A RAF Lossiemouth foi inaugurada em 1939 em uma área plana de terras agrícolas costeiras, ao lado da vila de pescadores de Moray, que lhe dá o nome. O próprio histórico da base da RAF registra sua primeira unidade como a Escola de Treinamento de Voo nº 15: ela foi construída para treinar pilotos, não para combate. A guerra mudou isso rapidamente. O mesmo histórico lista operações antinavio realizadas a partir da base entre 1939 e 1945, inclusive pelos Esquadrões IX (Bombardeiro) e 617.

A guerra chegou ao aeródromo na noite de 26 de outubro de 1940. Três Heinkel He 111 atacaram em baixa altitude, destruindo pelo menos um Blenheim, incendiando edifícios e danificando um hangar; um dos aviões invasores caiu no aeródromo, provavelmente atingido por suas próprias bombas. Os relatos sobre o número de vítimas divergem: a cronologia da Sociedade Histórica da Batalha da Grã-Bretanha indica dois mortos e doze feridos, enquanto outros registros históricos da base aérea mencionam três mortos.

A ligação mais conhecida de Lossiemouth com a guerra é com o encouraçado alemão Tirpitz, que repousa nos fiordes noruegueses. Nos ataques do outono de 1944, os bombardeiros Lancaster dos Esquadrões IX e 617 voaram para o norte, até Lossiemouth, Kinloss e Milltown, em Moray. A Operação Obviate, em 29 de outubro, foi frustrada pela nebulosidade. Em 12 de novembro, na Operação Catechism, os bombardeiros encontraram o navio livre de nuvens; dois mísseis Tallboy o atingiram e o Tirpitz emborcou perto de Tromsø. O sinal do 5º Grupo para Lossiemouth dizia: “Missão cumprida. O navio emborcou.”

Após a guerra, o Ministério da Aeronáutica entregou o aeródromo ao Almirantado. A própria história da Fleet Air Arm, "The Fulmar Story", registra que a Estação Aeronaval Real foi comissionada como HMS Fulmar em 7 de julho de 1946, quando o Comandante de Ala E.A. Johnston passou o comando para o Capitão D. MacIntyre, da Marinha Real. Nos 26 anos seguintes, Lossiemouth foi uma estação aeronaval, inicialmente treinando pilotos da Fleet Air Arm e, posteriormente, abrigando esquadrões de ataque da linha de frente.

A Marinha reconstruiu o aeródromo para jatos. Em 1952-1953, ampliou duas das três pistas de decolagem da época da guerra: a 23/05, de 1.743 m para 2.787 m, e a 29/11, de 1.234 m para 1.849 m. Em seguida, vieram os aviões Sea Hawk, Scimitar e Sea Venom, e em março de 1961 o Blackburn Buccaneer chegou para substituir o Scimitar. Lossiemouth tornou-se o quartel-general dos Buccaneers da Marinha, e em 1966 a força da base atingiu o número recorde de mais de 2.500 militares, além de 500 civis.

O momento mais notório da base ocorreu em 28 de março de 1967, quando os aviões Buccaneer dos Esquadrões Aéreos Navais 800 e 736 receberam ordens para bombardear o superpetroleiro Torrey Canyon, encalhado na costa da Cornualha; foram relatados 23 impactos diretos de 36 bombas. De 11 de setembro de 1967 a 12 de março de 1970, o comandante foi o Capitão Eric Brown. Por fim, o Esquadrão Aéreo Naval 809, a última unidade de Buccaneer, partiu para embarcar no HMS Ark Royal em 4 de setembro de 1972, e a RAF retomou a base entre 28 e 29 de setembro de 1972. As fontes indicam ambas as datas.

A primeira unidade da RAF a retornar foi o Esquadrão D do 202º Esquadrão, com helicópteros de busca e salvamento. Em agosto de 1973, o 8º Esquadrão (hoje VIII) mudou-se da RAF Kinloss com o Shackleton AEW2. Era uma aeronave de alerta aéreo antecipado com motor a pistão, que continuou voando até a entrada em serviço da RAF em 1991, quando o E-3D Sentry foi introduzido. Os Shackletons voaram a partir de Lossiemouth até serem aposentados em 1º de julho de 1991. Um deles, o WR965, foi perdido em Harris em 1990 com todos os dez tripulantes a bordo.

