De oorsprong van Apiay ligt in de jungle. Volgens de Engelstalige Wikipedia begon de eenheid in 1933 als een luchtmachtbasis in San José del Guaviare, een van de posten die na de oorlog met Peru werden opgericht, en verhuisde in december 1947 naar het dorp Apiay, 12 km van Villavicencio. De eigen geschiedenis van de dienst, zoals samengevat door de Engelstalige Wikipedia, geeft de reden: tijdens La Violencia moest de luchtmacht haar actieradius over de oostelijke vlakten uitbreiden, dus werd in 1947 het nationale vliegveld van Apiay aangelegd en op 17 november 1948 omgedoopt tot Base Aérea de Apiay.

De basis groeide in fasen. Vanaf 1956 werden er piloten opgeleid voor de AT-6 Texan en de T-34 Mentor, in 1959 werd het een belangrijke basis met B-26 Invaders, in 1961 kreeg het de naam Captain Luis Francisco Gómez Niño en in 1972 ontving het zijn eerste straaljagers, T-33's en T-37's, toen het het hoofdkwartier werd van Combat Air Command No. 2. Een trieste datum uit de beginjaren is de stortbuien van de basis: op 8 september 1969 stortte een SATENA C-47, FAC-685, neer nabij de basis, waarbij alle 32 inzittenden om het leven kwamen, aldus de Engelstalige Wikipedia.

Colombia kocht 25 Embraer Super Tucano's voor 1.400.000 Amerikaanse dollar. De eerste drie landden op 14 december 2006 in Bogotá en de laatste in juni 2008. Op 18 januari 2007 voerden Colombiaanse Super Tucano's de eerste gevechtsmissie van dit type uit, waarbij ze FARC-posities aanvielen met Mk 82-bommen. Op de basis in Apiay maken ze deel uit van Escuadrón de Combate 211 'Grifos', samen met de AT-27 Tucano's van 212 en de gevechtshelikopters en -gevechtsvliegtuigen van 213.

Het Engelstalige Wikipedia-artikel over de Super Tucano beschrijft de aanval die het Operatie Armagedón noemt: negen Super Tucano's vanuit Apiay vielen het kamp van het 27e Front van de FARC in Vista Hermosa, Meta, aan op basis van coördinaten van een informant die door de politie-inlichtingendienst was gerekruteerd. Ze wierpen in drie minuten 40 geleide bommen van 227 kg af, waarbij 36 rebellen om het leven kwamen. De datum wordt niet vermeld en het aantal slachtoffers is niet geverifieerd aan de hand van een officiële Colombiaanse of onafhankelijke bron. In hetzelfde artikel wordt vermeld dat 25 Super Tucano's zeven ton explosieven afwierpen tijdens Operatie Sodoma in Meta op 22 september 2010, waarbij FARC-commandant Mono Jojoy om het leven kwam; er wordt niet vermeld vanaf welke basis ze opereerden.

Apiay herbergt een brede mix van vliegtuigen. Engelse en Spaanse Wikipedia vermelden vier eenheden: Escuadrón de Combate 211 'Grifos' met de A-29B Super Tucano, 212 'Tucanos' met de oudere AT-27 Tucano, Escuadrón de Combate Táctico 213 met een mix van AC-47T Fantasma gevechtsschepen, AH-60L Arpía IV helikopters, C-212 en Cessna 208 transportvliegtuigen en Schweizer- en Citation-bewakingsvliegtuigen, en, alleen in de Spaanse Wikipedia, Escuadrón 217 'Quimera' met Elbit Hermes 450 en Hermes 900 drones.

De gevechtshelikopters zijn de oudste vliegtuigen op de basis. Infodefensa telt zes AC-47T's in Colombiaanse dienst sinds 1986, die vanaf 1991 zijn voorzien van Basler BT-67 turbopropmotoren, FLIR-sensoren, GAU-19A zware machinegeweren en lichtkogels voor nachtelijke luchtsteun. De squadronnummers, maar niet het aantal vliegtuigen op Apiay, worden gepubliceerd; hier wordt geen aantal vermeld.

Apiay was een van de drie luchtmachtbases, samen met Palanquero en Malambo, die volgens de lijst van het Constitutioneel Hof werden opengesteld voor Amerikaans personeel in het kader van de defensiesamenwerkingsovereenkomst tussen de VS en Colombia van 30 oktober 2009. Op 17 augustus 2010 oordeelde het Hof dat de overeenkomst in wezen een verdrag was en pas van kracht kon worden na goedkeuring door het Congres. De Engelstalige Wikipedia meldt echter dat de basis onderdak biedt aan Amerikaanse militairen die deelnemen aan trainingsprogramma's in het kader van Plan Colombia, gericht op de bestrijding van drugshandel en gewapende groeperingen. De omvang en de duur van deze aanwezigheid worden niet vermeld in de geraadpleegde bronnen en er worden hier geen cijfers gegeven.