CATAM начиналась как президентский вспомогательный объект. Согласно истории аэропорта Эль-Дорадо в английской Википедии, генерал Густаво Рохас Пинилья, президент с 1953 года, в 1954 году по собственному приказу создал связную эскадрилью, базировавшуюся в Течо, первом аэропорту Боготы. Она оказалась достаточно полезной, чтобы превратиться в военно-транспортную авиагруппу, которая в 1959 году получила статус транспортной базы.

Новый аэропорт Эль-Дорадо, строительство которого началось в 1955 году, открылся 10 декабря 1959 года и заменил аэропорт Течо; военно-воздушные силы перевели свое транспортное подразделение на площадку рядом с ним. В статье английской Википедии о службе создание Военно-транспортной базы датируется 1959 годом, с открытием аэропорта Эль-Дорадо; в статье об аэропорте датируется инаугурацией Военно-транспортного командования 28 мая 1963 года. Обе даты указаны здесь, поскольку источники различаются. В 1977 году командование было названо в честь колумбийского пионера авиации Камило Даса Альвареса, почетного бригадного генерала.

Первые два самолета C-130B Hercules, FAC-1001 и FAC-1002, были поставлены в CATAM в 1968 году; в период с 1990 по 1991 год правительство США передало еще шесть C-130B для поддержки операций против наркоторговли и партизан. В 2003 году на самолеты C-130 и CN-235 были установлены приборы ночного видения, которые, по словам Википедии, позволили осуществлять транспортировку, парашютную эвакуацию и медицинскую эвакуацию по боевым взлетно-посадочным полосам без освещения. В испанской Википедии в составе эскадрильи Escuadrón 811 упоминаются C-130B/H, C295, CN-235, Boeing 737 и KC-767.

В 2026 году вопрос о возрасте авиапарка приобрел политический характер. 23 марта 2026 года самолет C-130H FAC 1016 потерпел крушение при взлете в Пуэрто-Легуисамо в Путумайо; по данным Infodefensa, погибли 70 человек, 57 получили ранения, в то время как другие источники сообщают о 69 погибших. Расследование ВВС, как сообщает Infodefensa, выявило человеческую ошибку: экипаж неправильно оценил соотношение веса самолета (около 133 000 фунтов против максимального значения в 139 000 фунтов) и взлетно-посадочной полосы длиной около 1200 м, находясь под давлением необходимости покинуть аэродром до ухудшения погоды. Командующий, генерал Карлос Сильва, заявил, что самолет действовал в пределах разрешенных норм; результаты расследования противоречат заявлениям президента Петро о том, что виной всему возраст самолета и техническое обслуживание.

Аэропорт CATAM делит взлетно-посадочные полосы с международным аэропортом Боготы. Согласно английской Википедии, Эль-Дорадо имеет две параллельные взлетно-посадочные полосы, 14L/32R и 14R/32L, каждая длиной 3800 м, расположенные на высоте 2548 м над уровнем моря; военная база занимает собственную территорию рядом с гражданскими терминалами, доступ к которым с 1996 года осуществляется через новые наземные подъездные пути в зоне, отведенной под командование военно-транспортной авиации.

Такая организация объясняет многое из того, чем занимается CATAM. Самолеты, прибывающие из-за рубежа, сначала прибывают сюда, начиная с «Геркулеса» 1968 года и заканчивая «Супер Тукано» 2006 года, а стратегические транспортные самолеты ВВС, самолет-заправщик и президентская эскадрилья базируются в столице, а не в боевых командованиях. В списках эскадрилий, опубликованных в Википедии, упоминаются транспортная группа (81), группа специальных полетов (82) и разведывательная эскадрилья (831); количество самолетов на базе в любой момент времени не публикуется и здесь не приводится.

В 2008 году Колумбия заключила контракт с израильской компанией Israel Aerospace Industries на переоборудование подержанного Boeing 767-200ER в самолет-заправщик и VIP-транспорт. Самолет, получивший название Júpiter, FAC-1202 прошел испытания в сентябре 2010 года и был поставлен заказчику в ноябре 2010 года, а в марте 2019 года он участвовал в учениях Red Flag 19-2 с самолетами EA-18G Growler ВМС США. Согласно испанской Википедии, в CATAM также базируется президентский и VIP-рейс Grupo de Vuelos Especiales 82, в составе которого, по данным испанской Википедии, находится Boeing 737 BBJ.

Новые самолеты по-прежнему прибывают через Боготу: первые три колумбийских Super Tucano приземлились в CATAM 14 декабря 2006 года, прежде чем этот тип самолетов поступил на вооружение боевых командований в Апиае и других местах. Место базирования двух Embraer KC-390, заказанных в 2026 году, в проверенных источниках не указано.