Los orígenes de Apiay se encuentran en la selva. Según Wikipedia, la unidad comenzó en 1933 como una base aérea en San José del Guaviare, uno de los puestos establecidos tras la guerra con Perú, y se trasladó en diciembre de 1947 al pueblo de Apiay, a 12 km de Villavicencio. La propia historia del servicio, resumida por Wikipedia, explica el motivo: durante La Violencia, la fuerza aérea necesitaba extender su radio de acción sobre los llanos orientales, por lo que el aeródromo nacional de Apiay se creó en 1947 y recibió el nombre de Base Aérea de Apiay el 17 de noviembre de 1948.

La base creció por etapas. Entrenó a pilotos en los aviones AT-6 Texan y T-34 Mentor desde 1956, se convirtió en una base principal con bombarderos B-26 Invader en 1959, recibió el nombre del Capitán Luis Francisco Gómez Niño en 1961 y recibió sus primeros aviones a reacción, los T-33 y T-37, en 1972, cuando se convirtió en el cuartel general del Comando Aéreo de Combate n.° 2. Una fecha triste pertenece a sus primeros años: el 8 de septiembre de 1969, un C-47 de SATENA, FAC-685, se estrelló cerca de la base y las 32 personas a bordo murieron, según la Wikipedia en inglés.

Colombia compró 25 Embraer Super Tucano por US$$234 millones. Los tres primeros aterrizaron en Bogotá el 14 de diciembre de 2006 y el último en junio de 2008. El 18 de enero de 2007, los Super Tucano colombianos realizaron la primera misión de combate de este tipo en el mundo, atacando posiciones de las FARC con bombas Mk 82. En Apiay, equipan al Escuadrón de Combate 211 'Grifos', junto con los AT-27 Tucano del 212 y los helicópteros artillados y helicópteros del 213.

El artículo de la Wikipedia en inglés sobre el Super Tucano describe el ataque que denomina Operación Armagedón: nueve Super Tucanos procedentes de Apiay atacaron el campamento del Frente 27 de las FARC en Vista Hermosa, Meta, siguiendo las coordenadas de un informante reclutado por la inteligencia policial, lanzando 40 bombas guiadas de 227 kg en tres minutos y causando la muerte de 36 rebeldes. No se indica la fecha, y la cifra de bajas no ha sido contrastada con ninguna fuente oficial colombiana ni independiente. El mismo artículo atribuye a 25 Super Tucanos el lanzamiento de siete toneladas de explosivos en la Operación Sodoma en Meta el 22 de septiembre de 2010, en la que murió el comandante de las FARC, Mono Jojoy; no especifica desde qué base volaron.

Apiay alberga una amplia variedad de aviones. Wikipedia en inglés y español enumera cuatro unidades: Escuadrón de Combate 211 'Grifos' con el A-29B Super Tucano, 212 'Tucanos' con el antiguo AT-27 Tucano, Escuadrón de Combate Táctico 213 con una combinación de cañoneras AC-47T Fantasma, helicópteros AH-60L Arpía IV, transportes C-212 y Cessna 208 y Schweizer y Aviones de vigilancia Citation, y, solo en Wikipedia en español, Escuadrón 217 'Quimera' con drones Elbit Hermes 450 y Hermes 900.

Los aviones de ataque son las aeronaves más antiguas de la base. Infodefensa contabiliza seis AC-47T en servicio en Colombia desde 1986, remotorizados desde 1991 con turbohélices Basler BT-67, sensores FLIR, ametralladoras pesadas GAU-19A y bengalas de iluminación para apoyo aéreo cercano nocturno. Se publican los números de escuadrón, pero no el número de aeronaves en Apiay; aquí no se proporciona ninguna información al respecto.

Apiay fue una de las tres bases aéreas, junto con Palanquero y Malambo, que el acuerdo de cooperación en defensa entre Estados Unidos y Colombia del 30 de octubre de 2009 abrió al personal estadounidense, según la lista de la Corte Constitucional. El 17 de agosto de 2010, la Corte dictaminó que el acuerdo era, en esencia, un tratado y no podía tener efecto hasta su aprobación por el Congreso. Sin embargo, la Wikipedia en inglés afirma que la base alberga personal del Ejército de Estados Unidos que participa en programas de entrenamiento en el marco del Plan Colombia, contra el narcotráfico y los grupos armados. La magnitud y las fechas de dicha presencia no se publican en las fuentes consultadas, y aquí no se proporcionan cifras.