CATAM surgió como una conveniencia presidencial. Según la historia del aeropuerto El Dorado en la Wikipedia en inglés, el general Gustavo Rojas Pinilla, presidente desde 1953, creó un escuadrón de enlace en 1954 bajo sus órdenes directas, con base en Techo, el primer aeropuerto de Bogotá. Resultó lo suficientemente útil como para convertirse en un grupo de transporte aéreo militar, que alcanzó la categoría de base de transporte en 1959.

El nuevo aeropuerto El Dorado, cuya construcción comenzó en 1955, se inauguró el 10 de diciembre de 1959 y reemplazó a Techo; la fuerza aérea trasladó su unidad de transporte a un emplazamiento contiguo. El artículo de la Wikipedia en inglés sobre el servicio sitúa la creación de la Base Aérea de Transporte Militar en 1959, con la apertura de El Dorado; su artículo sobre el aeropuerto sitúa la inauguración del Comando Aéreo de Transporte Militar el 28 de mayo de 1963. Ambas fechas se incluyen aquí porque las fuentes difieren. En 1977, el comando recibió el nombre del pionero de la aviación colombiana Camilo Daza Álvarez, general de brigada honorario.

Los dos primeros C-130B Hercules, FAC-1001 y FAC-1002, fueron entregados a CATAM en 1968; entre 1990 y 1991, el gobierno estadounidense entregó seis C-130B más para apoyar las operaciones contra el narcotráfico y la guerrilla. En 2003, se introdujeron gafas de visión nocturna en los C-130 y CN-235, lo que, según Wikipedia, permitió el transporte, el lanzamiento en paracaídas y la evacuación aeromédica en pistas de aterrizaje de combate sin iluminación. La Wikipedia en español incluye los C-130B/H, C295, CN-235, Boeing 737 y KC-767 en el Escuadrón 811 de la base.

La antigüedad de la flota se convirtió en un tema político en 2026. El 23 de marzo de 2026, el C-130H FAC 1016 se estrelló durante el despegue en Puerto Leguízamo, Putumayo; Infodefensa reportó 70 muertos y 57 heridos, mientras que otros informes dieron 69. La investigación de la Fuerza Aérea, según Infodefensa, atribuyó el accidente a un error humano: la tripulación calculó mal la relación entre el peso de la aeronave, aproximadamente 133 000 libras frente a un máximo de 139 000 libras, y una pista de unos 1200 metros, bajo la presión de despegar antes de que empeorara el tiempo. El comandante, el general Carlos Silva, afirmó que la aeronave había operado dentro de los límites autorizados; los hallazgos contradijeron las afirmaciones del presidente Petro de que la antigüedad y el mantenimiento eran los culpables.

CATAM comparte sus pistas con el aeropuerto internacional de Bogotá. El Dorado cuenta con dos pistas paralelas, la 14L/32R y la 14R/32L, cada una de 3.800 m de longitud, a 2.548 m sobre el nivel del mar, según la Wikipedia en inglés; la base militar ocupa su propia área junto a las terminales civiles, a la que se accede desde 1996 mediante nuevos accesos terrestres a través de la zona dedicada al Comando de Aviación de Transporte Militar.

Esa organización explica gran parte de las funciones de CATAM. Los aviones procedentes del extranjero llegan primero a esta base, desde los Hércules de 1968 hasta los Super Tucano de 2006, y los transportes estratégicos de la fuerza aérea, su avión cisterna y el vuelo presidencial operan desde la capital en lugar de desde los comandos de combate. Las listas de escuadrones publicadas por Wikipedia mencionan un grupo de transporte (81), un grupo de vuelos especiales (82) y un escuadrón de inteligencia (831); el número de aeronaves presentes en la base en un momento dado no se publica ni se indica aquí.

En 2008, Colombia contrató a Israel Aerospace Industries para convertir un Boeing 767-200ER de segunda mano en un avión cisterna y de transporte VIP. El avión, bautizado como Júpiter (FAC-1202), fue probado en septiembre de 2010 y entregado en noviembre del mismo año. En marzo de 2019, prestó apoyo a los EA-18G Growler de la Armada de los Estados Unidos en el ejercicio Red Flag 19-2. CATAM también alberga el Grupo de Vuelos Especiales 82, que opera vuelos presidenciales y VIP y cuenta con un Boeing 737 BBJ entre sus aeronaves, según la Wikipedia en español.

Siguen llegando nuevos aviones a través de Bogotá: los tres primeros Super Tucano de Colombia aterrizaron en CATAM el 14 de diciembre de 2006, antes de que este modelo fuera destinado a los comandos de combate en Apiay y otros lugares. En las fuentes consultadas, no se ha anunciado dónde tendrán su base los dos Embraer KC-390 encargados para 2026.