ワディントン飛行場は1916年11月13日に王立飛行隊のために開設され、第47および第48訓練飛行隊がアブロ504、BE2、ショートホーンなどの訓練機を携えて到着した。地元の歴史記録によると、初期の頃は月に最大40件の墜落事故が発生していた。飛行場は第一次世界大戦後に閉鎖された（英国空軍は1920年、別の地元史料は1919年としている）が、1926年に特別予備役の第503（リンカーンシャー）飛行隊のために再開された。.

1930年代の拡張により、ここは5つのC型格納庫を備えた爆撃機基地となった。第44飛行隊は1937年6月に到着し、1943年5月まで駐留した。同飛行隊と第50飛行隊のハンプデン爆撃機は、1939年にイギリスが宣戦布告した日にキールのドイツ海軍目標に対して作戦行動を開始し、その後、第5グループによる航空機工場、貯蔵庫、石油精製所への初期の空襲に参加した。1940年11月、第207飛行隊はワディントンで再編成され、イギリス空軍初のマンチェスター爆撃機を受領した。.

4発エンジンのランカスター爆撃機が最初にワディントン基地に到着した。3機が1941年のクリスマスイブに第44飛行隊に納入された。当時、同飛行隊は、航空要員と地上要員の約4分の1を占めるローデシア人に敬意を表して、第44（ローデシア）飛行隊と改名されていた。1942年3月3日から4日にかけての夜、同飛行隊はランカスター爆撃機の最初の作戦飛行を行い、ヘリゴラント湾に機雷を敷設した。RAF博物館の記録によると、第44飛行隊はその後、戦争中のRAF飛行隊の中で3番目に高い死傷率を記録した。.

6週間後、同飛行隊はアウグスブルク空襲に出撃したが、6つの乗組員のうち5人を失った。1943年後半から、ワディントンは主にオーストラリア軍の基地となった。1943年11月13日にオーストラリア空軍第467飛行隊が到着し、11月25日にはC飛行隊から第463飛行隊が編成された。両飛行隊は1945年の夏までワディントンからランカスター爆撃機を運用し、6月に第467飛行隊が、7月に第463飛行隊が基地を離れた。.

1953年後半、ワディントン基地はV爆撃機用に滑走路を9,000フィートまで延長するため閉鎖された。1957年5月、第83飛行隊はイギリス空軍で初めてアブロ・バルカンを受領した飛行隊となり、1961年8月までに同基地には3つのバルカン飛行隊が運用されていた。第44、第50、第101飛行隊はワディントン航空団となり、イギリスの空中核抑止力の一部となった。第44飛行隊は1960年8月から1982年12月までワディントン基地からバルカンを運用した。.

バルカン機の運用時代には、悲劇も起きた。1958年10月24日、第83飛行隊のバルカン機XA908は、ワディントンからネブラスカ州リンカーンの米空軍基地へ向かう「ウェスタン・レンジャー」訓練飛行中に、電気系統の完全な故障に見舞われ、デトロイトの住宅街に墜落した。航空担当国務長官は下院で、乗員5名と整備主任全員が死亡したと報告した。.

最後の運用部隊であった第50飛行隊は、1984年3月にワディントン基地で解散し、同基地における27年間のバルカンの歴史に幕を下ろした。その後も同機はバルカン展示飛行隊によって10年間運用され続けた。XH558は1985年5月に展示飛行任務を引き継ぎ、1992年9月20日にクランフィールドで最後のイギリス空軍展示飛行を行い、同飛行隊は1993年に解散した。.

1982年4月にアルゼンチンがフォークランド諸島を占領した際、ワディントン基地はブラックバック作戦用の爆撃機を提供した。ワディントン航空団の第44、第50、第101飛行隊から選抜された3機のバルカン爆撃機、XM597、XM598、XM607が、アセンション島のワイドアウェイク飛行場からの空襲に備えて準備された。最初の空襲では、ウィザーズの乗組員は第101飛行隊から出撃したが、搭乗したのは第44飛行隊の機体であるXM607だった。マーティン・ウィザーズ飛行中尉は後に、乗組員が南大西洋での作戦に参加することを知らされたのはわずか3週間前だったと回想している。.

XM607は4月30日午後11時頃、アセンション島から離陸した。イギリス空軍によると、爆撃機をスタンレーの航続距離まで到達させるには、11機のビクター空中給油機と15回の燃料移送が必要だった。南下する途中で空中給油計画が失敗し、バルカン爆撃機は燃料不足に陥った。ウィザーズは爆撃のために高度1万フィートまで上昇し、1,000ポンド爆弾21発を投下した。そのうちの1発が滑走路の中央にクレーターを作った。往復飛行距離は約6,600海里で、所要時間は約16時間だった。ウィザーズは殊勲飛行十字章を授与された。.

ブラックバック作戦は7回計画され、うち5回が実施された。XM607は、最初の作戦、2回目の作戦（ジョン・リーブ少佐指揮）、そして6月12日の最後の作戦を遂行した。ニール・マクドゥーガル少佐が操縦するXM597は、シュライクミサイルでアルゼンチンのレーダーを攻撃した。これらの空襲がどれほどの効果をもたらしたかは、今も議論の的となっている。滑走路は輸送機が使用できる状態を維持しており、ジョン・カーティス空軍元帥は、これらの空襲は「アルゼンチンで明確に理解された」メッセージを送ったと主張した。XM607は1982年12月に退役し、1983年1月にワディントンのゲートガーディアンとなった。.

