Anápolis werd gebouwd voor de luchtverdediging van Brasília, dat in 1960 de hoofdstad werd. De Engelstalige en Portugeestalige Wikipedia, die zich baseren op de geschiedenis van de basis zelf, dateren de start van de bouw op 9 februari 1970 en de start van de operationele activiteiten op 23 augustus 1972. Het was de eerste Braziliaanse basis die gebouwd werd voor supersonische gevechtsvliegtuigen en ligt op een plateau van meer dan 1100 meter hoog, met een hoofdstartbaan van 3300 meter lang.

De gevechtsvliegtuigen waren Frans. Brazilië kocht 16 eenzits Mirage IIIEBR's en vier tweezits IIIDBR's, die vanaf 1972 werden geleverd en de aanduidingen F-103E en F-103D kregen. Ze werden aanvankelijk gevlogen door de 1e Luchtverdedigingsvleugel, de 1ª ALADA, die op 19 april 1979 werd opgeheven en vervangen door de 1e Luchtverdedigingsgroep, de 1º GDA, bijgenaamd Jaguar. Twee voormalige Franse vliegtuigen kwamen in 1984 om ongelukken te compenseren, en na 1989 werd de vloot uitgerust met canards en modernere avionica.

De Mirage III's bleven tot 2005 in gebruik. Ze werden vervangen door twaalf tweedehands Mirage 2000's uit Frankrijk, die de luchtmacht in december 2013 uitfaseerde, dezelfde maand waarin de regering voor de Gripen koos. Tussen de Mirage 2000 en de Gripen vlogen de Jaguars met gemoderniseerde F-5EM's; tegen de tijd dat het uitfaseringsplan voor 2022 werd vastgesteld, was er nog maar één F-5M over in de vlootadministratie van het squadron.

Brazilië tekende in oktober 2014 een contract voor 36 Gripen E/F-gevechtsvliegtuigen, en Anápolis zou vanaf dat moment hun thuisbasis worden. In juli 2022, zo meldde Poder Aéreo, werd een nieuw gebouw voor de 1e Luchtverdedigingsgroep geopend en arriveerde er ondersteunings- en trainingsmateriaal voor de Gripen. Volgens het Diário Oficial, zoals gerapporteerd door Poder Aéreo, hadden veertien operationele piloten in november 2023 hun omscholing in Zweden voltooid, en allen dienden bij de 1e Luchtverdedigingsgroep.

De echte mijlpaal werd bereikt op 24 februari 2026, toen de Gripen-vliegtuigen vanuit Anápolis de luchtverdediging van Planalto Central in paraatheid brachten. Poder Aéreo telde tien toestellen op de basis en registreerde wat eraan vooraf was gegaan: de certificering voor luchtbijtanken achter de KC-390, een live-lancering van de Meteor-langeafstandsraket en het eerste kanonvuur op Braziliaans grondgebied. In de begrotingsnota voor 2027, die in september 2026 werd gepubliceerd, werden twaalf Gripen-vliegtuigen geleverd.

Medio 2026 vertrokken zes F-39E's van het Jaguar-eskader voor het eerst naar het buitenland, voor de multinationale oefening Salitre in de Atacama-woestijn in Chili, samen met Argentinië, Chili, Colombia, de Verenigde Staten en Paraguay. Ze keerden op 12 juli 2026 terug naar huis na een vlucht van Antofagasta naar Anápolis, een afstand van ongeveer 2382 km, in twee uur en vijftig minuten.

In Anápolis zijn ook de vliegtuigen gestationeerd die het verst kunnen kijken. Het Guardião-eskader, het 2e eskader van de 6e Luchtvaartgroep, is hier sinds 2000 gevestigd met de E-99 AWACS-straaljager en het R-99-vliegtuig voor teledetectie, beide gebouwd door Embraer op basis van de EMB 145-romp. Volgens de Portugese Wikipedia voegden de Learjets van het verkenningseskader Carcará zich daar in 2017 bij.

Op 4 september 2019 leverde Embraer de eerste KC-390 Millennium aan de luchtmacht in Anápolis, aan de 1e Troepentransportgroep. De luchtmacht had toen 28 toestellen in bestelling; die bestelling is inmiddels teruggebracht tot 19. De tankervliegtuigen hebben de Gripens van de basis bijgetankt, en latere leveringen gingen naar Galeão in Rio de Janeiro.

De basis heeft ook een civiele rol in noodsituaties. In februari 2020 koos de regering de basis uit om 25 Brazilianen en vier Chinese familieleden die vanuit Wuhan waren teruggebracht, gedurende 14 tot 21 dagen in quarantaine te plaatsen in twee Embraer VC-2's.

Anápolis is al lange tijd ook een tussenstop op de route. Toen de eerste drie F-5B's in maart 1975 vanuit Palmdale werden overgevlogen, deden ze volgens Poder Aéreo Belém en Anápolis aan voordat ze op 12 maart in Galeão landden. In 2006 organiseerde de basis de derde multinationale oefening CRUZEX, waaraan onder andere Brazilië, Frankrijk, Venezuela en Argentinië deelnamen, aldus de Engelstalige Wikipedia; alle latere edities vonden plaats in Natal. De basis opent haar poorten voor het publiek op open dagen, waarvan de meest recente is aangekondigd voor 13 september 2026 met de Gripen, de KC-390 en het Smoke Squadron.