Letiště bylo založeno 7. června 1943 jako Mile 26 Satellite Field, přebytečný pás pro Ladd Field ve Fairbanksu. Jeho název pochází z telegrafní stanice signálního sboru armády Spojených států a milníku na Richardson Highway, který toto místo označoval. Stavba začala 25. srpna 1943 a byla schválena 17. října 1944. Čtrnáctiměsíční práce stála přibližně osm milionů dolarů. První letadlo, které jej využilo, lehký L-5, přistálo 11. června 1944.

Dne 13. ledna 1948 byla základna přejmenována na leteckou základnu Eielson pro Carla Bena Eielsona a základna přešla pod aljašské letectvo. Eielson se narodil v Hattonu v Severní Dakotě 20. července 1897 norským rodičům přistěhovalců. V únoru 1924 letěl s první aljašskou leteckou poštou, z Fairbanksu do McGrathu, za méně než tři hodiny na trasu, kterou psí spřežení potřebovala až třicet dní. V dubnu 1928 letěl s australským průzkumníkem Georgem Hubertem Wilkinsem z Point Barrow na Špicberky, což byl první přelet Severního ledového oceánu ze Severní Ameriky do Evropy.

Nedožil se toho, aby po něm byla pojmenována žádná z nich. Dne 9. listopadu 1929 zmizeli Eielson a jeho mechanik Earl Borland, když letěli k obchodní lodi Nanuk, zamrzlé u sibiřského pobřeží, aby vypravili cestující a náklad kožešin. Bylo mu 32 let. Vrak byl nalezen následující zimu poblíž řeky Amguema a zprávy se liší: Encyklopedie Arctica umisťuje objev do ledna 1930, zatímco jiné záznamy uvádějí nalezení těl obou mužů k 18. únoru 1930. Památník mu byl na základně odhalen 20. července 1957.

Strategické letecké velitelství dorazilo koncem roku 1947, kdy se 97. bombardovací skupina nasadila z armádní letecké základny Smoky Hill v Kansasu s bombardéry B-29; zdroje uvádějí přesun v listopadu a 1. prosinci 1947 a rozdíl je pravděpodobně v tom, že se jednalo o předsunutou skupinu oproti hlavním jednotkám. Během následujících šestnácti let Eielson střídal křídla B-29, B-50, B-36 a B-47, která byla uvedena do pohotovosti a udržována v pohotovosti. Nasazení probíhala až do roku 1963. 5010. bojová podpůrná skupina, později 5010. křídlo letecké základny, existovala především proto, aby je hostila, a zůstala rezidentní organizací až do roku 1981.

Přistávací dráhu zanechaly bombardéry. SAC prodloužila válečnou dráhu koncem 40. let na zhruba 14 500 stop (4 367 m), což z ní v té době udělalo nejdelší dráhu v Severní Americe. Eielsonova vlastní kancelář pro styk s veřejností nyní uvádí 14 507 stop (4 422 m) a označuje ji za druhou nejdelší dráhu na kontinentu; jiné publikované údaje uvádějí 14 530 stop (4 428 m) a rozdíl je dostatečně malý na to, aby se dalo rozhodnout, kde průzkum začíná. Je betonová, jednoduchá a zarovnána v úhlu 14/32.

Často opakované tvrzení, že ranvej je dlouhá proto, že se jednalo o nouzové přistání raketoplánu, se nedokázalo ověřit: žádný zveřejněný seznam NASA s nouzovými nebo transoceánskými přistávacími místy raketoplánů neobsahuje Eielson ani žádné aljašské letiště. Vysvětlení s těžkými bombardéry je naopak zdokumentované a nudné. Aktuálním problémem je udržování této záležitosti v chodu. V létě 2023 354. ženijní letka na měsíc uzavřela ranvej, aby vyměnila čtyři betonové desky plné hloubky, utěsnila spáry, prohloubila drážkování povrchu a opravila systém přistání podle přístrojů.

