CATAM begon als een presidentieel gemaksproduct. Volgens de Engelstalige Wikipedia-pagina over de geschiedenis van de luchthaven El Dorado richtte generaal Gustavo Rojas Pinilla, president vanaf 1953, in 1954 op eigen bevel een verbindingseskader op, gestationeerd op Techo, de eerste luchthaven van Bogotá. Het bleek nuttig genoeg om uit te groeien tot een militaire luchttransporteenheid, die in 1959 de status van transportbasis bereikte.

De nieuwe luchthaven El Dorado, waarvan de bouw in 1955 was begonnen, werd op 10 december 1959 geopend en verving Techo; de luchtmacht verplaatste haar transporteenheid naar een locatie ernaast. Het Engelstalige Wikipedia-artikel over de dienst dateert de oprichting van de Base Aérea de Transporte Militar (BAT) op 1959, met de opening van El Dorado; het artikel over de luchthaven dateert de inauguratie van het Comando Aéreo de Transporte Militar (CAT) op 28 mei 1963. Beide data worden hier vermeld omdat de bronnen verschillen. In 1977 werd het commando vernoemd naar de Colombiaanse luchtvaartpionier Camilo Daza Álvarez, die tot erebrigadegeneraal werd benoemd.

De eerste twee C-130B Hercules, FAC-1001 en FAC-1002, werden in 1968 aan CATAM geleverd; tussen 1990 en 1991 schonk de Amerikaanse overheid nog zes C-130B's ter ondersteuning van operaties tegen drugshandel en de guerrilla's. In 2003 werden nachtzichtbrillen geïntroduceerd op de C-130's en CN-235's, waardoor, volgens Wikipedia, transport, parachutespringen en medische evacuatie per vliegtuig mogelijk werden op onverlichte landingsbanen. De Spaanse Wikipedia vermeldt de C-130B/H, C295, CN-235, Boeing 737 en KC-767 bij Escuadrón 811 van de basis.

De ouderdom van de vloot werd in 2026 een politiek twistpunt. Op 23 maart 2026 stortte C-130H FAC 1016 neer tijdens het opstijgen in Puerto Leguízamo in Putumayo; Infodefensa meldde 70 doden en 57 gewonden, terwijl andere berichten 69 doden noemden. Het onderzoek van de luchtmacht, zoals gerapporteerd door Infodefensa, wees op menselijke fouten: de bemanning had de verhouding tussen het gewicht van het vliegtuig (ongeveer 60.000 kg, tegenover een maximum van 63.000 kg) en een landingsbaan van ongeveer 1200 meter verkeerd ingeschat, onder druk om te vertrekken voordat het weer omsloeg. De commandant, generaal Carlos Silva, zei dat het vliegtuig binnen de toegestane limieten had gevlogen; de bevindingen spraken de beweringen van president Petro tegen dat ouderdom en onderhoud de oorzaak waren.

CATAM deelt zijn start- en landingsbanen met de internationale luchthaven van Bogotá. El Dorado heeft twee parallelle start- en landingsbanen, 14L/32R en 14R/32L, elk 3.800 meter lang, op een hoogte van 2.548 meter boven zeeniveau, aldus de Engelstalige Wikipedia. De militaire basis beslaat een eigen terrein naast de civiele terminals, dat sinds 1996 bereikbaar is via nieuwe toegangswegen door het gebied dat is bestemd voor het Commando Militaire Transportluchtvaart.

Die regeling verklaart veel van wat CATAM doet. Vliegtuigen die vanuit het buitenland aankomen, komen hier eerst aan, van de Hercules uit 1968 tot de Super Tucano's uit 2006, en de strategische transportvliegtuigen van de luchtmacht, de tankervliegtuigen en de presidentiële vlucht opereren vanuit de hoofdstad in plaats van vanuit de gevechtscommando's. De squadronlijsten die Wikipedia publiceert, vermelden een transportgroep (81), een speciale vluchtgroep (82) en een inlichtingensquadron (831); het aantal vliegtuigen dat zich op enig moment op de basis bevindt, wordt niet gepubliceerd en wordt hier niet vermeld.

In 2008 gaf Colombia Israel Aerospace Industries de opdracht om een tweedehands Boeing 767-200ER om te bouwen tot tankvliegtuig en VIP-transportvliegtuig. Het toestel, genaamd Júpiter (FAC-1202), werd in september 2010 getest en in november 2010 opgeleverd. In maart 2019 ondersteunde het de EA-18G Growlers van de Amerikaanse marine tijdens oefening Red Flag 19-2. CATAM is ook de thuisbasis van de presidentiële en VIP-vlucht Grupo de Vuelos Especiales 82, met onder andere een Boeing 737 BBJ, aldus de Spaanse Wikipedia.

Nieuwe vliegtuigen arriveren nog steeds via Bogotá: Colombia's eerste drie Super Tucano's landden op 14 december 2006 op CATAM, voordat het type naar de gevechtscommando's in Apiay en elders werd overgebracht. Waar de twee in 2026 bestelde Embraer KC-390's gestationeerd zullen worden, is niet bekendgemaakt in de geraadpleegde bronnen.