Letecká základna RAF Lossiemouth byla otevřena v roce 1939 na ploché pobřežní zemědělské půdě vedle rybářského města Moray, které jí dalo jméno. Historie samotné základny RAF zaznamenává její první jednotku jako leteckou výcvikovou školu č. 15: byla postavena pro výuku pilotů, nikoli pro boj. Válka to rychle změnila. Stejná historie uvádí operace proti lodním útokům ze základny v letech 1939–1945, včetně operací IX. (bombardovací) a 617. perutě.

Válka dorazila na letiště večer 26. října 1940. Tři stíhačky Heinkel He 111 zaútočily v nízké výšce, zničily nejméně jeden Blenheim, zapálily budovy a poškodily hangár; jeden z nájezdníků se na letišti zřítil, pravděpodobně zasažen vlastními bombami. Údajů o počtu obětí se liší: časová osa Historické společnosti bitvy o Británii uvádí dva mrtvé a dvanáct zraněných, jiné historie stanic uvádějí tři mrtvé.

Nejznámějším válečným spojením lodi Lossiemouth je spojení s německou bitevní lodí Tirpitz, ležící v norských fjordech. Během podzimních útoků v roce 1944 letěly Lancastery z IX. a 617. perutě na sever do Lossiemouthu, Kinlossu a Milltownu v Moray. Operace Obviate 29. října byla poražena mraky. 12. listopadu, během operace Catechism, bombardéry zjistily, že loď je v bezpečí; dva bombardéry Tallboye ji zasáhly a Tirpitz se převrátil poblíž Tromsø. Signál 5. skupiny pro Lossiemouth zněl: “Úkol je hotov. Loď se převrátila.”

Po válce ministerstvo letectví předalo letiště admirality. Historie samotného letectva, Příběh Fulmara, zaznamenává, že Královská námořní letecká stanice byla pověřena dobou služby jako HMS Fulmar dne 7. července 1946, kdy velitel křídla E. A. Johnston předal velení kapitánu D. MacIntyrovi z Královského námořnictva. Po dalších 26 let sloužil Lossiemouth jako námořní letecká stanice, nejprve pro výcvik pilotů letectva a později pro základny úderných letek v první linii.

Námořnictvo přestavělo letiště pro tryskáče. V letech 1952–1953 prodloužilo dvě ze tří válečných ranvejí: 23/05 z 1720 stop na 2940 stop a 29/11 z 1227 stop na 1828 stop. Následovaly letouny Sea Hawk, Scimitar a Sea Venom a v březnu 1961 dorazil Blackburn Buccaneer, který nahradil Scimitar. Lossiemouth se stal velitelstvím námořnictva Buccaneer a v roce 1966 dosáhla stanice rekordního počtu více než 2 500 zaměstnanců a 500 civilistů.

Největší publicitu stanice zaznamenala 28. března 1967, kdy piráti z 800. a 736. námořní letecké perutě dostali rozkaz bombardovat uvízlý supertanker Torrey Canyon u Cornwallu; bylo hlášeno 23 přímých zásahů z 36 bomb. Od 11. září 1967 do 12. března 1970 byl velitelem kapitán Eric Brown. Nakonec 809. námořní letecká peruť, poslední jednotka pirátů, odletěla 4. září 1972 na palubu HMS Ark Royal a RAF stanici znovu obsadilo ve dnech 28. a 29. září 1972. Zdroje uvádějí obě data.

První vracející se jednotkou RAF byla letka D 202. perutě s pátracími a záchrannými vrtulníky. V srpnu 1973 se z RAF Kinloss přesunula 8. peruť (dnes VIII) s vrtulníky Shackleton AEW2. Byl to pístový motor, který létal až do roku 1991, kdy do služby RAF vstoupil E-3D Sentry. Shackletony létaly z Lossiemouthu až do 1. července 1991, kdy byly vyřazeny. Jeden z nich, WR965, byl v roce 1990 ztracen na Harrisu se všemi deseti na palubě.

