RAF Akrotiri werd opgericht op 1 juli 1955, toen 30 personeelsleden werden gestationeerd op wat de basis zelf omschrijft als vlak, droog, rotsachtig struikgewas op het winderige schiereiland Akrotiri. De basis groeide sneller dan wie dan ook had verwacht. Eind augustus 1956 telde de basis 260 officieren en 2.864 manschappen, wat de RAF omschrijft als een enorme toename in twaalf maanden. Van caravans en modderpaden werd de basis aangelegd, wegen werden geconstrueerd en hangars en enkele permanente gebouwen verrezen. De bouw bleef zo ver achter bij de vraag dat dagelijks 1.430 personeelsleden ziek gemeld waren, voornamelijk vanwege overbevolking en onhygiënische omstandigheden.

Operatie Musketier volgde binnen enkele maanden. Het Imperial War Museum vermeldt dat de RAF en de Fleet Air Arm op 31 oktober 1956 begonnen met het bombarderen van Egypte. Valiants en Canberras vanuit Cyprus en Malta vielen vliegvelden aan, terwijl Venoms troepen, vliegtuigen en voertuigen bombardeerden. De Venoms van Squadron 8 vielen in de vroege ochtend van 1 november vliegvelden in de Kanaalzone en het tankpark bij Huckstep nabij Caïro aan. Het squadron claimde in twee dagen tijd 43 vliegtuigen op de grond te hebben vernietigd. Een staakt-het-vuren maakte op 7 november een einde aan de operationele vluchten.

De basis was ook een doelwit in eigen land. Tijdens de EOKA-campagne veroorzaakte een bom in een hangar op 27 november 1957 een brand die Canberra's van de squadrons 6, 13 en 73 verwoestte. Het Britse register van verloren vliegtuigen met serienummers vermeldt vier Canberra's; de No. 6 Squadron Association registreert een afgebrande hangar en vijf verloren vliegtuigen. Deze pagina vermeldt daarom 4-5 vernietigde vliegtuigen. Geen van beide bronnen vermeldt slachtoffers.

Cyprus werd op 16 augustus 1960 onafhankelijk van het Verenigd Koninkrijk, maar niet volledig. Volgens het verdrag dat de republiek creëerde, behield het VK de soevereiniteit over twee soevereine basisgebieden: Akrotiri in het westen en Dhekelia in het oosten. De bibliotheek van het Lagerhuis schat het gecombineerde gebied op 98 vierkante mijl, ongeveer 3 procent van het eiland. Een aanvullend verdrag verplichtte Griekenland, Turkije en het VK om de onafhankelijkheid, territoriale integriteit en veiligheid van Cyprus te garanderen.

De bases zijn Brits grondgebied, maar het zijn geen Britse steden. Het Verenigd Koninkrijk heeft zich ertoe verbonden ze niet te ontwikkelen voor andere doeleinden dan militaire doeleinden en er geen koloniën, nieuwe nederzettingen, niet-gerelateerde commerciële ondernemingen of civiele zeehavens en luchthavens te creëren. Ongeveer 10.000 Cyprioten wonen binnen de soevereine basisgebieden, samen met zo'n 3.800 militairen en in het VK gestationeerd personeel en hun gezinsleden. Ongeveer 60 procent van het land is in particulier bezit, terwijl het Ministerie van Defensie en de administratie van de soevereine basisgebieden elk ongeveer 20 procent bezitten.

Die afspraken bepalen het dagelijks leven op het station. Toen Cyprus toetrad tot de Europese Unie, werd in een protocol bij het toetredingsverdrag van 2003 vastgelegd hoe de EU-wetgeving van toepassing is op de bases. Een aparte overeenkomst uit 2003 stelt de Cypriotische autoriteiten verantwoordelijk voor migranten die op het basisterrein aankomen. Deze overeenkomst werd in oktober 2015 op de proef gesteld toen boten met meer dan honderd mensen aan land gingen aan de kust van Akrotiri. Na de droneaanval van maart 2026 zei de woordvoerder van de Cypriotische regering over de status van de bases: "In deze context sluiten we niets uit."’

