A CATAM começou como uma medida de conveniência presidencial. De acordo com a história do aeroporto El Dorado na Wikipédia em inglês, o General Gustavo Rojas Pinilla, presidente a partir de 1953, criou um esquadrão de ligação em 1954 sob suas próprias ordens diretas, com base em Techo, o primeiro aeroporto de Bogotá. O esquadrão provou ser suficientemente útil para se transformar em um grupo de transporte aéreo militar, que alcançou o status de base de transporte em 1959.

O novo aeroporto El Dorado, cuja construção começou em 1955, foi inaugurado em 10 de dezembro de 1959, substituindo o Techo; a Força Aérea transferiu sua unidade de transporte para um local adjacente. O artigo da Wikipédia em inglês sobre a Força Aérea data a criação da Base Aérea de Transporte Militar em 1959, com a inauguração de El Dorado; o artigo sobre o aeroporto data a inauguração do Comando Aéreo de Transporte Militar em 28 de maio de 1963. Ambas as datas são apresentadas aqui devido às divergências entre as fontes. Em 1977, o comando foi nomeado em homenagem ao pioneiro da aviação colombiana Camilo Daza Álvarez, um general de brigada honorário.

Os dois primeiros C-130B Hercules, FAC-1001 e FAC-1002, foram entregues à CATAM em 1968; entre 1990 e 1991, o governo dos EUA forneceu mais seis C-130B para apoiar operações contra o narcotráfico e a guerrilha. Em 2003, óculos de visão noturna foram introduzidos nos C-130 e CN-235, o que, segundo a Wikipédia, permitiu o transporte, o lançamento de paraquedas e a evacuação aeromédica em pistas de combate sem iluminação. A Wikipédia em espanhol lista os C-130B/H, C295, CN-235, Boeing 737 e KC-767 no Esquadrão 811 da base.

A idade da frota tornou-se um tema político em 2026. Em 23 de março de 2026, o C-130H FAC 1016 caiu durante a decolagem em Puerto Leguízamo, em Putumayo; a Infodefensa reportou 70 mortos e 57 feridos, enquanto outros relatos apontaram 69. A investigação da Força Aérea, conforme relatado pela Infodefensa, apontou erro humano: a tripulação calculou mal a relação entre o peso da aeronave, cerca de 60.300 kg (133.000 lb) contra um máximo de 63.000 kg (139.000 lb), e uma pista de aproximadamente 1.200 m, sob pressão para decolar antes que as condições climáticas piorassem. O comandante, General Carlos Silva, afirmou que a aeronave operou dentro dos limites autorizados; as conclusões contradizem as alegações do Presidente Petro de que a idade e a manutenção inadequada foram as culpadas.

O aeroporto CATAM compartilha suas pistas com o aeroporto internacional de Bogotá. El Dorado possui duas pistas paralelas, 14L/32R e 14R/32L, cada uma com 3.800 m de comprimento, a 2.548 m acima do nível do mar, segundo a Wikipédia em inglês; a base militar ocupa sua própria área ao lado dos terminais civis, acessível desde 1996 por novos acessos terrestres através da zona dedicada ao Comando de Aviação de Transporte Militar.

Essa organização explica grande parte das atividades da CATAM. Aeronaves vindas do exterior chegam primeiro aqui, desde os Hércules de 1968 até os Super Tucanos de 2006, e os transportes estratégicos da Força Aérea, seu reabastecedor aéreo e o voo presidencial operam a partir da capital, e não dos comandos de combate. As listas de esquadrões publicadas pela Wikipédia mencionam um grupo de transporte (81), um grupo de voos especiais (82) e um esquadrão de inteligência (831); o número de aeronaves na base em qualquer momento não é divulgado e não será informado aqui.

Em 2008, a Colômbia contratou a Israel Aerospace Industries para converter um Boeing 767-200ER usado em um avião-tanque e transporte VIP. Batizado de Júpiter, o FAC-1202 foi testado em setembro de 2010 e entregue em novembro do mesmo ano. Em março de 2019, prestou apoio aos caças EA-18G Growler da Marinha dos EUA no Exercício Red Flag 19-2. A CATAM também abriga o Grupo de Vuelos Especiales 82, que opera voos presidenciais e VIP, incluindo um Boeing 737 BBJ, segundo a Wikipédia em espanhol.

Novas aeronaves ainda chegam por Bogotá: os três primeiros Super Tucanos da Colômbia pousaram na CATAM em 14 de dezembro de 2006, antes de serem enviados para os comandos de combate em Apiay e outros locais. As fontes consultadas ainda não divulgaram onde os dois Embraer KC-390 encomendados para 2026 serão baseados.