1991年、第8飛行隊はボーイングE-3Dセントリーをワディントン基地に導入し、同基地は30年間にわたりイギリスの空中早期警戒の本拠地となった。イギリス空軍は7機を購入した。セントリーの乗組員はイラク、アフガニスタン、リビア上空を飛行し、カリブ海で麻薬密輸業者を取り締まり、主要なスポーツイベントを取材した。イギリス空軍によると、イラクの自由作戦中、セントリー機はイラク領空で他のすべてのイギリス空軍機を合わせたよりも多くの飛行時間を記録したという。.

最終的に、7機のE-3Dのうち飛行可能なのはわずか3機となった。機体は大規模な整備が必要で、他国のE-3とは異なり、電子機器の大規模なアップグレードは一度も行われていなかった。最後の作戦飛行は、2021年7月30日にRAFアクロティリからイラク上空へ行われた。ZH101は8月4日にウォーターサルートでワディントンに帰還し、ウェセックス伯爵は2021年9月30日の退役パレードに出席した。米国はZH104を購入し、E-6Bマーキュリー練習機に改造した。.

2019年にセントリーの後継機として5機のE-7ウェッジテイルが発注された。2021年の統合見直し後、発注数は3機に削減され、約12%の節約のために機体数は40%減少したが、国防委員会はこれを「全くの愚行」と呼んだ。その間、英国はNATOの空中早期警戒部隊に頼っていた。2023年に就役予定だったが、最初のRAFウェッジテイルWT001は2026年5月21日までRAFロッシーマスに到着せず、そこでまだ試験評価中だった。第8飛行隊がロッシーマスに移動して運用を開始した。.

第51飛行隊は1974年からニムロッドR1を運用していた。その後継機であるRC-135Wリベットジョイントは、プロジェクト・エアシーカーの下、3機で6億3400万ポンドの予算で購入された。引き渡し前に、イギリス人乗組員はアメリカ空軍第55航空団と共に3万2000時間以上、1800回以上の出撃を行った。最初のRC-135Wは予定より早く2013年11月に到着し、3機目は2017年6月7日に到着した。イギリス空軍は退役予定日を2035年としているが、UK Defence Journalは2017年に2045年と報じた。.

ビーチクラフト キングエア 350 をベースにしたシャドウ R1 は、緊急の運用要件として始まり、2009 年に 4 機が納入されました。第 5 (AC) 飛行隊のシャドウ飛行隊は第 14 飛行隊になりました。RAF のシャドウのページではこれを 2011 年としていますが、飛行隊自身のページでは 2016 年となっています。2021 年 11 月、レイセオン UK は、機数を 6 機から 8 機に増やし、Mk2 規格にアップグレードするための 1億 1000 万ポンドの契約を獲得しました。.

2012年、第13飛行隊がワディントンに設立され、英国初のリーパー飛行隊となった。2013年4月、リンカンシャーから初の作戦任務に出撃した。それまで、英国のリーパー乗組員はネバダ州のクリーク空軍基地を拠点としていた。同機はアフガニスタン上空、そしてシェイダー作戦でイラクとシリア上空を飛行し、リンカンシャーの地上管制所から管制を受けた。リーパーは英国空軍で18年間運用され、17万3000時間以上の飛行時間を記録した後、退役した。飛行隊のページには2025年9月30日と記載されており、英国空軍は2025年10月3日に最終飛行を行うと発表した。.

イギリス空軍版MQ-9BであるプロテクターRG1の初号機は2023年9月に到着し、2023年11月17日にワディントン上空を周回飛行した。第31飛行隊は2023年10月11日にイギリス初のプロテクター飛行隊として再編成された。プロテクターは2025年6月16日にイギリス領空での飛行が認可された初の無人航空機として運用を開始し、16機が計画されている。イギリス空軍は、新しい格納庫、支援施設、乗員宿舎の費用を9400万ポンドと見積もっている。2018年の見積もりは9300万ポンドだった。.

ワディントン国際航空ショーは、1995年に閉鎖されたRAFフィニングリー基地から移転して始まりました。毎年6月末か7月初めに開催され、14万人以上の来場者を集めていました。滑走路の改修工事のため、2015年のショーは中止されました。2015年9月28日、RAFは安全保障上の脅威と運用上のリスクを理由に、ワディントンでのショーは今後開催しないと発表しました。報道によると、これらの懸念は、同基地がリーパー無人機の基地としての役割を担っていることに関連しているとのことでした。.

レッドアローズが到着したのは7年後のことだった。2020年5月、RAFはRAFスカンプトン基地の閉鎖が決定した後、30以上の代替地を評価したと発表した。運用安全評価の結果、ワディントン基地が「RAFスカンプトン基地に代わる唯一の適切な代替地」であることが判明した。2022年10月13日の週に、146名のチームが24トンの装備とともに移転した。.

チームは1983年以来、リンカンシャーのスカンプトンを拠点として活動してきたが、1995年から2000年まではRAFカレッジ・クランウェルに一時的に拠点を置いていた。ワディントンでは初期運用能力の段階からスタートし、格納庫と本部はまだ改修中だった。2023年以降、レッドアローズはディスプレイ・エア・ウィングの傘下に入った。本部とホークT1の継続耐空性管理組織はワディントンにあり、バトル・オブ・ブリテン記念飛行隊はRAFコニングスビーに留まっている。.