In de jaren zestig was Akrotiri de aanvalsbasis van de RAF in het oostelijke Middellandse Zeegebied. De Near East Air Force Strike Wing vloog met Canberras ter ondersteuning van de Central Treaty Organization (CTO) totdat de wing en No. 6 Squadron op 10 januari 1969 om middernacht werden opgeheven. De geschiedenis van de basis vermeldt Lightning-, Vulcan-, Hercules-, Argosy- en Canberra-vliegtuigen, evenals Whirlwind- en Wessex-helikopters, die de jaren zestig en zeventig tot de bloeiperiode van de basis maakten.

De Turkse invasie van juli 1974 veranderde de bases in een toevluchtsoord. Op 22 juli vertelde minister van Buitenlandse Zaken James Callaghan aan het Lagerhuis dat een groot deel van de Britse burgers op het eiland, samen met vele andere buitenlanders, zich nu in de soevereine basisgebieden bevond. Op 30 juli meldde minister van Defensie Roy Mason dat 8.000 mensen, Britse ingezetenen en toeristen van 49 nationaliteiten, naar huis waren gebracht en dat ongeveer 1.200 familieleden van militairen die buiten de bases woonden, werden geëvacueerd.

De permanente strijdmacht heeft de crisis niet overleefd. In een verklaring in het Defensierapport van 3 december 1974 zei Mason: "Op Cyprus stellen we voor om al vroeg enkele reducties door te voeren, met name in onze daar gestationeerde luchtmacht." Volgens de geschiedenis van de basis waren er eind jaren tachtig alleen nog de helikopters van Squadron 84 over, en begon Akrotiri zijn bestaan als trainings-, operationele en vooruitgeschoven basis. Een parlementair antwoord uit 1990 voegt daaraan toe dat er sinds 1974 een U-2 van de Amerikaanse luchtmacht permanent gestationeerd was ter ondersteuning van de vredesmissies in het Midden-Oosten.

De vooruitgeschoven rol van het station werd in juli 2006 op de proef gesteld, toen de oorlog in Libanon de evacuatie van Britse staatsburgers noodzakelijk maakte. Oorlogsschepen vervoerden geëvacueerden van Beiroet naar Cyprus, waar ze werden verwerkt en vervolgens naar het Verenigd Koninkrijk werden gevlogen. Volgens een rapport van de overheid over de geleerde lessen ging het tussen 18 en 24 juli om ongeveer 4.500 Britse staatsburgers. De eigen geschiedenis van het station registreert alleen al op 18 en 19 juli meer dan 2.000 Britse geëvacueerden via Akrotiri.

Operatie Shader maakte Akrotiri tot de belangrijkste operationele basis voor de Britse luchtmacht in de strijd tegen de Islamitische Staat. Op 30 september 2014 voerden twee Tornado GR4's, die vanaf de basis gewapende verkenningsvluchten uitvoerden, de eerste aanvallen van de Irak-campagne uit: een Paveway IV-bom op een zwaar bewapende stelling en een Brimstone-raket op een bewapende pick-up truck. Nadat het Lagerhuis op 2 december 2015 met 397 stemmen voor en 223 tegen had besloten de aanvallen uit te breiden naar Syrië, voerden Tornado's de volgende dag de eerste offensieve missie daar uit.

Op 14 april 2018, na de chemische aanval op Douma, stegen vier Tornado GR4's op vanaf Akrotiri, op ongeveer 500 kilometer van Syrië, en lanceerden acht Storm Shadow-kruisraketten op een voormalige raketbasis zo'n 24 kilometer ten westen van Homs, waarvan werd aangenomen dat er grondstoffen voor chemische wapens werden opgeslagen. In juni 2019 voerde de basis de eerste operationele F-35B Lightning-vluchten uit die door het Verenigd Koninkrijk werden uitgevoerd, toen straaljagers van Squadron 617, die voor training waren ingezet, overgingen naar Storm Shadow-patrouilles boven Syrië.

Het bereik van het station reikt veel verder dan de Levant. In de nacht van 11 op 12 januari 2024 bombardeerden vier Typhoon FGR4's, ondersteund door Voyager-tankvliegtuigen, een dronebasis in Bani en het vliegveld van Abbs in Jemen met Paveway IV-bommen. De bibliotheek van het Lagerhuis bevestigt dat de bases in januari en februari 2024 werden gebruikt voor Britse aanvallen op Houthi-doelen. Deze aanvallen, en enkele honderden ongewapende Britse surveillancevluchten boven Gaza vanaf oktober 2023, brachten demonstranten naar de poorten van de basis.

