Cuatro aviadores del 854.º Batallón de Ingenieros de Aviación comenzaron a inspeccionar la meseta de piedra caliza en Pati Point el 13 de noviembre de 1944, cuatro meses después de que las fuerzas estadounidenses retomaran Guam. El batallón, al mando del coronel Herbert E. Brown Jr., había llegado a la isla el 9 de octubre procedente de Kwajalein. Posteriormente, se cuantificaron sus trabajos en North Field: 847 acres de jungla despejados, 1.231.700 yardas cúbicas de tierra removidas, 828.000 yardas cuadradas de hormigón asfáltico colocadas, 181 barracones Quonset y 902 edificios de madera construidos.

El primer tramo de asfalto se colocó el 17 de enero de 1945 y el aeródromo fue declarado operativo el 3 de febrero, cuando aterrizó un C-87 del 314.º Ala de Bombardeo, seguido por el mayor general Curtis LeMay en un F-13A. Se nivelaron dos pistas paralelas de 3200 metros por 152 metros y se pavimentaron 2600 metros por 61 metros con zonas de seguridad de 305 metros. La pista norte es la actual pista 06L/24R; la sur es la 06R/24L.

El 314.º Escuadrón desplegó cuatro grupos de B-29 —el 19.º, el 29.º, el 39.º y el 330.º— y bombardeó Tokio por primera vez el 25 de febrero de 1945. El 12 de abril, el sargento Henry E. Erwin arrojó una bomba de fósforo en llamas desde su avión con las manos desnudas y recibió la única Medalla de Honor otorgada por operaciones con B-29. El 7 de octubre de 1949, la base fue rebautizada en honor al general de brigada James Roy Andersen, quien falleció junto con el teniente general Millard F. Harmon en un vuelo al Pacífico en febrero de 1945.

El 18 de junio de 1965, bombarderos B-52F Stratofortress de las Alas de Bombardeo 7.ª y 320.ª despegaron de Andersen contra una base del Viet Cong al norte de Saigón, en la primera misión Arc Light. Los relatos del lanzamiento difieren: la División de Apoyo Histórico de la Fuerza Aérea menciona 27 aeronaves, mientras que otros resúmenes de la Fuerza Aérea hablan de 30. Dos de los bombarderos colisionaron entre las nubes a unos 400 kilómetros de la costa mientras orbitaban en busca de aviones cisterna. Ocho tripulantes murieron antes de que cayera una sola bomba.

La Operación Arc Light se convirtió en la campaña de bombardeo más larga en la historia de la Fuerza Aérea, con más de 126 000 salidas entre junio de 1965 y agosto de 1973, realizadas desde Andersen, U-Tapao (Tailandia) y, durante un tiempo, desde Kadena. La frecuencia mensual de las salidas aumentó de aproximadamente 800 a mediados de 1967 a 1800 en febrero de 1968, cuando los bombarderos arrojaron cerca de 60 000 toneladas sobre la base de los Marines en Khe Sanh. La última misión de Arc Light se llevó a cabo el 15 de agosto de 1973.

La rampa se llenó durante la Operación Bullet Shot, iniciada en febrero de 1972 con la reanudación de los bombardeos en el norte. Más de 15 000 hombres fueron enviados a Andersen para cumplir con tareas temporales en un plazo de noventa días; los barracones se quedaron sin espacio y las tripulaciones vivieron en tiendas de campaña, trabajando ochenta horas semanales. El resultado fue la mayor concentración de bombarderos en cualquier lugar desde 1945, con cifras publicadas en Andersen que oscilaban entre 152 y 155 B-52 estacionados a lo largo de unos ocho kilómetros de pavimento.

El ejercicio Linebacker II se desarrolló del 18 al 29 de diciembre de 1972, con una pausa el día de Navidad. Los B-52 realizaron 729 salidas efectivas de las 741 desplegadas y lanzaron aproximadamente 15 000 toneladas sobre las zonas de Hanói y Haiphong, contra 26 emplazamientos de misiles SA-2 y unos 1240 misiles tierra-aire. Andersen lanzó 87 bombarderos la noche inaugural. La fuerza en Guam se estima entre 152 y 155 aeronaves, frente a los 54 B-52D en U-Tapao.

La tercera noche fue la peor: seis de los 99 bombarderos enviados no regresaron. La Fuerza Aérea finalmente determinó que 15 B-52 fueron derribados, diez cayeron en Vietnam del Norte y cinco llegaron primero a Laos o Tailandia, mientras que otros nueve resultaron demasiado dañados en U-Tapao para volver a volar. Esta cifra es objeto de controversia. Las primeras declaraciones estadounidenses admitieron 16, a la prensa se le informó de 17 y posteriormente al Congreso de 13, y un análisis de 2007 realizado por Drenkowski y Grau argumentó que el total real se situaba entre 22 y 27.

De los 92 tripulantes a bordo del avión perdido, 26 fueron rescatados, 33 fueron hechos prisioneros de guerra y 33 murieron o nunca fueron encontrados, generalmente divididos en 25 desaparecidos y ocho fallecidos. Otros aviones perdidos durante los once días incluyeron dos F-111A, tres F-4, dos A-7, dos A-6, un EB-66, un RA-5C y un HH-53. Los Acuerdos de Paz de París se firmaron el 27 de enero de 1973 y 591 prisioneros estadounidenses regresaron a casa en sesenta días.

