В 1939 году ВМС вернули себе контроль над авиацией у Королевских ВВС и внезапно нуждались в собственных аэродромах. В том же году авиационное подразделение Адмиралтейства заняло 417 акров земли недалеко от Илчестера. Грунт был тяжелым и влажным, а проблемы с дренажем привели к тому, что взлетно-посадочные полосы — одна основная полоса длиной 3645 футов и три по 3000 футов — были достроены только в 1941 году, хотя в Википедии указан командир, капитан Гарри Мюррей-Смит, с марта 1940 года. Люфтваффе несколько раз совершало налеты на базу, начиная с 1940 года.

Первой задачей аэродрома стала подготовка кадров. После бомбардировки Форда сюда прибыла 750-я эскадрилья морской авиации с военно-морской авиабазы Форд, за ней последовали 751-я и 752-я эскадрильи, а также была создана Школа морской авиации истребительной авиации; 794-я эскадрилья была сформирована для обучения воздушной стрельбе. Компания Westland, чьи заводы находились в нескольких милях отсюда, в Йовиле, построила на этом месте ремонтную базу. В мае 1943 года здесь базировалась 827-я эскадрилья с самолетами Albacore, и она стала первой эскадрильей, получившей Barracuda в значительном количестве. К 1942 году аэродром был настолько переполнен, что были открыты дополнительные базы в Чарлтон-Хореторне и Хенстридже, а также центр радиолокационного наведения в Спекингтон-Манор. После войны Йовилтон стал центром демобилизации.

В 1952 году Йовилтон стал береговой базой для всепогодных истребителей ВМС, а компания Taylor Woodrow удлинила взлетно-посадочные полосы для реактивных самолетов в 1952 и 1957 годах. Sea Venom уступил место Sea Vixen, а в 1969 году – Phantom FG1: 892-я эскадрилья морской авиации была сформирована в конце марта 1969 года как первое оперативное подразделение Королевского флота, базировавшееся на самолетах Phantom, используя Йовилтон в качестве своей первой базы, прежде чем перебазироваться на авиабазу RAF Leuchars в Файфе. Во время подготовки три самолета эскадрильи участвовали в трансатлантической воздушной гонке 1969 года, и один из них установил рекорд полета с запада на восток – 4 часа 46 минут, который продержался пять лет.

Завершение строительства крупных авианосцев в 1970-х годах могло положить конец роли Йовилтона как передового авианосца. Вместо этого командующий военно-морской авиацией переехал сюда из Ли-он-Солента, эскадрильи вертолетов-коммандос (Wessex HU5, затем Sea King HC4) обосновались здесь, а в 1979 году первый серийный Sea Harrier прибыл в 700-ю эскадрилью военно-морской авиации, подразделение, проводившее испытания. В марте 1980 года она стала 899-й эскадрильей, береговым штабом этого типа, и на аэродроме был построен трамплин для тренировок. В течение 27 лет здесь базировались все передовые эскадрильи Sea Harrier — 800-я, 801-я и 899-я, — пока этот тип не был снят с вооружения 29 марта 2006 года, а эскадрильи не были расформированы.

В ходе оборонного обзора 2010 года было решено, что транспортные вертолеты Merlin HC3 Королевских ВВС перейдут в ведение ВМФ для замены устаревающих Sea King HC4. Экипажи ВМФ присоединились к эскадрилье Merlin Королевских ВВС в Бенсоне в 2012 году; 30 сентября 2014 года 78-я эскадрилья Королевских ВВС была расформирована на церемонии передачи, и ее место заняла 846-я эскадрилья морской авиации. 846-я эскадрилья передислоцировалась в Йовилтон 26 марта 2015 года, 848-я эскадрилья была ненадолго воссоздана для полетов на последних Sea King, которые были сняты с вооружения в марте 2016 года, а 845-я эскадрилья покинула Бенсон и перебазировалась в Йовилтон 16 июня 2016 года. С тех пор вертолеты Merlin были модернизированы до стандартов HC4 и HC4A, оптимизированных для десантных операций с кораблей.

Одновременно с этим Йовилтон стал базой для самолетов Wildcat. 700-я эскадрилья была сформирована в качестве основного подразделения в мае 2009 года, первый Wildcat HMA2 прибыл в январе 2013 года, 825-я эскадрилья была сформирована в июле 2014 года, а последний из 28 палубных Wildcat был поставлен в октябре 2016 года; Lynx HMA8 был снят с вооружения в марте 2017 года. В рамках программы «Армия 2020» армейский авиакорпус перевел сюда свой парк Wildcat AH1 с октября 2015 года. Программа WINFRA стоимостью 150 миллионов фунтов стерлингов профинансировала строительство новых зданий эскадрильи, столовых и 508 одноместных спальных мест. 30 июня 2026 года в Плане оборонных инвестиций было объявлено, что AH1 будет снят с вооружения с 2027 года, а морской Wildcat в конечном итоге будет заменен автономным летательным аппаратом.

Музей морской авиации открылся в Йовилтоне в мае 1964 года и сейчас позиционирует себя как крупнейшая в Европе коллекция военно-морской авиации: более 90 самолетов и 30 000 артефактов в четырех залах, с видом на действующий аэродром. Главная достопримечательность музея — гражданский самолет Concorde 002, первый Concorde британской постройки, на котором, по утверждению музея, совершил свой первый полет пятьдесят лет назад. В 2023 году зал №4 был перестроен в макет полетной палубы авианосца HMS Ark Royal в том виде, в каком он выглядел в 1970-х годах. В 2025 году музей посетили 80 338 человек.

На этой станции также хранилась история авиации ВМС. Историческая эскадрилья Королевского флота, сформированная в Йовилтоне в 1972 году для полетов на самолетах Swordfish, Sea Fury, Firefly и Sea Hawk, прекратила свою деятельность 31 марта 2019 года; четыре ее самолета, оцененные примерно в 1,81 миллиона фунтов стерлингов, были переданы фонду Fly Navy Heritage Trust и теперь числятся в гражданском реестре как «Военно-морские крылья». Согласно Википедии, День авиации в Йовилтоне, проводившийся каждый июль с показательными полетами и вертолетной операцией, в последний раз проводился в 2019 году.