Het station deelt zijn schiereiland met het zoutmeer van Akrotiri, dat op 20 maart 2003 werd aangewezen als wetland van internationale betekenis in het kader van de Ramsar-conventie. Het gebied beslaat 2.171 hectare, met RAF Akrotiri aan de zuidelijke rand. Het informatieblad van het JNCC noemt het meer een van de weinige grote zoutmeren in het oostelijke Middellandse Zeegebied die zich nog in een semi-natuurlijke staat bevinden, en registreert een gemiddelde piek van 6.000 grote flamingo's tussen 1998 en 2002, ongeveer 2 procent van de regionale populatie.

Vogels en masten zijn al lange tijd onderwerp van discussie. Het Pluto-project plaatste twee antennes op het schiereiland: Pluto I, 58 meter hoog, in 1999, en Pluto II, 96 meter, in 2003. Een onafhankelijk internationaal panel dat rapporteerde aan het Permanent Comité van de Berner Conventie, constateerde lacunes in de oorspronkelijke milieubeoordeling uit 1997 voor jufferkraanvogels en grote flamingo's. Het panel concludeerde dat Pluto II een minimale impact zou hebben op de belangrijkste bedreigde soorten, maar mogelijk de sterfte zou verhogen, en vroeg om nachtverlichting, markeringskabels en monitoring.

Het conflict laaide in 2026 weer op. In mei stelde de gemeente Kourion advocaten aan om een gerechtelijk bevel te onderzoeken tegen een Brits plan voor meer antennes. De Cyprus Mail berichtte over 32 masten waarvoor ongeveer 340 hectare grond in een beschermd gebied onteigend moest worden. In september protesteerden de bewoners opnieuw, en dezelfde krant beschreef drie fasen van respectievelijk 68, 68 en 31-34 antennes, waarbij 18 bestaande antennes zouden worden verwijderd. De gepubliceerde cijfers voor de uitbreiding variëren daarom van 32 tot ongeveer 170 antennes. Bewoners voeren aan dat ze bang zijn voor kanker, hoewel onafhankelijke tests van de Pluto-installatie aantoonden dat de emissies ruim onder de EU-limieten liggen.

De eerste aanval op het station sinds 1986 vond plaats een dag nadat de VS en Israël op 28 februari 2026 begonnen met het bombarderen van Iran. Om 00:03 lokale tijd op 2 maart, wat overeenkwam met 22:03 GMT op 1 maart, trof een Iraanse Shahed-drone een hangar op de RAF-basis Akrotiri. Dit tijdsverschil verklaart waarom Britse bronnen de aanval dateren op 1 maart en Cypriotische bronnen op 2 maart. Middle East Eye meldde dat de hangar, die gebruikt werd door Amerikaanse U-2-vliegtuigen, in brand vloog; het ministerie van Defensie verklaarde dat de apparatuur binnenin onbeschadigd was gebleven. Er vielen geen slachtoffers.

Cypriotische functionarissen zeiden dat de drones waren afgevuurd door de door Iran gesteunde Hezbollah-groep in Libanon. De Britse inlichtingendienst concludeerde op basis van het type, het bereik en de prestaties van de drone dat deze niet vanuit Iran was gelanceerd; het ministerie van Defensie wees naar een pro-Iraanse militie in Libanon of West-Irak, maar zei dat een onderzoek het lanceerpunt niet definitief kon vaststellen. De Cypriotische regering zei dat op 2 maart nog twee drones die op weg waren naar de basis waren onderschept.

Versterkingen volgden. Op 3 maart kondigde minister van Defensie John Healey de inzet aan van de Type 45-destroyer HMS Dragon en Wildcat-helikopters, bewapend met Martlet-raketten, voor het oostelijke Middellandse Zeegebied, samen met extra luchtdoelradars en antidronesystemen. Frankrijk en Griekenland stuurden schepen en vliegtuigen om Cyprus te helpen beschermen. HMS Dragon werd ongeveer een week opgehouden om munitie te laden, en de Cypriotische hoge commissaris in Londen, Kyriacos Kouros, zei: "De mensen zijn teleurgesteld, de mensen zijn bang.".