阿纳波利斯空军基地建于 1960 年，旨在保卫巴西利亚的空中安全。根据基地自身的历史记载，英语和葡萄牙语维基百科将基地的开工建设日期定为 1970 年 2 月 9 日，并于 1972 年 8 月 23 日开始投入使用。它是巴西第一个为超音速战斗机建造的基地，坐落在海拔超过 1100 米的高原上，拥有一条 3300 米长的主跑道。.

这些战斗机是法国制造的。巴西购买了16架单座幻影IIIEBR和4架双座幻影IIIDBR，从1972年开始交付，编号分别为F-103E和F-103D。它们最初由第一防空联队（1ª ALADA）使用，该联队于1979年4月19日解散，并由第一防空大队（1º GDA，绰号“美洲虎”）取代。1984年，为了弥补事故造成的损失，巴西又接收了两架前法国飞机。1989年后，该机队加装了鸭翼和更新的航电系统。.

幻影III战斗机一直服役到2005年。之后，空军从法国购入12架二手幻影2000战斗机，并于2013年12月将其退役，同月，政府选择了鹰狮战斗机。在幻影2000和鹰狮之间，美洲虎中队曾使用过现代化改装的F-5EM战斗机；到2022年退役计划时，该中队仅剩一架F-5M战斗机。.

巴西于2014年10月订购了36架“鹰狮”E/F战斗机，阿纳波利斯注定是它们的驻地。据《空军力量报》（Poder Aéreo）报道，2022年7月，巴西第一防空大队的新大楼落成，同时“鹰狮”战斗机的支援和训练设备也运抵阿纳波利斯。据《官方日报》（Diário Oficial）援引《空军力量报》的消息，截至2023年11月，已有14名作战飞行员在瑞典完成改装，他们都将在第一防空大队服役。.

真正的里程碑出现在2026年2月24日，当时“鹰狮”战斗机从阿纳波利斯基地开始执行中央高原的防空警戒任务。《空军力量》杂志统计该基地共有10架“鹰狮”战斗机，并记录了此前取得的成果：获得KC-390空中加油认证、成功试射“流星”远程导弹以及在巴西境内首次进行机炮射击。2026年9月公布的2027财年预算案显示，巴西将交付12架“鹰狮”战斗机。.

2026年年中，美洲虎中队的六架F-39E战斗机首次出国，前往智利阿塔卡马沙漠参加“萨利特雷”多国联合军演，参演部队包括阿根廷、智利、哥伦比亚、美国和巴拉圭。2026年7月12日，它们从安托法加斯塔飞抵阿纳波利斯，全程约2382公里，耗时两小时五十分钟。.

阿纳波利斯空军基地还驻扎着一些侦察距离最远的飞机。第6航空大队第2中队“瓜迪昂”（Guardião）自2000年起便驻扎于此，装备有E-99空中预警机和R-99遥感飞机，这两款飞机均由巴西航空工业公司（Embraer）基于EMB 145机身制造。葡萄牙语维基百科称，卡尔卡拉（Carcará）侦察中队的里尔喷气机于2017年加入该基地。.

2019年9月4日，巴西航空工业公司在阿纳波利斯向美国空军第一运输大队交付了首架KC-390“千禧”加油运输机。当时空军订购了28架，但后来订单减少至19架。这架加油运输机为该基地的鹰狮战斗机进行了空中加油，之后交付的飞机则运往了里约热内卢的加利昂空军基地。.

该基地在紧急情况下也发挥着民事作用。2020年2月，政府选择在该基地隔离25名巴西人和4名中国亲属，他们乘坐两架巴西航空工业公司的VC-2飞机从武汉返回巴西，隔离期为14至21天。.

阿纳波利斯长期以来也是中转站。据《空军力量》（Poder Aéreo）杂志回忆，1975年3月，首批三架F-5B战斗机从帕姆代尔转场而来时，它们先在贝伦和阿纳波利斯停留，然后于3月12日降落在加利昂。2006年，该基地举办了第三次“克鲁泽克斯”（CRUZEX）多国联合演习，巴西、法国、委内瑞拉和阿根廷等国均参与其中（据英文维基百科记载）；此后的历届演习都在纳塔尔举行。该基地在开放日向公众开放，最近一次开放日定于2026年9月13日，届时将展出“鹰狮”战斗机、KC-390加油机和“烟雾”飞行表演队。.