e Operationele Trainingseenheid (OTU) trainde gevechtspiloten uit het hele Gemenebest in het kader van het Britse Gemenebest Luchtvaarttrainingsplan op Hurricanes, Kittyhawks, Harvards en Lysanders; het was de enige trainingsbasis voor Hurricane-gevechtsvliegtuigen in het land. Daarnaast was er het 130e "Panthère" Squadron, een operationele luchtverdedigingseenheid voor de smelterij, waarvan het motto "Défendez le Saguenay" (Verdedig de Sage) later door de hele basis werd overgenomen. Het 129e Squadron nam de luchtverdedigingstaak over op 24 oktober 1943 en twee maanden later werd het door de 1e OTU opgenomen.

De cijfers van de training zijn ontnuchterend. In 29 cursussen over een periode van 28 maanden leidde 1 OTU 940 gevechtspiloten op, terwijl 41 mannen om het leven kwamen. Naarmate de vraag naar vliegpersoneel afnam, raakte de basis in verval: 1 OTU staakte de activiteiten op 28 oktober 1944, werd in november ontbonden en Bagotville en St-Honoré werden op 5 januari 1945 gesloten en buiten gebruik gesteld.

425 Squadron werd op 22 juni 1942 opgericht op RAF Dishforth in Yorkshire als de eerste Frans-Canadese eenheid van de Royal Canadian Air Force. Het vloog met Vickers Wellingtons en maakte deel uit van No. 6 Group. In de nacht van 5 op 6 oktober 1942 vertrok het squadron naar Aken voor de oorlog. In 1943 werd het gestationeerd in Kairouan in Tunesië en voerde het operaties uit tegen Italië en Sicilië, voordat het in november terugkeerde naar Engeland. In december werd het squadron omgebouwd naar de Handley Page Halifax en in februari 1944 vloog het zijn eerste Halifax-missie.

De laatste operatie van het squadron tijdens de oorlog vond plaats op 25 april 1945, tegen artilleriebatterijen op het Friese eiland Wangerooge. Daarna werd het squadron uitgerust met in Canada gebouwde Avro Lancaster Mk X-vliegtuigen en vloog het in juni terug naar huis ter voorbereiding op Tiger Force en de invasie van Japan. De atoombommen maakten Tiger Force overbodig en 425 werd op 5 september 1945 ontbonden op RCAF-basis Debert, minder dan drie weken na de Japanse overgave.

Het squadron werd in oktober 1954 opnieuw opgericht in St-Hubert met de CF-100 Canuck, werd eind 1961 de operationele trainingseenheid voor de CF-101 Voodoo in Namao en verhuisde in de zomer van 1962 naar Bagotville, waar het sindsdien is gestationeerd. Op 1 juli 1984 werd het squadron omgebouwd naar de CF-188 Hornet. In 2008 ontving het zijn eerste gevechtsonderscheiding sinds de Tweede Wereldoorlog, voor Operatie Allied Force over Kosovo.

De recente geschiedenis van het squadron speelt zich voornamelijk af in Oost-Europa. Vier vliegtuigen werden in 2014 naar Câmpia Turzii in Roemenië gestuurd als onderdeel van de NAVO-maatregelen na de annexatie van de Krim; een detachement van vier vliegtuigen met ongeveer 100 manschappen werd in maart 2016 naar Mihail Kogălniceanu uitgezonden voor de oefening Resilient Resolve; en het squadron keerde in 2022 terug naar Mihail Kogălniceanu voor versterkte luchtbewaking in de Zwarte Zee-regio. Dat is de praktische betekenis van een gevechtsvliegtuigbasis op het Saguenay-schiereiland in de jaren 2020.

Bagotville werd op 1 juli 1951 opnieuw in gebruik genomen, toen de Koreaanse Oorlog en de Koude Oorlog verergerden, aanvankelijk als trainingsbasis voor squadrons die naar Europa werden uitgezonden. De squadrons 413 en 414 trainden hier met Sabres voordat ze in maart 1953 naar Europa werden uitgezonden voor oefening Leapfrog III. Squadron 431 werd in januari 1954 opnieuw opgericht met Sabres als tijdelijke oplossing en werd negen maanden later alweer opgeheven. In 1954 arriveerde de CF-100 Canuck, een allweather-jager, bij de squadrons 432 en 440, en in 1957 voegde de CT-133 Silver Star zich bij hen als trainingsvliegtuig.

De Voodoo veranderde het karakter van de basis. 416 Squadron werd in 1961 in Bagotville opgericht met de CF-101 en verhuisde het jaar daarop naar Chatham; 425 Squadron arriveerde in de zomer van 1962 met hetzelfde type. Deze vliegtuigen werden aangepast om de AIR-2 Genie te kunnen dragen, een ongeleide lucht-luchtraket met een nucleaire kernkop, ontworpen om complete formaties Sovjetbommenwerpers te vernietigen. De kernkoppen werden in Bagotville opgeslagen onder de bewaarregelingen die volgden op de crisis die de regering-Diefenbaker in 1963 ten val bracht.

Ze bleven er tot het wapen in het begin van de jaren tachtig werd teruggetrokken. Dit deel van de geschiedenis van de basis is het minst zichtbaar voor bezoekers en het deel dat de plek het meest heeft veranderd: twintig jaar lang leefde een rustig stadje aan een fjord in Quebec pal naast Amerikaanse kernwapens, en deze regeling was noch geheim, noch werd er veel over gesproken.

