1944年11月13日，美军收复关岛四个月后，第854工程航空营的四名空军士兵开始勘测帕蒂角的石灰岩高原。该营由赫伯特·E·布朗上校指挥，于10月9日从夸贾林环礁抵达关岛。事后统计了他们在北机场的工作成果：清理了847英亩丛林，移动了1,231,700立方码土方，铺设了828,000平方码沥青混凝土，建造了181座奎恩塞特式营房和902座框架结构房屋。.

1945年1月17日，第一条沥青路面铺设完毕。2月3日，第314轰炸联队的一架C-87运输机降落，随后柯蒂斯·李梅少将驾驶F-13A战斗机抵达，机场正式投入使用。两条平行的跑道长10500英尺，宽500英尺，其中8500英尺长、200英尺宽的跑道铺设完毕，并设有1000英尺的超宽区。北侧跑道即为今天的06L/24R跑道；南侧跑道即为06R/24L跑道。.

第314轰炸机大队下辖四个B-29轰炸机大队——第19、29、39和330大队——并于1945年2月25日首次轰炸东京。4月12日，亨利·E·欧文中士徒手将一枚燃烧的磷弹扔出飞机，荣获唯一一枚因B-29轰炸行动而颁发的荣誉勋章。1949年10月7日，该基地更名为詹姆斯·罗伊·安德森准将基地，以纪念于1945年2月在太平洋战场与米勒德·F·哈蒙中将一同殉职的詹姆斯·罗伊·安德森准将。.

1965年6月18日，隶属于第7和第320轰炸联队的B-52F“同温层堡垒”轰炸机从安德森空军基地起飞，对西贡北部的一处越共基地发动了“弧光行动”的首次轰炸。关于此次行动的出动情况，各方说法不一：空军历史支援部门称出动了27架飞机，而其他空军资料则称出动了30架。其中两架轰炸机在距离海岸约250英里的云层中相撞，当时它们正在为空中加油机盘旋。在投下第一枚炸弹之前，机上八名机组人员全部遇难。.

“弧光行动”成为美国空军历史上持续时间最长的轰炸行动，从1965年6月到1973年8月，共执行了超过12.6万架次的轰炸任务，行动基地包括安德森空军基地、泰国乌塔堡空军基地以及一段时间内的嘉手纳空军基地。月出动架次从1967年年中的约800架次攀升至1968年2月的1800架次，当时轰炸机在溪山海军陆战队基地周围投下了约6万吨炸弹。“弧光行动”的最后一次任务于1973年8月15日执行。.

1972年2月，随着对北方轰炸的恢复，安德森空军基地的停机坪在“子弹射击行动”期间被挤得水泄不通。短短九十天内，超过15000名士兵被临时派往安德森空军基地；营房爆满，机组人员只能住在帐篷里，每周工作八十个小时。结果是，安德森空军基地出现了自1945年以来规模最大的轰炸机集结地，据公开统计，约有152至155架B-52轰炸机停放在约五英里长的停机坪上。.

“后卫II”演习于1972年12月18日至29日进行，圣诞节当天结束。B-52轰炸机共出动741架次，有效出动729架次，向河内和海防地区投掷了约15000吨炸弹，摧毁了26个SA-2导弹防御阵地和约1240枚地对空导弹。安德森空军基地在演习首夜就派出了87架轰炸机。关岛的B-52轰炸机数量据统计在152至155架之间，而乌塔堡空军基地则部署了54架B-52D轰炸机。.

第三晚情况最为糟糕：出动的99架轰炸机中有6架未能返航。空军最终认定共有15架B-52轰炸机被击落，其中10架坠毁在北越，5架先抵达老挝或泰国，另有9架在乌塔堡机场受损严重，无法再次飞行。但这一数字存在争议。美国早期的官方说法是16架，媒体被告知是17架，国会后来又说是13架，而德伦科夫斯基和格劳在2007年的一项分析中认为，实际的被击落总数在22到27架之间。.

失事飞机上的92名机组人员中，26人获救，33人被俘，33人阵亡或下落不明，通常分为25人失踪和8人死亡。在随后的11天里，其他损失的飞机包括两架F-111A、三架F-4、两架A-7、两架A-6、一架EB-66、一架RA-5C和一架HH-53。1973年1月27日，《巴黎和平协定》签署，60天内，591名美国战俘获释回国。.

