V říjnu 1931 dva Američané, Clyde Pangborn a Hugh Herndon Jr., odtáhli monoplošník Bellanca z pláže Sabishiro, pásu písku několik mil východně od současné ranveje, a letěli s ním bez mezipřistání do Wenatchee ve státě Washington. Byl to první let bez mezipřistání přes Pacifik a vyhrál cenu 25 000 dolarů, kterou nabídl deník Asahi Shimbun. Historie 35. stíhacího křídla datuje odlet k 4. říjnu 1931; Americká pamětní nadace jej datuje k 3. říjnu, protože oba konce letu ležely na opačných stranách datové čáry.

Vojenské létání se objevilo o osm let později. Japonské císařské námořní letectvo začalo 1. září 1939 hloubit ranvej ve stejném písku a prvním letadlem, které v Misawě přistálo v březnu 1942, byl bombardér G4M “Betty”. Letiště bylo vytyčeno pro bombardéry dlouhého doletu, ale nakonec se stalo cvičnou a výzkumnou leteckou stanicí a jezero Ogawara vedle ní sloužilo jako cvičná plocha pro hydroplány. 7. srpna 1942 letecká skupina Misawa vzlétla se svými stíhačkami G4M1 na jih do Rabaulu proti americkým vyloděním na Guadalcanalu a většinu z nich během několika dní ztratila.

Tichomořské vzdušné síly jasně uvádějí, že jednotky japonského císařského námořnictva v Misawě využívaly jezero Ogawara k nácviku útoku na Pearl Harbor. Do září 1944 byla jedna z jednotek na poli označena jako výcviková divize pro posádky kamikadze a zhruba 50 pilotů jediné jednotky kamikadze v Misawě se v červnu 1945 vydalo na jih na Kjúšú; téměř polovina z nich válku nepřežila. Ve dnech 8. a 9. srpna 1945 asi 30 letadel amerického námořnictva zničilo na zemi 45 letadel a zhruba 90 procent základny.

Americké jednotky dorazily na zničené pole 15. září 1945 pod velením kapitána Davise K. Starka z 32. armádní ženijní a stavební skupiny a první Vánoce strávily jeho obnovou. Japonsko dokončilo předání pozemku 5. září 1946. 49. stíhací skupina přivezla v roce 1948 stíhačky F-51 Mustang. V následujících dvou desetiletích se jako hostitelské jednotky střídalo osm různých organizací, a proto se historie Misawy méně podobá historii jediné základny a spíše štafetovému závodu mezi velitelstvími, z nichž každé chtělo severní konec Honšú z jiného důvodu.

Korejská válka proměnila toto místo v dílnu. Dne 28. září 1950 vybavila 49. stíhací bombardovací skupina svými letouny F-80 zvětšenou přídavnou nádrží, kterou letectvo nadále nazývalo “tank Misawa”, protože standardní tank neumožňoval prvnímu letounu dostatečný dolet k dosažení Koreje a k boji po příletu. 39. letecká divize se 1. března 1952 postavila k zajištění protivzdušné obrany severního Honšú a Hokkaida a po sestřelení v roce 1954 začala doprovázet americké průzkumné letouny letící poblíž sovětského území.

Jaderné zbraně byly součástí tohoto postoje a záznamy jsou záměrně tenké. Eisenhowerova administrativa schválila v prosinci 1954 přesun nejaderných komponent atomových bomb na základny v Japonsku; tyto komponenty tam zůstaly až do června 1965 a přesné okolnosti stažení zůstávají utajeny. Odtajněný postup Velitelství Dálného východu z let 1956–57 uvádí Misawu mezi základnami schopnými nést jaderné zbraně. Štěpná jádra byla uložena jinde, což oběma vládám umožnilo prohlásit, že na japonské půdě se nenachází žádná kompletní zbraň – tento rozdíl japonští kritici označili za sémantickou technickou záležitost.

Poslouchací stanice na vyvýšenině severně od letové dráhy je starší než stíhací křídlo a přežila většinu svého vlastního vybavení. Jejím dominantou byla anténní soustava AN/FLR-9, kruhově uspořádaná anténní soustava postavená v letech 1963 až 1965 stavební společností Nishimatsu za přibližně 3,3 milionu dolarů: tři soustředné kruhy prvků, vysoké 42 metrů, schopné zachycovat a zaznamenávat vysokofrekvenční rádiové přenosy až do vzdálenosti zhruba 6 500 námořních mil. Místní lidé ji nazývali sloní klecí a podle vlastní zprávy letectva o její demolici ji považovali za symbol štěstí.

To, co zásobovalo, bylo Bezpečnostní operační středisko v Misawě, jediné místo v západním Pacifiku, kde všechny čtyři americké složky pracují na stejném zpravodajském problému v jedné budově: 373. zpravodajská skupina, Velitelství námořních informačních operací v Misawě, 403. oddíl vojenské zpravodajské služby a oddíl námořní pěchoty. Námořnictvo aktivovalo svou bezpečnostní skupinu v Misawě v červenci 1971 a po léta to byla nejdéle nepřetržitě sloužící americká jednotka na základně. 373. zpravodajská skupina byla aktivována 7. září 2000.

Technologie a peníze ukončily existenci soustavy, nikoli změnu jejího poslání. Demolice začala 15. října 2013 po 48 letech služby a demontáž se sama o sobě stala místním programem zaměstnanosti: práce přinesly japonské ekonomice přibližně 4,97 milionu dolarů a zaměstnály více než 250 japonských pracovníků, přičemž dokončení je plánováno na září 2015. Odpovídající soustava na Okinawě byla uzavřena již v roce 2007. Poslední dochovaný exemplář tohoto typu stojí na společné základně Elmendorf-Richardson na Aljašce.

