Rota existe gracias al acuerdo alcanzado durante la Guerra Fría entre España y Estados Unidos. Los acuerdos firmados en Madrid en septiembre de 1953 (Wikipedia y la mayoría de las fuentes indican el 23 de septiembre; GlobalSecurity menciona el 26 de septiembre) otorgaron a los estadounidenses el derecho a desarrollar y utilizar instalaciones militares españolas a cambio de ayuda económica y militar. El texto estipulaba que las zonas de uso conjunto permanecerían siempre bajo bandera y mando españoles, y Rota se ha gestionado así desde entonces: una base naval española con una base naval estadounidense en su interior.

El perfil de la propia Armada de los Estados Unidos sitúa la base naval de Rota en 1953 y el inicio de su construcción en 1955. La Wikipedia en español describe el terreno como expropiado a lo largo de la costa de Rota y El Puerto de Santa María, unas 2400 hectáreas en total; la Armada de los Estados Unidos indica 6100 acres, una superficie similar. La base está al mando de un almirante español (contralmirante según la Wikipedia en español, vicealmirante según GlobalSecurity), y las fuerzas españolas custodian las puertas.

Para la Armada, la base representaba una oportunidad para reconstruirse. La aviación naval española había desaparecido al integrarse en la nueva fuerza aérea en 1939 y no se había reactivado hasta 1954, con el aterrizaje de tres helicópteros Bell 47 en Vigo. En 1957, según consta en la historia de la Armada, el grupo de helicópteros se trasladó a Rota, que por entonces aún estaba en construcción. Desde entonces, nunca se ha marchado.

Rota se convirtió en base de aviones a reacción gracias a un buque. Estados Unidos prestó a España el portaaviones ligero USS Cabot en 1967, y como Dédalo, inicialmente fue un portahelicópteros. Un Harrier aterrizó en su cubierta de madera el 8 de noviembre de 1972, y España encargó el modelo a través de la Armada estadounidense, ya que las relaciones con Gran Bretaña dificultaban una compra directa. En diciembre de 1976, según los registros de la Armada, el Dédalo atracó en Rota con los primeros siete AV-8A Harrier, que España denominó Matador; Wikipedia contabiliza seis monoplazas y dos biplazas entregados durante 1976. A partir de entonces, la Flotilla de Aeronaves operó tanto con aviones de ala fija como con helicópteros.

La segunda generación llegó en 1987: el AV-8B Harrier II, del que España fue el primer cliente de exportación. Aeronaves Militares Españolas fecha su entrada en servicio en agosto de 1987, mientras que Wikipedia sitúa la llegada del primer avión el 6 de octubre. En 1996 y 1997, ocho nuevos aviones AV-8B Plus, ensamblados por CASA (en Sevilla, según la Armada), se incorporaron al 9.º Escuadrón, y los aviones más antiguos fueron modernizados según el mismo estándar. Los Matador fueron vendidos a Tailandia.

Actualmente, el 9.º Escuadrón tiene su base en el hangar 9, el más occidental de la flotilla. La Armada cuenta con 12 AV-8B Plus y un TAV-8B; Wikipedia y Aeronaves Militares Españolas indican diez más uno. El escuadrón acumula más de 50 000 horas de vuelo y más de 100 personas. Opera desde el portaaviones Juan Carlos I, también con base en Rota, y no tiene ningún sucesor previsto: se informó que el F-35B fue descartado en agosto de 2025, y Aeronaves Militares Españolas informa que en mayo de 2026 el Secretario de Estado de Defensa confirmó que las operaciones con el Harrier finalizarían en 2032.

La mayor parte de las operaciones aéreas desde el lado español de Rota son de ala rotatoria, y la flota de helicópteros se ha renovado casi por completo en tres años. El 10.º Escuadrón, creado en 1988, recibió sus primeros seis SH-60B Seahawk el 22 de diciembre de 1988 y opera destacamentos desde las fragatas de las clases Santa María y Álvaro de Bazán y desde los buques anfibios, incluyendo una presencia permanente de helicópteros en el Océano Índico para la misión antipiratería. En noviembre de 2025, absorbió al 5.º Escuadrón y sus seis SH-60F, y está previsto que reciba ocho MH-60R para reemplazar a los SH-60B.