“新生活行动”于1975年4月23日至11月1日进行，关岛成为南越难民撤离的接收点。在“婴儿空运行动”中，约有2600名孤儿和儿童于4月3日和4日途经关岛。陆军事后报告称，在关岛安置和处理越南难民的人数为111919人；而安德森空军基地公共事务办公室则表示，人数超过10万人，其中超过3.9万人被安置在空军基地。.

C-141“星际运输机”和C-130“大力神”运输机昼夜不停地在安德森空军基地的停机坪上卸货。1966年建造的钢结构宿舍被改造成一个被人们称为“锡城”的难民营，其所在地如今是“岩顶俱乐部”周围的田野；如今，仅存的遗迹大概只有一段石阶了。几乎所有前往美国本土的难民都要经过这个基地。.

最大的难民营不在空军基地内。海军工兵部队在关岛海军基地的奥罗特角搭建了可容纳5万人的帐篷，入住人数高峰时达到39331人。1975年5月13日，岛上的难民人数达到峰值50450人，难民营于10月23日关闭。并非所有人都继续留在关岛：10月16日，1546名越南人乘坐商船“上信一号”（Thuong Tin 1）从关岛启航，要求返回越南。该船船长被判处12年监禁。.

安德森空军基地坐落于海平面以上约600英尺的高原上，位于地球上最易受台风侵袭的海域之一。1962年11月11日，超强台风“卡伦”横扫关岛。尼米兹山上的海军风速计测得阵风风速高达每小时150英里，风暴过后，关岛南部地区的风速估计甚至达到每小时174至183英里。这场台风造成11人死亡，关岛95%的房屋遭到损毁，安德森空军基地的跑道也因此无法使用。.

1997年12月16日，台风“帕卡”来袭。安德森空军基地的一台热线风速计记录到阵风风速高达205节（约合每小时236英里），这本应是世界纪录；但美国国家气象局的评估报告明确指出，事后分析并未证实这一读数。关岛和罗塔岛无人伤亡，但损失超过6亿美元。2002年12月8日，超强台风“蓬索纳”紧随其后，该岛北部在台风眼内停留了近两个小时。.

庞索纳台风造成超过7亿美元的损失，据关岛卫生部统计，造成193人受伤，另有一人间接死亡——一名妇女被飞溅的玻璃割伤，在救援人员赶到时突发心脏病去世。安德森机场的多普勒雷达在断电后失效，备用发电机无法为其供电。2023年5月24日，四级台风玛瓦尔登陆；飞机已被转移或停放在机库，无人伤亡，机场在48小时内恢复运行。.

安德森公司所占土地原为查莫罗人的土地。1944年7月21日关岛被收复后，军方征用了约52,000英亩私人土地，最终征用面积超过85,000英亩，约占全岛面积的63%。补偿金是根据1941年的土地价值，按1948年的征用面积计算的，没有考虑通货膨胀因素。关岛百科全书（Guampedia）记载，有25英亩土地以850美元的价格购得，而这些土地在1928年的交易价格为750美元。.

部分土地已经归还。1994 年的《关岛剩余土地法案》指示美国总务署将不需要的联邦土地无偿移交给关岛，截至 2011 年，已有 15 份地契交付，总面积超过 2,767 英亩。1999 年成立的关岛祖传土地委员会负责将土地移交给原所有者或其继承人。国防部目前仍持有该岛约四分之一的土地，约 36,000 英亩，其中安德森公司拥有 14,600 英亩。.

建设尚未完成。以维森特·托马斯·加里多·布拉兹准将命名的布拉兹海军陆战队基地于2020年10月1日启用，是自1952年以来新建的首个海军陆战队基地；约5000名海军陆战队员将从冲绳迁至此处，耗资近87亿美元，其中日本支付约31亿美元。安德森海军陆战队基地还将部署关岛防御系统的一部分，该系统截至2024年8月已建成16个站点，首个站点将于2027财年投入使用，最后一个站点将于2032年投入使用。.