As origens de Apiay remontam à selva. A Wikipédia em inglês afirma que a unidade começou em 1933 como uma base aérea em San José del Guaviare, um dos postos estabelecidos após a guerra com o Peru, e mudou-se em dezembro de 1947 para a vila de Apiay, a 12 km de Villavicencio. A própria história da força aérea, resumida pela Wikipédia em inglês, explica o motivo: durante a Guerra da Independência, a Força Aérea precisava ampliar seu raio de ação sobre as planícies orientais, então o aeródromo nacional de Apiay foi criado em 1947 e nomeado Base Aérea de Apiay em 17 de novembro de 1948.

A base cresceu em etapas. Treinou pilotos nos aviões AT-6 Texan e T-34 Mentor a partir de 1956, tornou-se uma base principal com bombardeiros B-26 Invader em 1959, recebeu o nome de Capitão Luis Francisco Gómez Niño em 1961 e recebeu seus primeiros jatos, T-33 e T-37, em 1972, quando se tornou o quartel-general do Comando Aéreo de Combate nº 2. Uma data alarmante pertence aos seus primeiros anos: em 8 de setembro de 1969, um avião SATENA C-47, FAC-685, caiu perto da base e todas as 32 pessoas a bordo morreram, de acordo com a Wikipédia em inglês.

A Colômbia comprou 25 Embraer Super Tucanos por US$ 1.040.000. Os três primeiros pousaram em Bogotá em 14 de dezembro de 2006 e o último em junho de 2008. Em 18 de janeiro de 2007, os Super Tucanos colombianos realizaram a primeira missão de combate do modelo no mundo, atacando posições das FARC com bombas Mk 82. Em Apiay, equipam o Esquadrão de Combate 211 'Grifos', juntamente com os AT-27 Tucanos do 212 e os helicópteros de ataque e aeronaves do 213.

O artigo da Wikipédia em inglês sobre o Super Tucano descreve o ataque que denomina Operação Armagedón: nove Super Tucanos de Apiay atacaram o acampamento da 27ª Frente das FARC em Vista Hermosa, Meta, com base em coordenadas fornecidas por um informante recrutado pela inteligência policial, lançando 40 bombas guiadas de 227 kg em três minutos e matando 36 rebeldes. A data não é informada e o número de vítimas não foi verificado com uma fonte oficial colombiana ou independente. O mesmo artigo atribui a 25 Super Tucanos o lançamento de sete toneladas de explosivos na Operação Sodoma em Meta, em 22 de setembro de 2010, na qual o comandante das FARC, Mono Jojoy, foi morto; não especifica de qual base eles partiram.

Apiay hospeda uma ampla variedade de aeronaves. A Wikipedia em inglês e espanhol lista quatro unidades: Escuadrón de Combate 211 'Grifos' com o A-29B Super Tucano, 212 'Tucanos' com o antigo AT-27 Tucano, Escuadrón de Combate Táctico 213 com uma mistura de helicópteros AC-47T Fantasma, helicópteros AH-60L Arpía IV, transportes C-212 e Cessna 208 e Aeronaves de vigilância Schweizer e Citation e, apenas na Wikipédia em espanhol, Escuadrón 217 'Quimera' com drones Elbit Hermes 450 e Hermes 900.

Os aviões de ataque são as aeronaves mais antigas da base. A Infodefensa contabiliza seis AC-47T em serviço na Colômbia desde 1986, remotorizados a partir de 1991 com motores turboélice Basler BT-67, equipados com sensores FLIR, metralhadoras pesadas GAU-19A e sinalizadores de iluminação para apoio aéreo aproximado noturno. Os números dos esquadrões, mas não o número total de aeronaves em Apiay, são divulgados; nenhum dado é fornecido aqui.

Apiay foi uma das três bases aéreas, juntamente com Palanquero e Malambo, que o acordo de cooperação em defesa EUA-Colômbia de 30 de outubro de 2009 abriu ao pessoal americano, de acordo com a lista do Tribunal Constitucional. Em 17 de agosto de 2010, o Tribunal decidiu que o acordo era, na prática, um tratado e não poderia ter efeito até ser aprovado pelo Congresso. A Wikipédia em inglês, no entanto, afirma que a base abriga militares do Exército dos EUA que participam de programas de treinamento no âmbito do Plano Colômbia, contra o narcotráfico e grupos armados. A dimensão e as datas dessa presença não são divulgadas nas fontes consultadas, e nenhum dado é apresentado aqui.