Vrátili se i Buccaneers, tentokrát v barvách RAF; archivní fotografie tisku a časopisů ukazují, jak jsou Buccaneers RAF v roce 1981 nakládány bombami v Lossiemouthu. V roce 1991 se tento typ dostal do války: historie samotné 12. perutě zaznamenává, že s Buccaneery létala v operaci Granby, válce v Perském zálivu. Dne 13. března 1991 rodiny v Lossiemouthu po dvou měsících přivítaly domů letecké, pozemní a podpůrné posádky Buccaneers.

Místo Buccaneerů nahradily letouny Tornado. V roce 1994 byla 617. peruť převelena k základně RAF Lossiemouth s letounem Tornado GR1B v roli protilodní obrany, kde zůstala dvacet let. Odtud létala do Perského zálivu, Iráku a Afghánistánu, ze svého posledního nasazení v Herricku se vrátila 30. ledna 2014 a 28. února 2014 byla rozpuštěna. XV. (záložní) peruť na základně cvičila posádky letounů Tornado a v červenci 2012 při srážce nad Moray Firth ztratila dva letouny a tři členy posádky.

Jeho budoucnost byla urovnána až v roce 2011. Po přezkumu obrany v roce 2010 byla budoucnost obou stanic Moray, Lossiemouth a Kinloss, nejistá. Dne 18. července 2011 ministr obrany Liam Fox sdělil Dolní sněmovně, že síly Typhoon, které mají být vybudovány na základně RAF Leuchars, “budou místo toho vybudovány na základně RAF Lossiemouth”, zatímco Marham si ponechá Tornado GR4 a Kinloss připadne armádě. Poslanec za Moray Angus Robertson poblahopřál “celé komunitě Moray” ke kampani za zachování obou lokalit.

Typhoony přiletěly z Fife. Dne 8. září 2014 se 1. stíhací peruť přemístila z letecké základny RAF Leuchars. Ministerstvo obrany oznámilo, že 1. stíhací a 6. peruť nyní budou zajišťovat krytí rychlé reakce (QRA) pro sever Spojeného království, přičemž jižní oblast QRA bude sídlit na letecké základně RAF Coningsby. V roce 2015 následovala z letecké základny RAF Marham II. peruť (Army Cooperation), která se přeměnila z typu Tornado na Typhoon, a IX. (bombardovací) peruť se v roce 2019 v Lossiemouthu přeformovala jako agresorská peruť Typhoon a QRA.

První živý start raketoplánu QRA North z Lossiemouthu se uskutečnil 19. září 2014, kdy se Typhoony 6. perutě vznesly, aby se v mezinárodním vzdušném prostoru setkaly se dvěma ruskými letouny Bear. V odpovědi ministerstva obrany na informace z března 2020 byl uveden počet dní, kdy britské raketoplány QRA startovaly: 12, 12, 6, 9 a 14 v letech 2015–2019. Ruské vojenské letouny se do startů zapojovaly 8, 5, 3, 7 a 8 z těchto dnů. Ministerstvo přesný počet startů zatajilo.

Písemná parlamentní odpověď ze dne 2. července 2026 uváděla šest dní startů proti ruským letadlům v roce 2025. Stejně jako dříve uváděla kombinované údaje pro Lossiemouth a Coningsby, nikoli rozdělení podle stanic. Například 2. května 2023 se letouny Lossiemouth Typhoon, doplněné tankerem Voyager z RAF Brize Norton, setkaly s letounem Tu-142 Bear-F a norskými F-35A; letoun přiletěl ze severovýchodu nad Norským mořem a nikdy nevstoupil do britského suverénního vzdušného prostoru.

Po celá desetiletí létaly lovce ponorek RAF z letecké základny RAF Kinloss, která se nachází těsně u pobřeží Moray. Nimrod MR2 byl stažen z provozu v březnu 2010 a v říjnu 2010 Strategický obranný a bezpečnostní úřad zrušil jeho náhradu, Nimrod MRA4. Národní kontrolní úřad zjistil, že projekt byl o 114 měsíců později a o 789 milionů liber překročil původní schválené náklady ve výši 2,8 miliardy liber. Plánovaná flotila se zmenšila z 21 letadel na 9 a do 31. března 2011 bylo utraceno 3,4 miliardy liber.

