Anápolis se construyó para la defensa aérea de Brasilia, que se convirtió en la capital en 1960. La Wikipedia en inglés y portugués, basándose en la propia historia de la base, fecha el inicio de la construcción el 9 de febrero de 1970 y el inicio de las operaciones el 23 de agosto de 1972. Fue la primera base brasileña construida para cazas supersónicos y se asienta sobre una meseta de más de 1100 metros de altura, con una pista principal de 3300 metros de longitud.

Los cazas eran franceses. Brasil compró 16 Mirage IIIEBR monoplaza y cuatro IIIDBR biplaza, entregados a partir de 1972 y designados F-103E y F-103D. Fueron operados inicialmente por la 1.ª Ala de Defensa Aérea (1ª ALADA), que fue disuelta el 19 de abril de 1979 y reemplazada por el 1.er Grupo de Defensa Aérea (1º GDA), apodado Jaguar. Dos aviones ex franceses llegaron en 1984 para compensar los accidentes, y después de 1989 la flota recibió alerones delanteros y aviónica más moderna.

Los Mirage III permanecieron en servicio hasta 2005. Fueron reemplazados por doce Mirage 2000 de segunda mano procedentes de Francia, que la fuerza aérea retiró en diciembre de 2013, el mismo mes en que el gobierno optó por el Gripen. Entre el Mirage 2000 y el Gripen, los Jaguars volaron F-5EM modernizados; para el plan de retirada de 2022, solo quedaba un F-5M en la flota del escuadrón.

Brasil firmó un contrato para la compra de 36 cazas Gripen E/F en octubre de 2014, y Anápolis siempre iba a ser su base. En julio de 2022, según titulares de Poder Aéreo, se inauguró un nuevo edificio para el 1.er Grupo de Defensa Aérea y llegó equipo de apoyo y entrenamiento para los Gripen. Catorce pilotos operativos habían completado su conversión en Suecia para noviembre de 2023, según el Diário Oficial citado por Poder Aéreo, y todos ellos prestaron servicio en el 1.er GDA.

El verdadero hito se produjo el 24 de febrero de 2026, cuando el Gripen inició la alerta de defensa aérea para el Planalto Central desde Anápolis. Poder Aéreo contabilizó diez aeronaves en la base y registró los logros previos: certificación para el reabastecimiento de combustible en vuelo detrás del KC-390, un disparo real del misil de largo alcance Meteor y el primer disparo de cañón en territorio brasileño. El proyecto de ley de presupuesto de 2027, publicado en septiembre de 2026, contabilizó 12 Gripen entregados.

A mediados de 2026, seis F-39E del escuadrón Jaguar viajaron al extranjero por primera vez, al ejercicio multinacional Salitre en el desierto de Atacama, en Chile, junto con Argentina, Chile, Colombia, Estados Unidos y Paraguay. Regresaron a casa el 12 de julio de 2026, volando desde Antofagasta hasta Anápolis, unos 2382 km, en dos horas y cincuenta minutos.

Anápolis también alberga las aeronaves con mayor alcance. El escuadrón Guardião, el 2.º escuadrón del 6.º Grupo de Aviación, se encuentra aquí desde el año 2000 con el avión de alerta temprana aerotransportada E-99 y el avión de teledetección R-99, ambos fabricados por Embraer sobre la estructura del EMB 145. Según la Wikipedia en portugués, los Learjet del escuadrón de reconocimiento Carcará se unieron a ellos en 2017.

El 4 de septiembre de 2019, Embraer entregó el primer KC-390 Millennium de la Fuerza Aérea en Anápolis al 1.er Grupo de Transporte de Tropas. En ese momento, la Fuerza Aérea tenía un pedido de 28 unidades; posteriormente, el pedido se redujo a 19. El avión cisterna de transporte ha reabastecido de combustible a los Gripen de la base, y posteriormente se realizaron entregas a Galeão, en Río de Janeiro.

La base también desempeña un papel civil en situaciones de emergencia. En febrero de 2020, el gobierno la eligió para poner en cuarentena a 25 brasileños y cuatro familiares chinos que fueron repatriados desde Wuhan en dos aviones Embraer VC-2, durante un período de entre 14 y 21 días.

Anápolis también ha sido una escala habitual en la ruta. Cuando los tres primeros F-5B fueron trasladados desde Palmdale en marzo de 1975, recuerda Poder Aéreo, hicieron escala en Belém y Anápolis antes de aterrizar en Galeão el 12 de marzo. En 2006, la base albergó el tercer ejercicio multinacional CRUZEX, con Brasil, Francia, Venezuela y Argentina entre los participantes, según la Wikipedia en inglés; todas las ediciones posteriores se realizaron en Natal. La base abre sus puertas al público en jornadas de puertas abiertas; la más reciente se anunció para el 13 de septiembre de 2026 con el Gripen, el KC-390 y el Escuadrón de Humo.