Éra stíhacích letounů v Misawě se znovu rozběhla 2. dubna 1985, kdy přistál první cvičný letoun F-16 s plukovníkem Michaelem E. Ryanem za řízením – budoucím náčelníkem štábu letectva – a dopravil tak první typ, který základna létala po čtyři desetiletí. 13. taktická stíhací peruť byla aktivována 1. června 1985 a 14. 1. ledna 1987, obě pod 432. taktickým stíhacím křídlem, které drželo pole od návratu Pacifických vzdušných sil do Misawy v roce 1978.

35. stíhací peruť nahradila 1. října 1994 432. a přinesla s sebou řadu vzdušných vítězství v druhé světové válce, Koreji a Vietnamu. Konverze na F-16CJ byla dokončena 17. září 1995. Dne 18. června 1996 se ocasní záblesk změnil z MJ na WW – Wild Weasel – a historie perutě zaznamenává, že 13. stíhací peruť 27. září 1996 v operacích nad Irákem, které následovaly po operaci Desert Strike, provedla první bojový odpal AGM-88 HARM z F-16CJ.

Mise poté pokračovala deset let. Letouny F-16CJ z Misawy létaly nad Irákem v rámci operací Southern Watch a Northern Watch do konce 90. let a 21. března 2003 14. stíhací peruť provedla první ne-stealth mise v rámci operace Iraqi Freedom a odpálila první rakety HARM z této operace. Výcvik se zbraněmi probíhá na pohoří Draughon Range asi 12 mil severně od základny, kterou americké síly drží od 6. června 1949 a v dubnu 2003 byla přejmenována na poddůstojníka Matthewa Draughona, potápěče námořnictva, který ztratil v roce 2001.

Ve svém informačním listu letectva je letiště Misawa označeno za “jediné kombinované zařízení společné služby v západním Pacifiku”. Dráhu sdílejí tři části: 35. stíhací křídlo, 3. letecké křídlo Japonských vzdušných sil sebeobrany a civilní terminál provozovaný společností Misawa Airport Terminal Co., Ltd. spadající pod japonské ministerstvo dopravy. Pravidelné civilní létání začalo 19. ledna 1953, bylo ukončeno v roce 1965 a obnoveno 10. května 1975 s novým terminálem, který byl v roce 1986 přestavěn a rozšířen.

Civilní stránka je malá, ale reálná – 336 869 cestujících a 3 986 pohybů letadel v roce 2024 na linkách do Tokia Haneda, Ósaka Itami a Sapporo Okadama – a toto uspořádání není bezproblémové. Když 29. dubna 2025 nouzově přistál americký bombardér B-1B Lancer, letiště bylo na přibližně 90 minut uzavřeno, let do Hanedy se vrátil se zpátečním letem zrušeným a město Misawa i prefektura Aomori protestovaly s tím, že o jedenáct dní dříve požádaly o opatření k zajištění civilní stability.

Za plotem se ekonomika zaměřuje na rybolov a zemědělství. Jezero Ogawara je aktivní rybářská oblast a když se do něj dostane něco ze základny, peníze, které z toho plynou, jsou japonské: Dohoda o statusu sil a japonský balíček podpory hostitelské země míří přes Tokio, nikoli přes Washington. Podle dohody o zvláštních opatřeních podepsané v prosinci 2021, která platí pět let od dubna 2022, se Japonsko zavázalo vynaložit přibližně 1,06 bilionu jenů – zhruba 9,33 miliardy dolarů – na údržbu amerických sil v zemi.

Zemětřesení o síle 9,0 stupně Richterovy škály z 11. března 2011 silně otřáslo Misawou a způsobilo jí jen drobné škody a výpadek proudu; tsunami, která zničila nábřeží Hachinohe a pobřeží na jihu, samotnou základnu ušetřila. Jeho krizové operační středisko bylo zrovna v době, kdy se terén pohnul, obsazeno cvičením připravenosti, a proto zprávy o škodách přicházely rychle. Během několika dní se Misawa stala předsunutou operační základnou pro americké a japonské záchranné síly a přijala 14 vrtulníků pro distribuční lety.

Jaderná nouze ve Fukušimě Daiči udělala to, co zemětřesení ne. Ministerstvo obrany povolilo dobrovolný odchod a Japonsko opustilo 9 000 až 10 000 rodinných příslušníků, z nichž asi 7 800 bylo financováno armádou. První charterový let, který rodiny Misawy přivezl domů, přistál 22. dubna 2011 s více než 150 cestujícími na palubě. Na celou operaci Tomodači ministerstvo obrany vyčlenilo 88,5 milionu dolarů, přibližně 24 000 zaměstnanců, 189 letadel a 24 lodí.

Změnou, která nyní probíhá, jsou letadla. Pentagon 3. července 2024 oznámil, že 36 stíhaček F-16 společnosti Misawa nahradí 48 F-35A, což jsou první americké stíhačky F-35 trvale umístěné v indicko-pacifické oblasti a teprve druhé takové základny mimo Spojené státy po leteckém základně RAF Lakenheath. Modernizované stíhačky Misawa F-16 se koncem června 2025 přesunuly do Osanu v Jižní Koreji; první F-35A přistály 28. března 2026 u 13. stíhací perutě a křídlo představilo flotilu 24. dubna 2026.