海軍は1939年にイギリス空軍から航空機の管理権を取り戻し、突如として独自の飛行場が必要となった。海軍航空隊はその年、イルチェスター近郊の417エーカーの土地を取得した。地盤は重く湿っており、排水の問題から、3,645フィートのメイン滑走路1本と3,000フィートの滑走路3本からなる滑走路は1941年まで完成しなかった。ただし、ウィキペディアには1940年3月から指揮官としてハリー・マレー＝スミス大尉の名前が記載されている。ドイツ空軍は1940年からこの基地を数回空襲した。.

最初の任務は訓練だった。フォード海軍航空基地が爆撃された後、第750海軍航空隊がフォードから移駐し、続いて第751および第752飛行隊が移駐し、海軍戦闘機学校が設立された。第794飛行隊は空中射撃のために編成された。数マイル離れたヨービルに工場があったウェストランド社は、この場所に修理施設を建設した。1943年5月には、第827飛行隊がアルバコアを携えてここに駐留し、バラクーダを本格的に受領した最初の飛行隊となった。1942年までに飛行場は混雑し、チャールトン・ホーソーンとヘンストリッジにサテライト基地が開設され、スペッキントン・マナーには航空管制レーダーセンターが設置された。戦後、ヨービルトンは動員解除センターとなった。.

1952年、ヨービルトンは海軍の全天候型戦闘機の陸上基地となり、テイラー・ウッドロー社は1952年と1957年にジェット機用の滑走路を延長した。シー・ヴェノムはシー・ヴィクセンに取って代わられ、1969年にはファントムFG1に取って代わられた。892海軍航空隊は1969年3月末に最初の運用可能な英国海軍ファントム部隊として編成され、ヨービルトンを最初の拠点として、その後ファイフのRAFルーチャーズに移った。訓練期間中、同隊の3機が1969年の大西洋横断航空レースに参加し、そのうち1機が西から東への4時間46分の記録を樹立し、その記録は5年間破られなかった。.

1970年代に大型空母が退役したことで、ヨービルトンの最前線基地としての役割は終わるはずだった。しかし、海軍航空司令部司令官がリー・オン・ソレントからここへ移転し、特殊部隊ヘリコプター飛行隊（ウェセックスHU5、後にシーキングHC4）がここを拠点とし、1979年には最初の量産型シーハリアーが試験部隊である第700A海軍航空飛行隊に到着した。同飛行隊は1980年3月に第899飛行隊となり、シーハリアーの陸上司令部となり、訓練用に飛行場にスキージャンプ台が建設された。27年間、第800、第801、第899飛行隊というすべての最前線シーハリアー飛行隊がここに拠点を置き、2006年3月29日にシーハリアーが退役し、各飛行隊が解散するまで続いた。.

2010年の国防見直しでは、老朽化したシーキングHC4の後継機として、RAFのマーリンHC3輸送ヘリコプターを海軍に移管することが決定された。海軍の乗組員は2012年にベンソンでRAFのマーリン部隊に加わった。2014年9月30日、RAF第78飛行隊は引き継ぎ式で解散し、海軍航空隊第846飛行隊がその地位を引き継いだ。第846飛行隊は2015年3月26日にヨービルトンに移り、第848飛行隊は最後のシーキングを運用するために一時的に復活したが、2016年3月に退役し、第845飛行隊は2016年6月16日にベンソンからヨービルトンに移った。その後、マーリンはHC4およびHC4A規格にアップグレードされ、艦船からの水陸両用作戦に最適化された。.

同時に、ヨービルトンはワイルドキャット基地となった。700W飛行隊は2009年5月に配備部隊として編成され、最初のワイルドキャットHMA2は2013年1月に到着し、825飛行隊は2014年7月に編成され、28機の海軍ワイルドキャットの最後の機体は2016年10月に納入された。リンクスHMA8は2017年3月に退役した。陸軍2020計画の下、陸軍航空隊は2015年10月からワイルドキャットAH1部隊をここに持ち込んだ。1億5000万ポンドのWINFRA計画により、新しい飛行隊の建物、食堂、508のシングルベッドスペースが賄われた。2026年6月30日、国防投資計画はAH1が2027年から退役し、海上ワイルドキャットは最終的に自律型航空機に置き換えられることを発表した。.

艦隊航空隊博物館は1964年5月にヨービルトンに開館し、現在ではヨーロッパ最大の海軍航空コレクションを自称している。4つのホールには90機以上の航空機と3万点の展示品があり、現役の飛行場を見渡すことができる。民間展示品の目玉は、イギリスで最初に製造されたコンコルドであるコンコルド002で、博物館によると50年前に実際に飛行したという。2023年には、第4ホールが1970年代のHMSアーク・ロイヤルの飛行甲板を再現した模型として再建された。同博物館は2025年に80,338人の来館者を記録した。.

同基地は海軍の飛行史を空中で継承してきた。1972年にヨービルトンで結成され、ソードフィッシュ、シーフューリー、ファイアフライ、シーホークを運用していた英国海軍歴史飛行隊は、2019年3月31日に活動を停止した。約181万ポンド相当の4機の航空機は、フライ・ネイビー・ヘリテージ・トラストに寄贈され、現在は民間登録機としてネイビー・ウィングスとして飛行している。ウィキペディアによると、毎年7月に飛行展示や特殊部隊ヘリコプターによる襲撃が行われたヨービルトン航空祭は、2019年が最後の開催となった。.