Dne 3. září 1949 provedl letoun WB-29 rutinní meteorologický průzkum z Misawy v Japonsku do Eielsonu se speciálními filtry určenými k zachycení radiologických trosek z atmosférického jaderného testu. Zpátky v Eielsonu byl přes filtry proměřen velký Geigerův počítač, který zjistil radioaktivní stopy. Toto bylo zaznamenáno jako 112. poplach systému detekce atomové energie a po další analýze prezident Truman 23. září 1949 oznámil, že Sovětský svaz odpálil atomové zařízení. První důkaz o existenci sovětské bomby byl odečten z filtračního papíru na Aljašce.

Tato práce nikdy nepřestala. Oddíl 460 v Eielsonu, podřízený Centru pro technické aplikace letectva, monitoruje přírodní a člověkem způsobené seismické poruchy pro monitorovací misi jaderné smlouvy. Provozuje pět seismických polí po celé Aljašce obsahujících třicet pět přístrojů a zařízení pro odběr vzorků atmosféry na dalších třech aljašských lokalitách. Na konci 50. let 20. století bylo zhruba 200 pracovníků AFTAC rozmístěno mezi šesti aljašskými oddíly; síť se zmenšila a stala se mnohem schopnější.

Létající stránkou téže firmy bylo 6. strategické křídlo, zřízené v Eielsonu 25. března 1967, které ze základny provozovalo průzkumné letouny RC-135 a tankovací letouny KC-135 až do roku 1992. Jeho letouny RC-135S Cobra Ball byly postaveny na základě optických a elektronických senzorů pro sledování návratů balistických raket do atmosféry a křídlo se nacházelo na konci sovětských testovacích střelnic. Eielson také v rámci projektu Star Dust podnikl mise U-2 pro odběr vzorků vzduchu nad polární čepičkou, z nichž jeden se v říjnu 1962 téměř stal diplomatickou katastrofou.

Cvičení COPE THUNDER začalo na letecké základně Clark na Filipínách v roce 1976 a vymyslel ho brigádní generál Richard G. Head, aby posádkám tichomořských letadel poskytlo realistickou první zkušenost s bojem. Důvod, proč se cvičení konalo, je stručný a dodnes se uvádí v informačních listech samotného letectva: k většině bojových ztrát dochází během prvních osmi až deseti misí posádek, takže toto cvičení existuje proto, aby tyto mise využilo v době míru. Když v červnu 1991 vybuchla sopka Pinatubo a základna Clark byla opuštěna, cvičení nemělo kam jít.

Mise se přesunula na Aljašku. V roce 1992 se COPE THUNDER přesunul do Eielsonu, kde byl vybrán kvůli velkému množství výcvikového vzdušného prostoru nad vnitrozemím země, a v roce 2006 byl přejmenován na RED FLAG-Alaska. 353. bojová výcviková letka, která je v Eielsonu od srpna 1993, jej plánuje a řídí a provozuje tři aljašské střelnice s jejich zdroji ohrožení a cílovými systémy. Typická iterace přivede do Eielsonu více než 700–1 000 lidí a až 60 letadel, s dalšími 500 lidmi a 40 letadly na společnou základnu Elmendorf-Richardson.

Údaje o vzdušném prostoru se liší v závislosti na zdroji a roce a tuto odchylku je vhodné spíše uvést, než ji zlehčovat. Informační list o společném tichomořském aljašském pohoří uvádí 65 000 čtverečních mil vzdušného prostoru plus 2 490 čtverečních mil pevniny a 42 000 čtverečních námořních mil nad Aljašským zálivem; informační list RED FLAG-Alaska uvádí více než 67 000; 353. uvádí více než 68 000 v 18 vojenských operačních oblastech; tiskové zprávy společnosti Eielson z roku 2025 uvádějí více než 77 000. Ať už se použije kterékoli číslo, je to několikanásobek nevadského komplexu za Red Flag u Nellis.

