Wikipedia'ya göre, CG Jefford'un 45. Filo tarihine dayanan bilgilere göre, RAF'ın 45. Filosuna bağlı bir müfreze, Aralık 1929'da Fairey III keşif uçaklarıyla Eastleigh'e geldi. RAF Kenya Birimi 14 Aralık 1935'te kuruldu ve 15 Aralık 1936'da, o zamana kadar Fairey Gordon uçaklarıyla uçan 45. Filo'nun B Bölüğü, 17 Eylül 1939'da ayrılan 223. Filo'ya genişletildi. İkinci Dünya Savaşı sırasında, 1414 (Meteoroloji) Bölüğü, Eastleigh'ten Gladiator'dan Spitfire'a kadar çeşitli uçak tipleriyle uçtu ve savaştan sonra 21, 30 ve 82. Filolar burada konuşlandı.

1945'ten 1958'e kadar Eastleigh, BOAC ve East African Airways tarafından kullanılan ve Nairobi'nin ana uluslararası havaalanıydı; bu hizmet, yakınlarda açılan ve şimdiki adıyla Jomo Kenyatta Uluslararası Havaalanı olan Embakasi Havaalanı'na kadar devam etti. Sivil Havacılık Müdürlüğü'nün eğitim okulu 1954 yılında bu havaalanında kuruldu; Kenya Sivil Havacılık Otoritesi tarafından işletilen Doğu Afrika Havacılık Okulu olarak halen orada faaliyet göstermektedir.

Mau Mau krizi, Eastleigh'e savaş uçağı seferlerini getirdi. Wikipedia'ya göre, Steve Chappell'in Air Power Review'deki çalışmasına atıfta bulunarak, RAF'ın 1340. Filosu, Filo Komutanı Charles G. St. David Jefferies komutasında 12 adet Noorduyn Harvard IIB eğitim uçağıyla (sekiz operasyonel, dört yedek) 27 Mart 1953'te buraya geldi. Harvard uçakları, sekiz adet 20 lb'lik parçacık bombası ve sağ kanadın altında tek bir Browning .303 makineli tüfek için raflarla donatılmıştı.

RAF modernleştikçe havaalanının sınırları ortaya çıktı. Wikipedia'nın kaydettiğine göre, 1950'lerin sonlarında Hawker Hunter uçaklarıyla 208. Filo'nun gelişiyle birlikte, Eastleigh'in yüksek rakımı ve kısa pistleri nedeniyle jet avcı uçakları ve bombardıman uçakları Embakasi'den faaliyet göstermek zorunda kaldı. Bağımsızlık sonrasında da bu durum devam etti: Eastleigh, Kenya Hava Kuvvetleri'nin karargahı ve nakliye üssü oldu ve jetleri 1974'te Nanyuki'ye taşındı.

Wikipedia'nın anlatımına göre, 1 Ağustos 1982 Pazar günü saat 03:00'te Kenya Hava Kuvvetleri askerleri Eastleigh Hava Üssü'nü ele geçirdi ve saat 04:00'te yakındaki Embakasi üssü de düştü; saat 06:00'da Kıdemli Er Hezekiah Ochuka ve Çavuş Pancras Oteyo Okumu, Kenya'nın Sesi radyo istasyonunu ele geçirdi. Washington Post, 9 Ağustos 1982 tarihli haberinde, isyanın Embakasi Hava Üssü'nde başladığını ve başarısız olunca dört hava kuvvetleri mensubunun oradan Dar es Salaam'a uçtuğunu belirtti. İsyan edenlerin ordu desteği yoktu ve saatler içinde ezildiler.

Sonuçları kurum üzerinde olumsuz etkiler yarattı. Hava kuvvetleri dağıtıldı ve ordu kontrolüne verildi; bu dönemde KAF Eastleigh, Wikipedia'ya göre isyancıların devirmeye çalıştığı cumhurbaşkanının adını alarak Moi Hava Üssü olarak yeniden adlandırıldı. Hava kuvvetleri 1994'te bağımsızlığını yeniden kazandı; üs bu ismi korudu.

Moi Hava Üssü, Kenya Hava Kuvvetleri'nin karargahıdır; Savunma Bakanlığı karargah adresini burada vermektedir. Ayrıca yeni nakliye uçaklarının teslim alındığı üs de burasıdır. Africa Defense Forum'un haberine göre, 20 Nisan 2021'de ABD tarafından tedarik edilen üç C-145A Skytruck'tan ilki Moi Hava Üssü'ne geldi ve o zamanki hava kuvvetleri komutanı Tümgeneral Francis Ogolla'nın başkanlık ettiği bir törenle teslim edildi; ABD Hava Kuvvetleri ekipleri, Kenyalı pilotları ve yer ekiplerini eğitmek için Şubat ayında gelmişti. Skytruck, iki pilot ve bir yükleme sorumlusuyla uçuyor ve 16 yolcu veya on paraşütçü taşıyabiliyor; dergi, bakım komutanı, aviyonik teknisyeni ve uçak gövdesi mürettebat şefinin tamamının kadın olduğunu belirtti. Kenya'nın toplamda üç adet Skytruck alması planlanıyordu.

İncelenen kaynaklara göre üssün en kötü günü, 16 Nisan 1992'de bir DHC-5D Buffalo uçağının iniş yaklaşımı sırasında motorlarından birinde arıza yaşaması, pistten çıkması ve üssün yakınlarındaki bir yerleşim bölgesine düşmesiyle yaşandı. Wikipedia'daki Buffalo makalesi, 42 yolcu, dört mürettebat ve yerdeki altı kişinin hayatını kaybettiğini belirtiyor.