Анаполис был построен для противовоздушной обороны Бразилиа, которая стала столицей в 1960 году. Англоязычная и португальская Википедия, опираясь на историю самой базы, датируют начало строительства 9 февраля 1970 года и начало эксплуатации 23 августа 1972 года. Это была первая бразильская база, построенная для сверхзвуковых истребителей, и она расположена на плато высотой более 1100 метров, с основной взлетно-посадочной полосой длиной 3300 метров.

Истребители были французскими. Бразилия закупила 16 одноместных Mirage IIIEBR и четыре двухместных IIIDBR, поставленных с 1972 года и получивших обозначения F-103E и F-103D. Первоначально они эксплуатировались 1-м крылом ПВО, 1-й ALADA, которое было расформировано 19 апреля 1979 года и заменено 1-й группой ПВО, 1-й GDA, получившей прозвище «Ягуар». Два бывших французских самолета поступили в 1984 году в качестве компенсации за аварии, а после 1989 года флот получил передние горизонтальные стабилизаторы и более современное бортовое оборудование.

Истребители Mirage III оставались на вооружении до 2005 года. Их заменили 12 подержанных Mirage 2000 из Франции, которые ВВС сняли с вооружения в декабре 2013 года, в том же месяце, когда правительство выбрало Gripen. В период между Mirage 2000 и Gripen истребители Jaguar летали на модернизированных F-5EM; к 2022 году в составе эскадрильи остался только один F-5M.

В октябре 2014 года Бразилия подписала контракт на поставку 36 истребителей Gripen E/F, и Анаполис всегда планировался как их база. В июле 2022 года, согласно заголовкам Poder Aéreo, состоялось открытие нового здания для 1-й группы ПВО и прибытие оборудования для поддержки и обучения пилотов Gripen. По данным Diário Oficial, как сообщало Poder Aéreo, к ноябрю 2023 года четырнадцать действующих пилотов завершили переподготовку в Швеции, и все они служили в 1-й группе ПВО.

Настоящая веха наступила 24 февраля 2026 года, когда Gripen приступил к выполнению задач противовоздушной обороны в районе Центрального Планалто с базы в Анаполисе. Авиабаза Poder Aéreo зафиксировала на базе десять самолетов и события, предшествовавшие этому: сертификацию на дозаправку в воздухе за самолетом KC-390, боевые стрельбы ракетой большой дальности Meteor и первый артиллерийский обстрел на территории Бразилии. В бюджетном законопроекте на 2027 год, опубликованном в сентябре 2026 года, было указано, что поставлено 12 самолетов Gripen.

В середине 2026 года шесть истребителей F-39E эскадрильи Jaguar впервые отправились за границу, на многонациональные учения Salitre в чилийской пустыне Атакама, вместе с Аргентиной, Чили, Колумбией, США и Парагваем. Они вернулись домой 12 июля 2026 года, пролетев от Антофагасты до Анаполиса, расстояние около 2382 км, за два часа и пятьдесят минут.

В Анаполисе также базируются самолеты, обеспечивающие наибольшую дальность обзора. Эскадрилья «Гвардиао», 2-я эскадрилья 6-й авиационной группы, находится здесь с 2000 года, располагая самолетами раннего предупреждения E-99 и самолетами дистанционного зондирования R-99, оба построены компанией Embraer на базе планера EMB 145. Португальская Википедия сообщает, что в 2017 году к ним присоединились самолеты Learjet разведывательной эскадрильи «Каркара».

4 сентября 2019 года компания Embraer передала в Анаполисе первый самолет KC-390 Millennium 1-й группе военно-транспортной авиации. В то время у ВВС было заказано 28 таких самолетов; впоследствии заказ был сокращен до 19. Этот самолет-заправщик использовался для дозаправки истребителей Gripen на базе, а последующие поставки осуществлялись в Галеао, Рио-де-Жанейро.

База также играет гражданскую роль в чрезвычайных ситуациях. В феврале 2020 года правительство выбрало ее для карантина 25 бразильцев и четырех их китайских родственников, доставленных из Уханя на двух самолетах Embraer VC-2, на период от 14 до 21 дня.

Анаполис также долгое время был промежуточной остановкой на пути следования. Как вспоминает Poder Aéreo, когда первые три F-5B были переброшены из Палмдейла в марте 1975 года, они совершили заходы в Белем и Анаполис, прежде чем приземлиться в Галеао 12 марта. В 2006 году на базе прошли третьи многонациональные учения CRUZEX, в которых, согласно английской Википедии, участвовали Бразилия, Франция, Венесуэла и Аргентина; все последующие учения проходили в Натале. База открывает свои ворота для публики в дни открытых дверей, последний из которых запланирован на 13 сентября 2026 года с участием Gripen, KC-390 и эскадрильи Smoke Squadron.