ロタ基地は、冷戦時代にスペインが米国と結んだ協定によって誕生した。1953年9月にマドリードで署名された協定（ウィキペディアや多くの情報源では9月23日、グローバルセキュリティでは9月26日となっている）は、米国が経済的・軍事的援助と引き換えに、スペインの軍事施設を開発・使用する権利を認めるものだった。協定書には、共同利用区域は「常にスペインの国旗と指揮下に置かれる」と明記されており、ロタ基地はそれ以来、スペイン海軍基地の中にアメリカ海軍基地が併設されるという形で運営されている。.

アメリカ海軍の公式プロフィールによると、ロタ海軍基地は1953年に設立され、建設開始は1955年とされている。スペイン語版ウィキペディアでは、ロタとエル・プエルト・デ・サンタ・マリアの海岸沿いの土地が収用され、総面積は約2,400ヘクタールとされている。アメリカ海軍は6,100エーカーとしており、ほぼ同じ面積である。基地の指揮官はスペイン海軍提督（スペイン語版ウィキペディアでは少将、GlobalSecurityでは中将）で、基地の門はスペイン軍が警備している。.

海軍にとって、この基地は再建のチャンスだった。スペイン海軍航空隊は1939年に新設された空軍に吸収され、1954年に3機のベル47ヘリコプターがビーゴに着陸してようやく再開された。海軍の歴史によると、1957年にヘリコプター部隊は当時まだ建設中だったロタに移転した。以来、部隊はそこを離れることなく現在に至っている。.

ロタがジェット機基地となったのは、一隻の艦船がきっかけだった。1967年、米国は軽空母USSキャボットをスペインに貸与し、デダロと改名された同艦は当初ヘリコプター空母として運用された。1972年11月8日、ハリアー戦闘機が同艦の木製甲板に着艦し、スペインは英国との関係上、直接購入が困難だったため、米海軍を通じてハリアーを発注した。1976年12月、スペイン海軍の記録によると、デダロは最初の7機のAV-8Aハリアー（スペインではマタドールと呼ばれた）を積んでロタに寄港した。ウィキペディアによると、1976年中に納入されたのは単座型6機と複座型2機である。それ以降、スペイン空軍はヘリコプターだけでなく固定翼機も運用するようになった。.

第2世代は1987年に登場した。AV-8BハリアーIIで、スペインが最初の輸出顧客となった。スペイン空軍は1987年8月に運用開始としているが、ウィキペディアでは最初の機体の到着は10月6日となっている。1996年と1997年には、CASA（スペイン空軍によるとセビリア）で組み立てられた8機の新型AV-8Bプラスが第9飛行隊に加わり、旧型機は同じ基準で改修された。マタドールはタイに売却された。.

現在、第9飛行隊は艦隊の格納庫の中で最も西にある第9格納庫に駐屯している。海軍はAV-8B Plusを12機、TAV-8Bを1機保有していると記載しているが、Wikipediaとスペイン空軍は10機プラス1機としている。同飛行隊は5万時間以上の飛行時間と100人以上の隊員を擁している。同飛行隊は同じくロタを拠点とする空母フアン・カルロス1世で出航し、後継機は発注されていない。F-35Bは2025年8月に棚上げされたと報じられ、スペイン空軍は2026年5月に国防大臣がハリアーの運用が2032年に終了することを確認したと報じている。.

ロタ島のスペイン側から出撃する航空機のほとんどは回転翼機であり、ヘリコプター部隊は3年間でほぼ完全に刷新された。1988年に創設された第10飛行隊は、1988年12月22日に最初の6機のSH-60Bシーホークを受領し、サンタマリア級およびアルバロ・デ・バサン級フリゲート艦と揚陸艦からの分遣隊を運用しており、海賊対策任務のためにインド洋に常時ヘリコプターを配備している。2025年11月には第5飛行隊とその6機のSH-60Fを吸収し、SH-60Bの後継機として8機のMH-60Rを受領する予定である。.

第12飛行隊は2023年2月6日に創設され、2023年12月11日にエアバス社からアルバセテに空輸された最初の2機のH135（1201と1202）を受領した。同飛行隊はヘリコプターパイロットの訓練と選抜、艦船と海兵隊の支援を行い、2024年11月2日に運用評価を完了した。2024年4月23日の決議により創設された第14飛行隊は、2025年7月24日に最初の2機のNH90 MSPTを受領した。海軍は、水陸両用作戦や特殊作戦における兵員輸送、捜索救助、医療後送のために、2027年までに7機を配備する計画である。.

固定翼機の支援部隊は小規模である。1964年10月21日に編成された第4飛行隊は、西側の駐機場（プラットフォーム・デ・ポニエンテ）からセスナ・サイテーションIIを3機とサイテーションVIIを1機運用し、海上監視、要人輸送、医療搬送を行っている。同飛行隊の36名は、1977年1月25日から1992年までパイパー・コマンチを操縦していた。無人機飛行隊である第11飛行隊だけがロタには配備されておらず、海軍は同飛行隊をカディス近郊のトレゴルダにある艦隊施設に配置している。.

ロタにおける米国の駐留については、ここでは公表された資料のみに基づいて記述する。冷戦時代、同基地の最も重要な駐留部隊は航空機ではなかった。ウィキペディアによると、第16潜水艦戦隊は1964年1月28日からロタに駐留し、ポラリス、後にポセイドン弾道ミサイル潜水艦を支援していたが、1976年に批准された条約に基づき1979年7月までに撤退した。同飛行場は1959年からVQ-2電子偵察飛行隊の拠点であり、GlobalSecurityによると、同飛行隊は2005年9月1日に6機の航空機と450人の水兵とともにワシントン州ウィッドビー島に移転した。英語版ウィキペディアには、1962年から1993年までC-130F輸送機を運用していた兵站飛行隊（VR-22、スペイン語版ウィキペディアではVR-24）も記載されている。.

現在の時代は、2011年10月5日に米国防長官がNATOのミサイル防衛の一環として4隻のイージス駆逐艦をロタに配備すると発表したことから始まった。最初の艦であるUSSドナルド・クックは2014年2月中旬に到着すると発表された。その後、艦艇は交代で配備されており、米海軍のロタのページには、2024年10月15日にUSSオスカー・オースティンが到着し、ノーフォークから母港を移して5隻になると記録されている。スペイン語版ウィキペディアには、2022年のマドリードでのNATO首脳会議で合意され、2023年5月に署名された、艦艇数を6隻に増やすという合意が記録されているが、6隻目の到着はこのページでは確認されていない。.

駆逐艦はヘリコプターを輸送する。ウィキペディアによると、2016年6月から活動している米海軍第79ヘリコプター海上攻撃飛行隊は、ロタからMH-60Rシーホークを飛ばし、前方展開している艦船に分遣隊を派遣している。この飛行場は米海軍と米空軍の航空機の中継地としても機能しており、米海軍によると、この基地は40以上の駐留部隊と約7,000人のアメリカ人を支援しており、その中には3,500人以上の現役軍人、約3,000人の家族、500人以上の民間職員が含まれている。.