La Operación Nueva Vida se desarrolló del 23 de abril al 1 de noviembre de 1975 y convirtió a Guam en el punto de recepción del éxodo survietnamita. Aproximadamente 2600 huérfanos y niños evacuados en el marco de la Operación Babylift ya habían transitado por la isla los días 3 y 4 de abril. El informe posterior a la operación del Ejército cifra en 111 919 el número de vietnamitas alojados y procesados en Guam; la propia oficina de relaciones públicas de Andersen afirma que fueron más de 100 000, de los cuales más de 39 000 fueron alojados en la base aérea.

Los C-141 Starlifter y los C-130 Hercules descargaban en la rampa de Andersen las veinticuatro horas del día. Los dormitorios de acero construidos en 1966 se convirtieron en un campamento que todos llamaban Tin City, en el terreno que ahora ocupan los campos alrededor del club Top of the Rock; una escalera de piedra es prácticamente lo único que queda de él. Casi todos los refugiados con destino a Estados Unidos continental pasaban por esa base.

El campamento más grande no estaba en la base aérea. Los Seabees levantaron tiendas de campaña para 50 000 personas en Orote Point, en la Base Naval de Guam, donde la ocupación alcanzó un máximo de 39 331. La población refugiada de la isla llegó a su punto máximo el 13 de mayo de 1975, con 50 450 personas, y los campamentos cerraron el 23 de octubre. No todos continuaron su viaje: 1546 vietnamitas zarparon de Guam el 16 de octubre a bordo del buque mercante Thuong Tin 1, tras exigir ser devueltos a Vietnam. Su capitán fue encarcelado durante doce años.

El aeropuerto Andersen se alza sobre una meseta a unos 183 metros sobre el nivel del mar, en una de las zonas marítimas más propensas a los tifones del planeta. El supertifón Karen azotó Guam el 11 de noviembre de 1962. El anemómetro de la Armada en Nimitz Hill registró una ráfaga de viento de 241 kilómetros por hora, y las estimaciones posteriores a la tormenta para el sur de la isla alcanzaron entre 288 y 294 kilómetros por hora. Once personas perdieron la vida, el 95% de las viviendas de Guam resultaron dañadas o destruidas, y las pistas de aterrizaje del aeropuerto Andersen quedaron inutilizables.

El tifón Paka llegó el 16 de diciembre de 1997. Un anemómetro de hilo caliente en Andersen registró una ráfaga de 205 nudos, aproximadamente 236 millas por hora, lo que habría sido un récord mundial; la evaluación del Servicio Meteorológico Nacional afirma categóricamente que la lectura no está respaldada por el análisis posterior. No hubo víctimas mortales en Guam ni en Rota, y los daños superaron los 600 millones de dólares. El supertifón Pongsona le siguió el 8 de diciembre de 2002, y el extremo norte de la isla permaneció dentro del ojo del tifón durante casi dos horas.

El tifón Pongsona costó más de 700 millones de dólares, dejó 193 heridos según el Departamento de Salud de Guam y causó una muerte indirecta: una mujer que, al ser alcanzada por cristales rotos, sufrió un infarto mortal al no poder recibir ayuda. El radar Doppler de Andersen falló cuando se cortó la energía y los generadores de respaldo no pudieron mantenerlo en funcionamiento. El tifón Mawar, de categoría 4, impactó el 24 de mayo de 2023; las aeronaves fueron evacuadas o resguardadas en hangares, no hubo víctimas mortales y el aeródromo volvió a estar operativo en menos de 48 horas.

El terreno que ocupa Andersen pertenecía a los chamorros. Tras la reconquista de Guam el 21 de julio de 1944, el ejército se apropió de unas 52 000 hectáreas de tierras privadas, y las propiedades llegaron a superar las 85 000 hectáreas, aproximadamente el 63 % de la isla. La compensación se calculó a partir del valor de las tierras en 1941, aplicándolas a las expropiaciones realizadas en 1948, sin ajuste por inflación. Guampedia registra 25 hectáreas compradas por 850 dólares que habían cambiado de manos por 750 dólares en 1928.

Algunas tierras han regresado. La Ley de Tierras Excedentes de Guam de 1994 ordenó a la Administración de Servicios Generales que entregara a Guam, sin costo alguno, las propiedades federales innecesarias, y para 2011 se habían entregado quince escrituras que abarcaban más de 2767 acres. La Comisión de Tierras Ancestrales de Guam, creada en 1999, transfiere las tierras a los propietarios originales o a sus herederos. El Departamento de Defensa aún posee aproximadamente una cuarta parte de la isla, unas 36 000 acres, de las cuales 14 600 acres corresponden a Andersen.

La expansión aún no ha concluido. La base del Cuerpo de Marines Camp Blaz, activada el 1 de octubre de 2020 y nombrada en honor al general de brigada Vicente Tomas Garrido Blaz, es la primera base nueva del Cuerpo de Marines desde 1952; aproximadamente 5000 infantes de marina se están trasladando desde Okinawa a un costo cercano a los 8700 millones de dólares, de los cuales Japón aporta alrededor de 3100 millones. Andersen también albergará parte del Sistema de Defensa de Guam, que consta de 16 emplazamientos en agosto de 2024, con el primer elemento previsto para el año fiscal 2027 y el último para 2032.