Rota existuje díky dohodě, kterou Španělsko uzavřelo se Spojenými státy během studené války. Dohody podepsané v Madridu v září 1953 (Wikipedie a většina zdrojů uvádějí 23. září; GlobalSecurity uvádí 26. září) daly Američanům právo rozvíjet a využívat španělské vojenské základny výměnou za ekonomickou a vojenskou pomoc. Text trval na tom, že společně využívané oblasti "vždy zůstanou pod španělskou vlajkou a velením", a Rota je od té doby takto řízena: španělská námořní základna s americkou námořní stanicí uvnitř.

Vlastní profil amerického námořnictva datuje námořní základnu Rota do roku 1953 a zahájení výstavby do roku 1955. Španělská Wikipedie popisuje pozemky podél pobřeží Roty a El Puerto de Santa María jako vyvlastněné, celkem asi 2 400 hektarů; americké námořnictvo dává 6 100 akrů, což je zhruba stejné množství. Základně velí španělský admirál (kontradmirál podle španělské Wikipedie, viceadmirál podle GlobalSecurity) a brány střeží španělské síly.

Pro Armadu byla základna šancí na obnovu. Španělské námořní letectvo zmizelo z řad nových vzdušných sil v roce 1939 a obnovilo se až v roce 1954, kdy ve Vigu přistály tři vrtulníky Bell 47. V roce 1957, jak zaznamenává historie Armady, byla vrtulníková skupina přesunuta do Roty, která byla tehdy stále ve výstavbě. Nikdy ji neopustila.

Rota se stala základnou pro tryskové letouny díky lodi. Spojené státy v roce 1967 zapůjčily Španělsku lehkou letadlovou loď USS Cabot a jako Dédalo sloužila nejprve jako vrtulníková loď. Harrier přistál na její dřevěné palubě 8. listopadu 1972 a Španělsko si tento typ objednalo prostřednictvím amerického námořnictva, protože vztahy s Británií ztěžovaly přímý nákup. V prosinci 1976, jak uvádí Armada, Dédalo zakotvilo v Rotě s prvními sedmi Harriery AV-8A, které Španělsko nazývalo Matador; Wikipedie uvádí šest jednomístných a dva dvoumístné letouny dodané v roce 1976. Od té doby měla Flotilla de Aeronaves jak službu s pevnými křídly, tak i službu s vrtulníkem.

Druhá generace dorazila v roce 1987: AV-8B Harrier II, jehož prvním exportním zákazníkem bylo Španělsko. Aeronaves Militares Españolas datuje jeho uvedení do služby do srpna 1987, Wikipedie příchod prvního letadla do 6. října. V letech 1996 a 1997 se k 9. peruti připojilo osm nových letadel AV-8B Plus, smontovaných společností CASA (v Seville, podle Armady), a starší letadla byla přestavěna na stejný standard. Matadory byly prodány do Thajska.

Dnes sídlí 9. peruť v hangáru číslo 9, nejzápadnějším z hangárů flotily. Armada uvádí 12 letounů AV-8B Plus a jeden TAV-8B; Wikipedie a Aeronaves Militares Españolas uvádějí deset plus jeden. Peruť má více než 50 000 letových hodin a více než 100 lidí. Na moře vyjíždí na lodi Juan Carlos I, která má také základnu v Rotě, a nemá objednaného nástupce: F-35B byl údajně vyřazen z provozu v srpnu 2025 a Aeronaves Militares Españolas uvádí, že v květnu 2026 ministr obrany potvrdil, že operace Harrierů skončí v roce 2032.

Většina vrtulníků létá ze španělské strany Roty a flotila vrtulníků byla za tři roky téměř kompletně obnovena. 10. letka, vytvořená v roce 1988, obdržela svých prvních šest vrtulníků SH-60B Seahawk 22. prosince 1988 a létá s oddíly z fregat tříd Santa María a Álvaro de Bazán a z obojživelných lodí, včetně trvalé přítomnosti vrtulníků v Indickém oceánu pro misi proti pirátství. V listopadu 2025 absorbovala 5. letku a jejích šest SH-60F a má obdržet osm MH-60R, které nahradí SH-60B.

12. letka byla vytvořena 6. února 2023 a své první dva vrtulníky H135, 1201 a 1202, obdržela 11. prosince 2023, které přiletěly z Airbusu v Albacete. Školí a vybírá piloty vrtulníků, podporuje lodě a námořní pěchotu a své operační hodnocení dokončila 2. listopadu 2024. 14. letka, vytvořená usnesením ze dne 23. dubna 2024, obdržela své první dva vrtulníky NH90 MSPT 24. července 2025; Armada plánuje do roku 2027 sedm pro přepravu vojsk v obojživelných a speciálních operacích, pátracích a záchranných operacích a lékařské evakuaci.

Podpůrná jednotka s pevnými křídly je malá. 4. letka, aktivovaná 21. října 1964, létá se třemi Cessnami Citation II a jedním Citation VII ze západní plochy, plataforma de poniente, pro námořní dohled, přepravu VIP osob a lékařskou evakuaci; jejích 36 lidí kdysi létalo na letounech Piper Comanche, od 25. ledna 1977 do roku 1992. Pouze 11. letka bezpilotních letounů není v Rotě: Armada ji umisťuje na základnách flotily v Torregordě poblíž Cádizu.

Americká přítomnost v Rotě je zde popsána pouze z publikovaných zdrojů. Během studené války nebyly jejími nejdůležitějšími nájemci vůbec žádné letouny. Podle Wikipedie byla ponorková letka č. 16 umístěna v Rotě od 28. ledna 1964 a podporovala ponorky s balistickými střelami Polaris a později Poseidon, dokud nebyla v červenci 1979 stažena na základě smlouvy ratifikované v roce 1976. Letiště hostilo od roku 1959 elektronickou průzkumnou letku VQ-2; GlobalSecurity zaznamenává její přesun na ostrov Whidbey ve státě Washington s účinností od 1. září 2005 se šesti letadly a 450 námořníky. Anglická Wikipedie také uvádí logistickou letku C-130F z let 1962 až 1993 (VR-22; španělská Wikipedie ji nazývá VR-24).

Současná éra začala 5. října 2011, kdy ministr obrany USA oznámil, že v Rotě budou jako součást protiraketové obrany NATO umístěny čtyři torpédoborce Aegis. První z nich, USS Donald Cook, měl dorazit v polovině února 2014. Lodě se od té doby střídaly; stránky amerického námořnictva o Rotě zaznamenávají, že USS Oscar Austin dorazila 15. října 2024, aby dokončila přesun z domovského přístavu z Norfolku, čímž se počet lodí stává pěti. Španělská Wikipedie uvádí dohodu dosaženou na summitu NATO v Madridu v roce 2022, podepsanou v květnu 2023, o zvýšení počtu na šest; příjezd šesté lodi nebyl pro tuto stránku potvrzen.

Torpédoborce přivážejí vrtulníky. 79. vrtulníková námořní úderná peruť amerického námořnictva, která je podle Wikipedie aktivní od června 2016, létá z Roty na letounech MH-60R Seahawks a vysílá oddíly na lodě nasazené vpředu. Letiště slouží také jako tranzitní zastávka pro letadla amerického námořnictva a letectva; americké námořnictvo uvádí, že základna poskytuje služby více než 40 velitelstvím a přibližně 7 000 Američanům, včetně více než 3 500 aktivních vojáků, téměř 3 000 rodinných příslušníků a více než 500 civilních zaměstnanců.