Os Buccaneers também retornaram, desta vez com as cores da RAF; fotografias de arquivo do Press and Journal mostram Buccaneers da RAF sendo carregados com bombas em Lossiemouth em 1981. Em 1991, o modelo foi para a guerra: o próprio histórico do Esquadrão nº 12 registra que operou o Buccaneer na Operação Granby, a Guerra do Golfo. Em 13 de março de 1991, famílias em Lossiemouth receberam de volta as tripulações aéreas, terrestres e de apoio do Buccaneer após dois meses de ausência.

O Tornado substituiu o Buccaneer. Em 1994, o Esquadrão nº 617 foi transferido para a RAF Lossiemouth com o Tornado GR1B para missões antinavio, onde permaneceu por vinte anos. De lá, o esquadrão voou para o Golfo Pérsico, Iraque e Afeganistão, retornou de sua última missão em Herrick em 30 de janeiro de 2014 e foi desativado em 28 de fevereiro de 2014. O Esquadrão nº XV (Reserva) treinou tripulações de Tornado na base e perdeu duas aeronaves e três tripulantes em uma colisão sobre o Moray Firth em julho de 2012.

O futuro das bases aéreas de Moray só foi definido em 2011. Após a revisão da defesa de 2010, o futuro de ambas as bases de Moray, Lossiemouth e Kinloss, ficou incerto. Em 18 de julho de 2011, o Secretário de Defesa, Liam Fox, informou à Câmara dos Comuns que a força de caças Typhoon, que seria instalada na RAF Leuchars, "será instalada na RAF Lossiemouth", enquanto Marham manteria os Tornado GR4 e Kinloss passaria para o Exército. O deputado de Moray, Angus Robertson, parabenizou "toda a comunidade de Moray" pela campanha para manter ambas as bases.

Os Typhoons vieram de Fife. Em 8 de setembro de 2014, o Esquadrão nº 1 (Caça) foi transferido da RAF Leuchars. O Ministério da Defesa anunciou que os Esquadrões nº 1 (Caça) e nº 6 passariam a fornecer cobertura de Alerta de Reação Rápida (QRA) para o norte do Reino Unido, com a QRA do sul baseada na RAF Coningsby. O Esquadrão nº 2 (Cooperação com o Exército) seguiu da RAF Marham em 2015, convertendo-se de Tornado para Typhoon, e o Esquadrão nº IX (Bombardeiro) foi reformado em Lossiemouth em 2019 como um esquadrão de agressores Typhoon e QRA.

O primeiro lançamento real de QRA Norte a partir de Lossiemouth ocorreu em 19 de setembro de 2014, quando caças Typhoon do Esquadrão nº 6 interceptaram duas aeronaves russas Bear em espaço aéreo internacional. Uma resposta do Ministério da Defesa britânico, obtida por meio da Lei de Liberdade de Informação (FOIA), em março de 2020, informou o número de dias em que a QRA do Reino Unido realizou lançamentos: 12, 12, 6, 9 e 14, entre 2015 e 2019. Aeronaves militares russas estiveram envolvidas nos dias 8, 5, 3, 7 e 8 desses lançamentos, respectivamente. O Ministério não divulgou o número exato de lançamentos.

Uma resposta parlamentar por escrito, datada de 2 de julho de 2026, indicou seis dias de lançamento contra aeronaves russas em 2025. Tal como anteriormente, apresentou números combinados para Lossiemouth e Coningsby, em vez de uma discriminação por base. Em 2 de maio de 2023, por exemplo, caças Typhoon de Lossiemouth, reabastecidos por um Voyager da RAF Brize Norton, interceptaram um Tu-142 Bear-F juntamente com F-35A noruegueses; a aeronave tinha vindo do nordeste, sobre o Mar da Noruega, e nunca entrou no espaço aéreo soberano do Reino Unido.

Durante décadas, os caçadores de submarinos da RAF operaram a partir da base aérea de Kinloss, na costa de Moray. O Nimrod MR2 foi retirado de serviço em março de 2010 e, em outubro do mesmo ano, a Revisão Estratégica de Defesa e Segurança cancelou seu substituto, o Nimrod MRA4. O Escritório Nacional de Auditoria constatou que o projeto estava com 114 meses de atraso e custou £789 milhões a mais do que o valor originalmente aprovado de £2,8 bilhões. A frota planejada havia sido reduzida de 21 para 9 aeronaves, e £3,4 bilhões já haviam sido gastos até 31 de março de 2011.

