Rota existe devido ao acordo da Guerra Fria que a Espanha firmou com os Estados Unidos. Os acordos assinados em Madri, em setembro de 1953 (a Wikipédia e a maioria das fontes indicam 23 de setembro; o GlobalSecurity indica 26 de setembro), concederam aos americanos o direito de desenvolver e utilizar instalações militares espanholas em troca de ajuda econômica e militar. O texto insistia que as áreas de uso conjunto "permaneceriam sempre sob a bandeira e o comando espanhóis", e Rota tem sido administrada dessa forma desde então: uma base naval espanhola com uma estação naval americana em seu interior.

O próprio perfil da Marinha dos EUA data a Estação Naval de Rota de 1953 e o início da construção de 1955. A Wikipédia espanhola descreve o terreno como expropriado ao longo da costa de Rota e El Puerto de Santa María, cerca de 2.400 hectares no total; a Marinha dos EUA indica 6.100 acres, o que é aproximadamente a mesma área. A base é comandada por um almirante espanhol (um contra-almirante, segundo a Wikipédia espanhola, e um vice-almirante, segundo o GlobalSecurity), e forças espanholas guardam os portões.

Para a Armada, a base representava uma oportunidade de reconstrução. A aviação naval espanhola havia desaparecido, sendo incorporada à nova força aérea em 1939, e só foi retomada em 1954, com o pouso de três helicópteros Bell 47 em Vigo. Em 1957, segundo os registros históricos da Armada, o grupo de helicópteros foi transferido para Rota, que na época ainda estava em construção. E nunca mais saiu de lá.

Rota tornou-se uma base de jatos graças a um navio. Os Estados Unidos emprestaram à Espanha o porta-aviões leve USS Cabot em 1967, e, inicialmente, como Dédalo, ele serviu como porta-helicópteros. Um Harrier pousou em seu convés de madeira em 8 de novembro de 1972, e a Espanha encomendou o modelo através da Marinha dos EUA, pois as relações com a Grã-Bretanha dificultavam uma compra direta. Em dezembro de 1976, segundo os registros da Armada, o Dédalo atracou em Rota transportando os primeiros sete AV-8A Harriers, que a Espanha chamava de Matador; a Wikipédia contabiliza seis monopostos e dois bipostos entregues em 1976. A partir de então, a Flotilha de Aeronaves passou a operar tanto com aeronaves de asa fixa quanto com helicópteros.

A segunda geração chegou em 1987: o AV-8B Harrier II, para o qual a Espanha foi o primeiro cliente de exportação. A Aeronaves Militares Españolas data sua entrada em serviço em agosto de 1987, enquanto a Wikipédia indica a chegada da primeira aeronave em 6 de outubro. Em 1996 e 1997, oito novas aeronaves AV-8B Plus, montadas pela CASA (em Sevilha, segundo a Armada), juntaram-se ao 9º Esquadrão, e as aeronaves mais antigas foram reconstruídas para o mesmo padrão. Os Matadors foram vendidos para a Tailândia.

Atualmente, o 9º Esquadrão reside no hangar 9, o mais ocidental dos hangares da flotilha. A Armada lista 12 AV-8B Plus e um TAV-8B; a Wikipédia e a Aeronaves Militares Españolas listam dez mais um. O esquadrão contabiliza mais de 50.000 horas de voo e mais de 100 pessoas. Opera a bordo do Juan Carlos I, também baseado em Rota, e não possui um sucessor encomendado: o F-35B foi dado como encerrado em agosto de 2025, e a Aeronaves Militares Españolas reporta que, em maio de 2026, o Secretário de Estado da Defesa confirmou que as operações com o Harrier terminarão em 2032.

