アピアイの起源はジャングルにある。英語版ウィキペディアによると、この部隊は1933年にサン・ホセ・デル・グアビアレの空軍基地として始まり、ペルーとの戦争後に設置された拠点の1つであった。そして1947年12月にビジャビセンシオから12km離れたアピアイ村に移転した。英語版ウィキペディアにまとめられている部隊の歴史によれば、その理由は、ラ・ビオレンシア（暴力）の間、空軍は東部平原への作戦範囲を拡大する必要があったため、1947年にアピアイ国立飛行場が建設され、1948年11月17日にアピアイ空軍基地と命名されたからである。.

基地は段階的に発展した。1956年からAT-6テキサンとT-34メンターのパイロット訓練を行い、1959年にはB-26インベーダーの主要基地となり、1961年にはルイス・フランシスコ・ゴメス・ニーニョ大尉の名を冠し、1972年には最初のジェット機であるT-33とT-37を受領し、第2戦闘航空軍団の本部となった。初期の頃には、悲惨な出来事があった。英語版ウィキペディアによると、1969年9月8日、SATENAのC-47輸送機FAC-685が基地近くで墜落し、乗員32名全員が死亡した。.

コロンビアはエンブラエル・スーパー・トゥカノ25機を1,400万米ドルで購入した。最初の3機は2006年12月14日にボゴタに到着し、最後の1機は2008年6月に到着した。2007年1月18日、コロンビアのスーパー・トゥカノは、Mk 82爆弾でFARCの拠点を攻撃し、この機種としては世界初の戦闘任務を遂行した。アピアイでは、第211戦闘飛行隊「グリフォス」が、第212戦闘飛行隊のAT-27トゥカノ、第213戦闘飛行隊のガンシップやヘリコプターと共に、これらの機体を装備している。.

英語版ウィキペディアのスーパー・トゥカノの記事では、同記事が「アルマゲドン作戦」と呼ぶ攻撃について次のように記述している。アピアイ基地所属のスーパー・トゥカノ9機が、警察情報部が募集した情報提供者からの座標に基づき、メタ県ビスタ・エルモサにあるFARC第27戦線のキャンプを攻撃し、3分間で500ポンドの誘導爆弾40発を投下して反乱兵36人を殺害した。日付は記載されておらず、死傷者数もコロンビアの公式情報源や独立系情報源と照合されていない。同じ記事では、2010年9月22日にメタ県で行われたソドマ作戦でスーパー・トゥカノ25機が7トンの爆発物を投下し、FARC司令官モノ・ホホイが殺害されたとしているが、どの基地から出撃したかは記載されていない。.

アピアイにはさまざまな航空機が運航されています。英語とスペイン語のウィキペディアには 4 つのユニットがリストされています: A-29B スーパー トゥカーノを搭載したエスクアドロン デ コンバート 211 'グリフォス'、旧型 AT-27 トゥカーノを搭載した 212 'トゥカーノス'、AC-47T ファンタスマ ガンシップを組み合わせたエスクアドロン デ コンバート タクティコ 213、AH-60L アルピア IV ヘリコプター、C-212セスナ 208 輸送機とシュバイツァーとサイテーションの監視航空機、そしてスペイン語のウィキペディアのみで、エスクアドロン 217 'キメラ' とエルビット ヘルメス 450 およびヘルメス 900 ドローンが含まれています。.

ガンシップは基地内で最も古い機体である。Infodefensaによると、1986年以来コロンビア軍で運用されているAC-47Tは6機で、1991年からはバスラーBT-67ターボプロップエンジンに換装され、FLIRセンサー、GAU-19A重機関銃、夜間近接航空支援用の照明弾が装備されている。飛行隊番号は公表されているが、アピアイ基地の機体数は公表されていないため、ここでは記載しない。.

憲法裁判所のリストによると、アピアイ空軍基地は、パランケロ空軍基地、マランボ空軍基地とともに、2009年10月30日の米コロンビア防衛協力協定により米軍関係者に開放された3つの空軍基地の1つである。2010年8月17日、同裁判所は、この協定は実質的に条約であり、議会の承認を得るまでは効力を持たないとの判決を下した。しかしながら、英語版ウィキペディアによると、同基地は麻薬密売や武装勢力に対するコロンビア計画の枠組みの下で訓練プログラムに参加する米陸軍関係者を受け入れている。確認した情報源にはその駐留規模や期間は記載されておらず、ここでは具体的な数字は示されていない。.