Výbor pro obranu v září 2012 oznámil, že Spojené království v současné době nemá ani neplánuje žádné suverénní námořní hlídkové letouny. Poznamenal, že ministerstvo obrany akceptovalo, že mezeru nelze plně pokrýt žádným jiným aktivem ani kombinací aktiv, od fregat typu 23 až po vrtulníky Merlin, a že Spojené království se mezitím spoléhá na spojence. Výbor nebyl “přesvědčen”, že ministerstvo dokáže reagovat na jakoukoli eskalaci, a zeptal se, proč je uspokojivé čekat s rozhodnutím do roku 2015. Devět Boeingů P-8 Poseidon nakonec dostalo rozkaz k uzavření provozu.

První z nich, Pride of Moray, uletěl 4 060 mil z Jacksonville na Floridě a 4. února 2020 přistál v Kinlossu, čímž ukončil to, co Královské námořnictvo označilo za desetiletou mezeru. Kinloss byl použit, protože ranveje v Lossiemouthu byly v rámci programu za 75 milionů liber obnovovány. Dne 13. října 2020 se ZP802 z města Elgin stal prvním Poseidonem, který dorazil do Lossiemouthu. Devátý a poslední, ZP809, byl dodán v lednu 2022. Flotilu obsluhují 120. a 201. perutě, v každé posádce je personál Královského námořnictva, a 42. peruť (torpédových bombardérů) byla v roce 2023 znovu zformována za účelem jejich výcviku.

Čísla za stavební práce se liší v závislosti na tom, kdo je počítá. RAF odhadlo celkovou modernizaci Lossiemouthu na 400 milionů liber a Královské námořnictvo na téměř 500 milionů liber. Na strategické zařízení Poseidon, které bylo od té doby přejmenováno na Atlantic Building, poskytla RAF 132 milionů liber a oddělení obranného vybavení a podpory 100 milionů liber. RAF také napočítalo 400 dalších pracovníků, kteří přijedou na základnu, aby létali a podporovali devět letadel.

Letoun E-3D Sentry, který od roku 1991 létávala VIII. peruť z RAF Waddington, byl v roce 2021 vyřazen z provozu, čímž Spojené království ztratilo vlastní letoun včasné varovné signalizace. Jeho náhrada, E-7 Wedgetail, sdílí drak Boeingu 737 s Poseidonem a RAF očekává, že obě flotily budou ze sdílení základny těžit. Knihovna Dolní sněmovny zaznamenává, že v roce 2019 bylo objednáno pět letadel a po dokumentu o obranném velení z roku 2021 byla objednávka snížena na tři. Výbor pro obranu toto rozhodnutí označil za nejzvrácenější z celé revize: flotila byla snížena na 401 TP3T, což ušetřilo pouhých 121 TP3T.

Program se také zpozdil. V červenci 2025 knihovna očekávala, že Wedgetail vstoupí do služby ke konci roku 2025, o dva roky později, než bylo původně plánováno. První letoun, WT001, opustil letiště STS Aviation Services v Birminghamu a přistál na základně RAF Lossiemouth 21. května 2026. Před formálním předáním RAF musel ještě projít testy a hodnocením v ministerstvu obrany Boscombe Down a Lossiemouth.

VIII. peruť tvoří britský příspěvek k výsadkovým silám včasného varování NATO. Její posádky a technici jsou cvičeni hned vedle u 42. perutě (torpédových bombardérů), která zahájila výcvik techniků pro letouny Wedgetail v roce 2024 a výcvik posádek letadel v roce 2025. Strategický obranný přehled z června 2025 doporučil nákup dalších letounů E-7, pokud to financování dovolí, s tím, že sdílení nákladů NATO by mohlo kompenzovat část nákladů na infrastrukturu a provoz.