Em setembro de 2012, o Comitê de Defesa relatou que o Reino Unido não possuía, nem planejava possuir, aeronaves de patrulha marítima soberanas. O relatório observou que o Ministério da Defesa reconhecia que essa lacuna não poderia ser totalmente preenchida por nenhum outro recurso ou combinação de recursos, desde fragatas Tipo 23 até helicópteros Merlin, e que, enquanto isso, o Reino Unido dependia de aliados. O Comitê se mostrou "inconformado" com a capacidade do Ministério de responder a qualquer escalada do conflito e questionou por que seria satisfatório esperar até 2015 para tomar uma decisão. Nove Boeing P-8 Poseidons foram finalmente encomendados para suprir essa lacuna.

O primeiro, Pride of Moray, voou 6.530 quilômetros (4.060 milhas) de Jacksonville, Flórida, e pousou em Kinloss em 4 de fevereiro de 2020, encerrando o que a Marinha Real chamou de um hiato de uma década. Kinloss foi escolhido porque as pistas de Lossiemouth estavam sendo recapeadas em um programa de 75 milhões de libras. Em 13 de outubro de 2020, o ZP802, City of Elgin, tornou-se o primeiro Poseidon a chegar a Lossiemouth. O nono e último, ZP809, foi entregue em janeiro de 2022. Os Esquadrões nº 120 e nº 201 operam a frota com pessoal da Marinha Real em cada tripulação, e o Esquadrão nº 42 (Bombardeiro Torpedeiro) foi reformado em 2023 para treiná-los.

Os valores referentes às obras variam conforme a fonte da contagem. A RAF estimou a modernização total de Lossiemouth em £400 milhões, enquanto a Marinha Real Britânica a estimou em quase £500 milhões. Para a instalação estratégica Poseidon, posteriormente renomeada como Edifício Atlântico, a RAF contribuiu com £132 milhões e o Departamento de Equipamentos e Suporte de Defesa com £100 milhões. A RAF também contabilizou a chegada de 400 militares adicionais à base para operar e dar suporte às nove aeronaves.

O E-3D Sentry, operado pelo Esquadrão nº VIII da RAF Waddington desde 1991, foi aposentado em 2021, deixando o Reino Unido sem sua própria aeronave de alerta aéreo antecipado. Seu substituto, o E-7 Wedgetail, compartilha a mesma fuselagem do Boeing 737 do Poseidon, e a RAF espera que as duas frotas se beneficiem do compartilhamento de uma base. Os registros da Biblioteca da Câmara dos Comuns indicam que cinco aeronaves foram encomendadas em 2019, e o pedido foi reduzido para três após o documento do comando de defesa de 2021. O Comitê de Defesa considerou essa decisão a mais perversa da revisão: um corte de 401 aeronaves TP3T para uma economia de aquisição de apenas 121 aeronaves TP3T.

O programa também sofreu atrasos. Em julho de 2025, a Biblioteca esperava que o Wedgetail entrasse em serviço no final de 2025, dois anos depois do planejado inicialmente. A primeira aeronave, WT001, partiu da STS Aviation Services no Aeroporto de Birmingham e pousou na RAF Lossiemouth em 21 de maio de 2026. Ela ainda precisava passar por testes e avaliações no Ministério da Defesa em Boscombe Down e Lossiemouth antes da transferência formal para a RAF.

O Esquadrão nº VIII constitui a contribuição do Reino Unido para a força de alerta aéreo antecipado da OTAN. Sua tripulação e engenheiros são treinados no Esquadrão nº 42 (Bombardeiro Torpedeiro), localizado ao lado, que iniciou o treinamento de engenheiros do Wedgetail em 2024 e o treinamento de tripulação em 2025. A Revisão Estratégica de Defesa de junho de 2025 recomendou a aquisição de mais aeronaves E-7 quando houver financiamento disponível, observando que o compartilhamento de custos da OTAN poderia compensar parte dos custos de infraestrutura e operação.