В 1941 году Королевские военно-воздушные силы Канады отправились на поиски ровной местности в верховьях судоходной реки Сагеней и нашли её. Регион был занят расчищенными сельскохозяйственными угодьями, географически изолирован, неподалеку находился глубоководный порт Порт-Альфред и проложена железная дорога. Тем летом началось строительство двух аэродромов: авиабазы RCAF Сент-Оноре недалеко от Шикутими, которая открылась в июне 1942 года, и авиабазы RCAF Баготвиль в Ла-Бае, которая открылась 17 июля 1942 года, при этом Сент-Оноре стал её вспомогательной базой.

Что делало Сагеней достойным защиты, так это алюминий. Плавильный завод Alcan в Арвиде был одним из крупнейших промышленных предприятий в Канаде и производил значительную часть металла, из которого строились военно-воздушные силы союзников, а гидроэлектростанции, обеспечивавшие его энергией, располагались в той же долине. В 1942 году немецкие подводные лодки топили суда в Мексиканском заливе и нижнем течении реки Святого Лаврентия в битве, известной как Битва при Святого Лаврентия. Баговиль и Мон-Жоли были объединены для противодействия угрозе и успокоения местных жителей, что было немаловажной частью задачи.

Станция выполняла сразу две задачи. 1-я оперативно-учебная эскадрилья обучала пилотов истребителей со всего Содружества в рамках Британской программы подготовки летчиков на истребителях Hurricane, Kittyhawk, Harvard и Lysander; это была единственная в стране база подготовки пилотов истребителей Hurricane. Рядом с ней располагалась 130-я эскадрилья "Пантера", оперативное подразделение противовоздушной обороны металлургического завода, девиз которого "Защити Сагеней" (Défendez le Saguenay) впоследствии был принят всей базой. 129-я эскадрилья приняла на себя задачи противовоздушной обороны 24 октября 1943 года, а два месяца спустя её поглотила 1-я оперативно-учебная эскадрилья.

Результаты обучения отрезвляют. За 28 месяцев, в течение 29 курсов, 1-й учебный отряд выпустил 940 пилотов-истребителей, а 41 человек погиб. По мере снижения потребности в летном составе база приходила в упадок: 1-й учебный отряд прекратил свою деятельность 28 октября 1944 года, был расформирован в ноябре, а Баготвиль и Сент-Оноре были закрыты и законсервированы 5 января 1945 года.

425-я эскадрилья была сформирована на авиабазе Королевских ВВС Дишфорт в Йоркшире 22 июня 1942 года как первое франко-канадское подразделение Королевских ВВС Канады, летавшее на самолетах Vickers Wellington в составе 6-й группы. Она вступила в войну в ночь с 5 на 6 октября 1942 года против Аахена. В 1943 году она была переброшена в Кайруан в Тунисе и действовала против Италии и Сицилии, прежде чем вернуться в Англию в ноябре, пересев в декабре на самолеты Handley Page Halifax и совершив свой первый вылет на Halifax в феврале 1944 года.

Последняя операция эскадрильи в войне состоялась 25 апреля 1945 года против артиллерийских батарей на фризском острове Вангероге. Затем она перевооружилась канадскими бомбардировщиками Avro Lancaster Mk X и в июне вернулась домой для подготовки к операции «Тигровая сила» и вторжению в Японию. Атомные бомбы сделали операцию «Тигровая сила» ненужной, и 425-я эскадрилья была расформирована на авиабазе Канады в Деберте 5 сентября 1945 года, менее чем через три недели после капитуляции Японии.

Эскадрилья была воссоздана в Сен-Юбере в октябре 1954 года на самолетах CF-100 Canuck, в конце 1961 года стала учебно-тренировочным подразделением для CF-101 Voodoo в Намао, а летом 1962 года передислоцировалась в Баготвиль, где и находится до сих пор. 1 июля 1984 года она перешла на самолеты CF-188 Hornet. В 2008 году она получила свою первую боевую награду со времен Второй мировой войны за операцию «Союзная сила» над Косово.