Door de samenvoeging op 1 februari 1968 werd RCAF Station Bagotville omgevormd tot CFB Bagotville. Squadron 410 werd hier datzelfde jaar opgericht voor training en verhuisde in 1982 naar Cold Lake; Squadron 433 arriveerde na de reorganisatie in september 1969 met de CF-5; Squadron 434 "Bluenose" verving Squadron 410 in 1982 en vertrok in juli 1985 naar Chatham. Op 1 juli 1984 ruilde Squadron 425 zijn Voodoo's in voor Hornets, en in 1985 namen de eerste twee Hornets de 24-uurs NORAD-paraatheid in gebruik.

Het 433 Squadron werd op 25 september 1943 opgericht op RAF Skipton-on-Swale en bleef vervolgens bijna twee maanden zonder vliegtuigen. Toen de Halifax Mk III's arriveerden, werd het squadron getraind en begon het op 2 januari 1944 met operationele vluchten. Het vloog een jaar lang 's nachts boven het continent voordat het in januari 1945 overstapte op Lancasters. Tussen januari 1944 en april 1945 voerden de Porcupines 2316 succesvolle missies uit. Na de oorlog vervoerden ze troepen en krijgsgevangenen vanuit Duitsland en Italië naar huis, totdat het squadron op 15 oktober 1945 werd ontbonden op Skipton-on-Swale.

Het squadron werd op 15 november 1954 opnieuw opgericht als een allweather-jachtvliegtuigeskader in Cold Lake, verhuisde in oktober 1955 naar North Bay, vloog met de CF-100 voor de Noord-Amerikaanse luchtverdediging en werd op 31 juli 1961 ontbonden. Het keerde terug op 26 september 1969 in Bagotville als een Franstalig squadron van Mobile Command, waar het met de CF-5 Freedom Fighter vloog voor tactische en verkenningsdoeleinden en in 1984 overstapte op de CF-188 Hornet. Het staakte de activiteiten in 1986 voor een herstructurering en hervatte de vluchten met de Hornet in januari 1988.

Toen werd het opnieuw opgeheven. Op 14 juli 2005 werd het squadron na 62 jaar gedeactiveerd en werden de vliegtuigen en het personeel opgenomen in 425, dat een tweetalige eenheid werd. De Porcupines bestonden alleen nog als herinnering en als embleem — een gouden stekelvarken op zilver, met het motto "Qui s'y frotte s'y pique", wat vrij vertaald betekent "wie ertegenaan wrijft, wordt geprikt" — en de mensen van het squadron werden verspreid.

Het squadron werd op 9 juni 2015 in Bagotville opnieuw in gebruik genomen, waardoor de Royal Canadian Air Force weer over vier gevechtsvliegtuig squadrons beschikte. De commandant van de luchtmacht tijdens de ceremonie, luitenant-generaal Yvan Blondin, was zijn carrière begonnen op de CF-188 bij 433 Squadron en had tien jaar eerder het bevel ondertekend waarmee de standaard van het squadron werd uitgefaseerd. Squadronleden worden "Ti-pics" genoemd, en hij gebruikte dat woord ook voor zichzelf.

Tussen 19 en 21 juli 1996 veroorzaakten twee weken regen op een verzadigde bodem de grootste overstroming in de Canadese geschiedenis van de twintigste eeuw. In twee dagen tijd viel er in de Saguenay-rivier een hoeveelheid regen die overeenkomt met de hoeveelheid water die normaal in vier weken over de Niagarawatervallen stroomt; delen van Chicoutimi en La Baie stonden meer dan twee meter onder water. Tien mensen kwamen om het leven door de overstroming zelf en nog twee door de modderstromen die erop volgden. 488 huizen werden verwoest en 1230 beschadigd, 16.000 mensen werden geëvacueerd en de schade bedroeg ongeveer 1,5 miljard Canadese dollar.

Bagotville werd de opvangplaats van de regio. Tijdens Operatie Saguenay, een van de grootste binnenlandse reddingsoperaties die de Canadese strijdkrachten ooit hebben uitgevoerd, bood de basis onderdak aan 4.189 geëvacueerden en werden er in de keuken een recordaantal van 15.000 maaltijden geserveerd. De rol van de basis in Saguenay is niet te danken aan wervingsposters; ze is gebaseerd op een periode van twee weken in 1996 die de meeste mensen in de vallei zich nog steeds kunnen herinneren.

In normale jaren loopt de relatie via de salarisadministratie en de luchtshow. Ongeveer 1700 militairen en burgers werken in Bagotville, waardoor het een van de grootste werkgevers in de regio is. Het Spectacle aérien international de Bagotville wordt sinds 1953 ongeveer om de twee jaar gehouden; de editie van 2024 op 22 en 23 juni trok een recordaantal van 151.000 bezoekers in het weekend, 83.000 op zaterdag en 68.000 op zondag, na een onderbreking van vijf jaar. Het Musée de la défense aérienne bevindt zich op de basis, met vliegtuigen die buiten tentoongesteld staan.

De toekomst is concreet. Op 1 maart 1999 werd hier het 12e Radarsquadron opgericht ter vervanging van het gesloten radarstation in Mont Apica. Het 2e Escadre, het hoofdkwartier van de inzetbare expeditionaire eenheid, werd in 2012 opgericht en in 2023 werd begonnen met de bouw van een faciliteit ter waarde van 1.400 biljoen dollar. In augustus 2024 begon Pomerleau met de bouw van de NORAD-faciliteit voor snelle reactie voor de CF-35A, ter waarde van 1.400 biljoen dollar: 7.400 vierkante meter aan hangars, kantoren en bemanningsverblijven binnen een beveiligd complex van 17.000 vierkante meter, dat naar verwachting in 2027 gereed zal zijn en meer dan 600 banen in de regio zal opleveren.