לפי ויקיפדיה, המתבססת על ההיסטוריה של טייסת 45 מאת סי. ג'. ג'פורד, חיל האוויר המלכותי הגיע לאיסטלי בדצמבר 1929 עם מטוסי סיור מדגם Fairey III. יחידת חיל האוויר המלכותי בקניה הוקמה ב-14 בדצמבר 1935, וב-15 בדצמבר 1936 הורחב טיסת B של טייסת 45, שהטיסה אז מטוסי Fairey Gordons, לטייסת 223, שיצאה ב-17 בספטמבר 1939. במהלך מלחמת העולם השנייה, טיסה מטאורולוגית 1414 מאיסטלי עם מטוסים מסוגים שונים, החל מהגלדיאטור ועד לספיטפייר, ולאחר המלחמה שוטטו שם טייסות 21, 30 ו-82.

בין השנים 1945 ל-1958, איסטלי היה גם נמל התעופה הבינלאומי הראשי של ניירובי, ששימש את BOAC וחברת התעופה East African Airways עד שנפתח בקרבת מקום נמל התעופה אמבאקאסי, כיום ג'ומו קניאטה אינטרנשיונל. בית הספר לאימונים של מנהלת התעופה האזרחית הוקם בשדה התעופה בשנת 1954; כבית הספר לתעופה מזרח אפריקה, המנוהל על ידי רשות התעופה האזרחית של קניה, הוא עדיין נמצא שם.

מצב החירום של המאו מאו הביא טיסות קרב לאיסטלי. טיסה מס' 1340 של חיל האוויר המלכותי הגיעה ב-27 במרץ 1953, תחת פיקודו של מפקד הטייסת צ'ארלס ג'. סנט דיוויד ג'פריס, עם 12 מטוסי אימון מסוג נורדוין הרווארד IIB, שמונה מבצעיים וארבעה בעתודה, על פי ויקיפדיה, המצטטת את מחקרו של סטיב צ'אפל ב-Air Power Review. מטוסי ההרווארד צוידו במתלים לשמונה פצצות רסס במשקל 20 פאונד ומקלע בראונינג 0.303 יחיד מתחת לכנף הימנית.

מגבלות שדה התעופה התפתחו ככל שחיל האוויר המלכותי עבר מודרניזציה. מאז הגעת טייסת מס' 208 עם מטוסי ההוקר האנטר בסוף שנות ה-50, מטוסי קרב ומפציצים נאלצו לפעול מאמבקאסי, בגלל גובהה הרב של איסטלי ומסלולי ההמראה הקצרים, כך מתעדת ויקיפדיה. הדפוס נשמר גם לאחר קבלת העצמאות: איסטלי הפכה למטה ובסיס תובלה של חיל האוויר הקניה, ומטוסיו עברו לנניוקי ב-1974.

בשעה 3 לפנות בוקר ביום ראשון, ה-1 באוגוסט 1982, על פי דיווח ויקיפדיה, חיילי חיל האוויר של קניה השתלטו על בסיס חיל האוויר איסטלי, ובשעה 4 לפנות בוקר גם בסיס אמבאקאסי הסמוך נפל; בשעה 6 בבוקר, טוראי בכיר חזקיהו אוצ'וקה וסמל פנקראס אוטיו אוקומו השתלטו על תחנת הרדיו "קול קניה". הוושינגטון פוסט, שדיווח ב-9 באוגוסט 1982, דיווח כי המרד החל בבסיס חיל האוויר אמבאקאסי וכי כאשר הוא נכשל, ארבעה אנשי חיל אוויר טסו משם לדאר א-סלאם. למורדים לא הייתה תמיכה צבאית והם דוכאו תוך שעות.

ההשלכות נפלו על המוסד. חיל האוויר פורק והועבר לשליטת הצבא, ובמהלך תקופה זו שונה שמו של בסיס האוויר מוי (KAF Eastleigh) לבסיס האוויר מוי, לאחר הנשיא שהמורדים ניסו להדיח, על פי ויקיפדיה. חיל האוויר זכה מחדש בעצמאותו בשנת 1994; הבסיס שמר על השם.

בסיס האוויר מוי הוא מטה חיל האוויר של קניה; משרד ההגנה רשום את כתובת המטה שם. זהו גם הבסיס שבו מתקבלים מטוסי תובלה חדשים. ב-20 באפריל 2021 הגיע הראשון מבין שלושה מטוסי C-145A סקייטראקס שסופקו על ידי ארה"ב לבסיס האוויר מוי ונמסר בטקס בראשות מפקד חיל האוויר דאז, מייג'ור גנרל פרנסיס אוגולה, כך דיווח פורום ההגנה האפריקאי; צוותי חיל האוויר האמריקאי הגיעו בפברואר כדי לאמן טייסים וצוותי קרקע קנייתים. הסקייטראק טס עם שני טייסים ומנהל מטען ויכול לשאת עד 16 נוסעים או עשרה צנחנים; המגזין ציין כי מפקד התחזוקה, טכנאי האוויוניקה וראש צוות גוף המטוס שהוקצו לו היו כולם נשים. קניה הייתה אמורה לקבל שלוש נשים בסך הכל.

היום הגרוע ביותר של הבסיס על פי המקורות שנבדקו היה ב-16 באפריל 1992, כאשר מטוס DHC-5D באפלו איבד כוח באחד המנועים בגישה הסופית, חרג מהכוח והתרסק באזור מגורים ליד הבסיס. ערך ויקיפדיה על באפלו מציין את מספר ההרוגים על 42 הנוסעים וארבעת אנשי הצוות ועוד שישה אנשים על הקרקע.