Его недавняя история в основном связана с Восточной Европой. В 2014 году четыре самолета были отправлены в Кэмпию-Турзий в Румынии в рамках мер НАТО по обеспечению безопасности после аннексии Крыма; отряд из четырех самолетов численностью около 100 человек был развернут в Михайле-Когэлничану в марте 2016 года для участия в учениях «Resilient Resolve»; а в 2022 году эскадрилья вернулась в Михайла-Когэлничану для усиления патрулирования воздушного пространства в Черноморском регионе. Таково практическое значение истребительной базы на Сагене в 2020-х годах.

Баготвиль был вновь введен в строй 1 июля 1951 года в период Корейской войны и обострения холодной войны, сначала как тренировочная база для эскадрилий, направлявшихся в Европу. 413-я и 414-я эскадрильи проходили здесь подготовку на самолетах Sabre, прежде чем обе были отправлены в Европу для участия в учениях Leapfrog III в марте 1953 года. 431-я эскадрилья была вновь сформирована на самолетах Sabre в январе 1954 года в качестве временной меры и была расформирована девять месяцев спустя. В 1954 году к 432-й и 440-й эскадрильям прибыл всепогодный истребитель CF-100 Canuck, а в 1957 году к ним присоединился учебно-тренировочный самолет CT-133 Silver Star.

Эскадрилья «Вуду» изменила характер базы. 416-я эскадрилья, сформированная в Баготвиле на самолетах CF-101 в 1961 году, передислоцировалась в Чатем в следующем году; 425-я прибыла летом 1962 года на самолетах того же типа. Эти самолеты были модифицированы для переноса AIR-2 Genie, неуправляемой ракеты класса «воздух-воздух» с ядерной боеголовкой, предназначенной для уничтожения целых групп советских бомбардировщиков, а боеголовки хранились в Баготвиле в соответствии с условиями хранения, действовавшими после кризиса, приведшего к падению правительства Дифенбейкера в 1963 году.

Они оставались там до вывода оружия из эксплуатации в начале 1980-х годов. Это наименее заметная для посетителей часть истории базы, и именно она больше всего меняет облик этого места: в течение двух десятилетий тихий городок в фьорде Квебека жил по соседству с американским ядерным оружием, и это положение дел не было ни секретным, ни широко обсуждаемым.

В результате объединения 1 февраля 1968 года база ВВС Канады Баготвиль была преобразована в базу ВВС Канады Баготвиль. В том же году здесь была сформирована 410-я эскадрилья для обучения, которая в 1982 году передислоцировалась в Колд-Лейк; 433-я эскадрилья прибыла после реорганизации в сентябре 1969 года с самолетами CF-5; 434-я эскадрилья "Блюноуз" заменила 410-ю в 1982 году и отправилась в Чатем в июле 1985 года. 1 июля 1984 года 425-я эскадрилья сменила свои самолеты Voodoo на Hornet, а в 1985 году первые два Hornet взяли на себя круглосуточное дежурство в NORAD.

433-я эскадрилья была сформирована на авиабазе Королевских ВВС в Скиптон-он-Суэйле 25 сентября 1943 года и затем почти два месяца простаивала без самолетов. После прибытия Halifax Mk III эскадрилья прошла подготовку и начала боевые действия 2 января 1944 года, совершая ночные полеты над континентом в течение года, прежде чем в январе 1945 года перешла на использование Lancaster. В период с января 1944 года по апрель 1945 года эскадрилья совершила 2316 успешных боевых вылетов. После войны они перевозили войска и военнопленных домой из Германии и Италии до расформирования эскадрильи в Скиптон-он-Суэйле 15 октября 1945 года.