Kolo změn uspořádání a uzavření základny v roce 2005 málem Eielsona vyprázdnilo. Ministerstvo obrany navrhlo odstranění letadel a ponechání základny jako enklávy pro rozsáhlá cvičení; komise BRAC to zamítla s tím, že to bylo plýtvání instalací. Proces přežil pouze kompromis: F-16 zůstaly, A-10 zmizely. Podplukovník Quentin Rideout absolvoval poslední boj s A-10 31. července 2007 a poslední tři letadla odletěla 15. srpna 2007, což po čtrnácti letech v Eielsonu deaktivovalo 355. stíhací peruť.

Dne 24. srpna 2007 se 18. stíhací peruť stala 18. agresorskou perutí a byla převelena k létání jako nepřítel pro RED FLAG-Alaska v letounech F-16C/D Block 30, které byly na začátku roku 2008 převezeny z 80. stíhací perutě v Kunsanu a natřeny v zahraničním stylu. O pět let později byla základna znovu ohrožena plánem letectva z roku 2012, jehož cílem bylo přesunout tuto peruť na společnou základnu Elmendorf-Richardson. Aljašská kongresová delegace proti tomu tři roky bojovala a 15. dubna 2015 ministr letectva rozhodl, že F-16 zde zůstanou.

Na odkladu záleželo, protože F-35 již byly ve hře. Eielson byl 7. srpna 2014 jmenován preferovanou alternativou a Záznam rozhodnutí ze 4. dubna 2016 schválil dvě letky – 48 primárně přidělených letadel plus 6 záložních, celkem 54. První dva F-35A přistály 21. dubna 2020, padesátý čtvrtý 15. dubna 2022 a ukončení služby bylo vyhlášeno 13. května 2022 po zhruba 500 milionech dolarů na výstavbu. Dne 2. února 2024 agresoři opět změnili identitu a stali se 18. stíhací stíhací letkou s misí protivzdušné obrany.

Eielson se sám vytápí a napájí. Centrální teplárna je uhelná a v letech 1952 až 1987 bylo do provozu uvedeno pět výrobních bloků s celkovým výkonem přibližně 25 MW. Vyrábí páru i elektřinu, protože při teplotě čtyřicet stupňů Celsia je pára důležitější. Letectvo nyní hodlá část této elektrárny nahradit mikroreaktorem: Eielson je preferovaným místem pro pilotní projekt Ministerstva letectva, přičemž společnost Oklo, Inc. byla vybrána na základě 30leté dohody o pevné ceně pro elektrárnu o výkonu 1–50 MW, podléhající licenci Komise pro jaderný dozor.

Chlad je konstantní. Zaznamenané extrémy na základně jsou -64 °F v lednu 1971 a 93 °F v červnu 1969, což je rozpětí 157 stupňů Fahrenheita, a roční srážky jsou pod deset palců, což z tohoto místa technicky dělá poušť. V hlubokém chladu se nad základnou tvoří ledová mlha a uzavírá ji. Od 1. dubna 2024 schválilo letectvo aljašským základnám, kde teploty klesají pod -20 °F, motivační odměnu za přidělení v chladném počasí: 2 000 dolarů pro nedoprovázeného letce a 4 000 dolarů s rodinnými příslušníky, při dvanáctiměsíčním závazku.

Komunita si pamatuje především dopady na životní prostředí na základnu. 19 790 akrů Eielsonovy základny bylo v listopadu 1989 přidáno na Národní seznam priorit kvůli kontaminaci ropou, trichlorethylenem, benzenem, toluenem, xylenem a PCB z nevystřižených skládek, kalových příkopů a oblastí s úniky; zhruba 9 000 lidí odebíralo pitnou vodu ze studní v okruhu tří mil. Od roku 2015 testy na hasicí pěny zjistily obsah PFOA a PFOS nad celoživotním doporučením pro zdraví ve 150 ze 152 studní pitné vody v Moose Creek, a to v koncentraci 0,01–2,24 ppm (0,01–2,24 ppm) a letectvo dodalo balenou vodu a uhlíkové filtry.