A maior parte das aeronaves que operam no lado espanhol de Rota são de asa rotativa, e a frota de helicópteros foi quase totalmente renovada nos últimos três anos. O 10º Esquadrão, criado em 1988, recebeu seus primeiros seis SH-60B Seahawks em 22 de dezembro de 1988 e opera destacamentos a partir das fragatas das classes Santa María e Álvaro de Bazán e dos navios anfíbios, incluindo uma presença permanente de helicópteros no Oceano Índico para a missão antipirataria. Em novembro de 2025, o esquadrão absorveu o 5º Esquadrão e seus seis SH-60Fs, e está previsto que receba oito MH-60Rs para substituir os SH-60B.

O 12º Esquadrão foi criado em 6 de fevereiro de 2023 e recebeu seus dois primeiros H135, 1201 e 1202, em 11 de dezembro de 2023, trazidos da Airbus em Albacete. Ele treina e seleciona pilotos de helicóptero, presta apoio aos navios e aos fuzileiros navais e concluiu sua avaliação operacional em 2 de novembro de 2024. O 14º Esquadrão, criado por uma resolução de 23 de abril de 2024, recebeu seus dois primeiros NH90 MSPT em 24 de julho de 2025; a Armada planeja sete até 2027, para transporte de tropas em operações anfíbias e especiais, busca e salvamento e evacuação médica.

O pelotão de apoio de aeronaves de asa fixa é pequeno. O 4º Esquadrão, ativado em 21 de outubro de 1964, opera três Cessna Citation II e um Citation VII a partir do pátio oeste, a plataforma de poniente, para vigilância marítima, transporte VIP e evacuação médica; seus 36 tripulantes já voaram Piper Comanches, de 25 de janeiro de 1977 até 1992. Apenas o esquadrão de drones, o 11º, não está em Rota: a Armada o aloca nas instalações da flotilha em Torregorda, perto de Cádiz.

A presença dos EUA em Rota é descrita aqui apenas com base em fontes publicadas. Durante a Guerra Fria, seus principais ocupantes não eram aeronaves. De acordo com a Wikipédia, o Esquadrão de Submarinos 16 esteve baseado em Rota de 28 de janeiro de 1964, dando suporte aos submarinos de mísseis balísticos Polaris e, posteriormente, Poseidon, até sua retirada em julho de 1979, em virtude de um tratado ratificado em 1976. O aeródromo abrigou o esquadrão de reconhecimento eletrônico VQ-2 a partir de 1959; a GlobalSecurity registra sua transferência para Whidbey Island, Washington, em 1º de setembro de 2005, com seis aeronaves e 450 marinheiros. A Wikipédia em inglês também lista um esquadrão de logística C-130F de 1962 a 1993 (VR-22; a Wikipédia em espanhol o denomina VR-24).

A era atual começou em 5 de outubro de 2011, quando o Secretário de Defesa dos EUA anunciou que quatro destróieres Aegis seriam baseados em Rota como parte da defesa antimíssil da OTAN. O primeiro, o USS Donald Cook, teve sua chegada prevista para meados de fevereiro de 2014. Desde então, os navios têm se revezado; as páginas da Marinha dos EUA sobre Rota registram a chegada do USS Oscar Austin em 15 de outubro de 2024 para completar sua transferência de Norfolk, totalizando cinco. A Wikipédia em espanhol registra um acordo firmado na cúpula da OTAN de 2022 em Madri, assinado em maio de 2023, para elevar o número para seis; a chegada de um sexto navio não foi confirmada para esta página.

Os destróieres trazem helicópteros. O Esquadrão de Ataque Marítimo de Helicópteros 79 da Marinha dos EUA, ativo desde junho de 2016, segundo a Wikipédia, opera helicópteros MH-60R Seahawk a partir de Rota e envia destacamentos para os navios posicionados na vanguarda da operação. O aeródromo também serve como ponto de parada para aeronaves da Marinha e da Força Aérea dos EUA; a Marinha dos EUA afirma que a base dá suporte a mais de 40 comandos subordinados e cerca de 7.000 americanos, incluindo mais de 3.500 militares da ativa, quase 3.000 familiares e mais de 500 funcionários civis.