El 12.º Escuadrón se creó el 6 de febrero de 2023 y recibió sus dos primeros H135, el 1201 y el 1202, el 11 de diciembre de 2023, procedentes de Airbus en Albacete. Se encarga de la formación y selección de pilotos de helicópteros, presta apoyo a los buques y a la infantería de marina, y finalizó su evaluación operativa el 2 de noviembre de 2024. El 14.º Escuadrón, creado mediante resolución del 23 de abril de 2024, recibió sus dos primeros NH90 MSPT el 24 de julio de 2025; la Armada prevé contar con siete para 2027, destinados al transporte de tropas en operaciones anfibias y especiales, búsqueda y rescate, y evacuación médica.

La sección de apoyo para aeronaves de ala fija es pequeña. El 4.º Escuadrón, activado el 21 de octubre de 1964, opera tres Cessna Citation II y un Citation VII desde la plataforma occidental, la plataforma de poniente, para vigilancia marítima, transporte de personalidades y evacuación médica; sus 36 miembros volaron en su momento Piper Comanches, desde el 25 de enero de 1977 hasta 1992. Solo el escuadrón de drones, el 11.º, no se encuentra en Rota: la Armada lo ubica en las instalaciones de la flotilla en Torregorda, cerca de Cádiz.

La presencia estadounidense en Rota se describe aquí únicamente a partir de fuentes publicadas. Durante la Guerra Fría, sus principales ocupantes no eran aeronaves. Según Wikipedia, el Escuadrón de Submarinos 16 estuvo basado en Rota desde el 28 de enero de 1964, prestando apoyo a los submarinos de misiles balísticos Polaris y, posteriormente, Poseidon, hasta su retirada en julio de 1979 en virtud de un tratado ratificado en 1976. El aeródromo albergó al escuadrón de reconocimiento electrónico VQ-2 desde 1959; GlobalSecurity registra su traslado a la isla Whidbey, Washington, con efecto a partir del 1 de septiembre de 2005, con seis aeronaves y 450 marineros. La Wikipedia en inglés también menciona un escuadrón logístico de C-130F desde 1962 hasta 1993 (VR-22; la Wikipedia en español lo denomina VR-24).

La era actual comenzó el 5 de octubre de 2011, cuando el Secretario de Defensa de EE. UU. anunció que cuatro destructores Aegis tendrían su base en Rota como parte del sistema de defensa antimisiles de la OTAN. Se anunció que el primero, el USS Donald Cook, llegaría a mediados de febrero de 2014. Desde entonces, los buques han rotado; las páginas de la Armada de EE. UU. sobre Rota registran la llegada del USS Oscar Austin el 15 de octubre de 2024 para completar su cambio de puerto base desde Norfolk, sumando así cinco buques. La Wikipedia en español registra un acuerdo alcanzado en la cumbre de la OTAN de 2022 en Madrid, firmado en mayo de 2023, para aumentar el número a seis; la llegada de un sexto buque no se confirmó en esta página.

Los destructores transportan helicópteros. El Escuadrón de Ataque Marítimo de Helicópteros 79 de la Armada de los Estados Unidos, activo desde junio de 2016 según Wikipedia, opera helicópteros MH-60R Seahawk desde Rota y envía destacamentos a los buques desplegados en la zona. El aeródromo también sirve como escala para aeronaves de la Armada y la Fuerza Aérea de los Estados Unidos; la Armada afirma que la base presta apoyo a más de 40 unidades y a unos 7000 estadounidenses, entre ellos más de 3500 militares en servicio activo, casi 3000 familiares y más de 500 empleados civiles.