Эскадрилья была воссоздана как всепогодная истребительная эскадрилья в Колд-Лейке 15 ноября 1954 года, передислоцировалась в Норт-Бей в октябре 1955 года, использовала самолеты CF-100 в составе системы ПВО Северной Америки и была расформирована 31 июля 1961 года. Она вернулась 26 сентября 1969 года в Баготвиле в качестве франкоязычной эскадрильи Мобильного командования, используя самолеты CF-5 Freedom Fighter в тактических и разведывательных целях, а в 1984 году перешла на CF-188 Hornet. В 1986 году она прекратила свою деятельность для реструктуризации и вернулась на Hornet в январе 1988 года.

Затем его снова расформировали. 14 июля 2005 года эскадрилья была расформирована после 62 лет службы, а её самолёты и персонал были включены в состав 425-й эскадрильи, которая стала двуязычным подразделением. "Дикобразы" остались лишь в виде воспоминания и эмблемы — золотого дикобраза на серебре с девизом "Qui s'y frotte s'y pique", что примерно означает «кто потрётся о него, тот уколется», — а люди из эскадрильи разлетелись.

Эскадрилья была воссоздана в Баготвиле 9 июня 2015 года, восстановив Королевские военно-воздушные силы Канады до четырех истребительных эскадрилий. Командующий ВВС на церемонии, генерал-лейтенант Иван Блондин, сам начал свою карьеру на CF-188 в составе 433-й эскадрильи и подписал приказ об отмене её стандарта десять лет назад. Членов эскадрильи называют "Ти-пиками", и он использовал это слово в отношении себя.

В период с 19 по 21 июля 1996 года двухнедельные дожди на перенасыщенной влагой почве привели к крупнейшему сухопутному наводнению в истории Канады XX века. За два дня в регионе Сагеней выпало количество осадков, эквивалентное объему воды, превышающему объем Ниагарского водопада за четыре недели; более двух метров воды затопило некоторые районы Шикутими и Ла-Бай. В результате наводнения погибли десять человек, еще двое — в результате вызванных им оползней, 488 домов были разрушены и 1230 повреждены, 16 000 человек были эвакуированы, а ущерб составил около 1,5 миллиарда канадских долларов.

Баготвиль стал убежищем для всего региона. В рамках операции «Сагеней», одной из крупнейших внутренних спасательных операций Канадских вооруженных сил, база приняла 4189 эвакуированных, а ее кухня приготовила рекордные 15 000 порций еды. Значение базы в Сагенее обусловлено не рекламными плакатами, а событиями двух недель 1996 года, которые большинство жителей долины до сих пор помнят.

В обычные годы отношения складываются через выплату заработной платы и организацию авиашоу. В Баготвиле работает около 1700 военнослужащих и гражданских лиц, что делает его одним из крупнейших работодателей в регионе. Международное авиашоу в Баготвиле проводится примерно раз в два года с 1953 года; в 2024 году, 22 и 23 июня, после пятилетнего перерыва, шоу посетило рекордное количество людей: 151 000 человек в выходные, 83 000 в субботу и 68 000 в воскресенье. На территории базы расположен Музей авиационной обороны, а снаружи выставлены самолеты.

Будущее обретает конкретные очертания. 12-я радиолокационная эскадрилья была сформирована здесь 1 марта 1999 года для замены закрытой радиолокационной станции на горе Апика. 2-я эскадрилья, штаб развертываемого экспедиционного крыла, была создана в 2012 году, а строительство объекта для нее стоимостью 131 миллион танзанийских шиллингов началось в 2023 году. В августе 2024 года компания Pomerleau начала работу над объектом быстрого реагирования NORAD для самолетов CF-35A стоимостью 120 миллионов танзанийских шиллингов: 7400 квадратных метров ангарных отсеков, офисов и жилых помещений для экипажей на охраняемой территории площадью 17 000 квадратных метров, ввод в эксплуатацию которого запланирован на 2027 год, что обеспечит более 600 рабочих мест в регионе.