Mucho antes de ser una base aérea, Palanquero era una hacienda ganadera a orillas del río Magdalena, la antigua ruta de Colombia hacia el Caribe. Según la Wikipedia en inglés, la Hacienda Palanquero sirvió como aeródromo para la aerolínea colombo-alemana SCADTA desde 1919, año en que la Ley 126 creó la aviación militar colombiana. Hidroaviones y luego aviones terrestres hacían escala aquí en la ruta que conectaba Barranquilla con el interior del país.

La guerra con Perú convirtió el lugar en una base militar. Civiles y tropas peruanas tomaron Leticia, en la Amazonía, el 1 de septiembre de 1932, y Colombia, que contaba con un puñado de aeronaves y ninguna base cerca de la frontera, compró aviones en el extranjero con urgencia. Wikipedia afirma que el gobierno eligió Palanquero en 1932 como base militar estratégicamente ubicada; el presidente Enrique Olaya Herrera la inauguró el 27 de agosto de 1933 como aeropuerto nacional de La Dorada. Al finalizar el conflicto, las bases en la Amazonía fueron desmanteladas y sus hombres trasladados a nuevas bases como Tres Esquinas, Palanquero y San José del Guaviare, según la historia del servicio en la Wikipedia en inglés.

Palanquero se convirtió en la base de aviones a reacción en la década de 1950. La Wikipedia en español registra la asignación de bombarderos A-26C Invader desde 1955 y de cazas Canadair Sabre Mk 4 desde 1956. Colombia alcanzó la velocidad supersónica en 1972 con dieciocho Mirage 5, y este modelo aún volaba desde Palanquero en 2009: el 15 de mayo de ese año, el Mirage 5 FAC 3031 no logró despegar y su piloto se eyectó.

El Kfir israelí siguió a continuación. Colombia compró doce Kfir C2 ex-israelíes y un TC2 entre 1989 y 1990 y los modernizó al estándar C7; en febrero de 2008 firmó la compra de 24 fuselajes ex-israelíes más, y la flota vuela hoy como Kfir C10/C12, la designación que usa Infodefensa. La Wikipedia en inglés contabilizó 23 Kfirs en servicio en 2019. Son operados por el Escuadrón de Combate 111 'Dardos', el único escuadrón de cazas de Colombia, y se han utilizado ampliamente en ataques terrestres contra la guerrilla. El fin del Kfir fue anunciado por el presidente Gustavo Petro en abril de 2025, y el primero fue retirado como guardián de la puerta en mayo de 2025, sin embargo, Infodefensa informó que Kfir C10/C12 realizaban patrullas armadas sobre el norte del país por orden del presidente Abelardo de la Espriella en septiembre de 2026.

El 30 de octubre de 2009, Colombia y Estados Unidos firmaron un acuerdo suplementario de cooperación en materia de defensa y seguridad. La Corte Constitucional colombiana enumera las instalaciones que abrió al personal estadounidense: las bases aéreas Germán Olano Moreno en Palanquero, Alberto Pauwels Rodríguez en Malambo y Luis Fernando Gómez Niño en Apiay, los fuertes militares de Tolemaida y Larandia, y las bases navales de Cartagena y Bahía Málaga. Un informe del Servicio de Investigación del Congreso de Estados Unidos de 2012 señala que el acuerdo, que permitió a las tropas estadounidenses utilizar siete instalaciones militares, "exacerbó aún más" la ira del presidente venezolano Hugo Chávez.

El acuerdo no superó el control constitucional colombiano en su forma original. En el Auto 288 del 17 de agosto de 2010 (casos D-7964 y D-7965, con dictamen del magistrado Jorge Iván Palacio Palacio), la Corte Constitucional sostuvo que el texto creaba nuevas obligaciones para Colombia, más allá de los acuerdos de cooperación de 1952, 1962 y 1974, que por lo tanto constituía un tratado y que no podía producir efectos hasta que hubiera pasado por el Congreso y el control automático de la Corte. Las acciones de las fuerzas estadounidenses en Palanquero, en virtud de acuerdos anteriores, quedan fuera del alcance del fallo de la Corte y no se describen aquí.

Colombia firmó un contrato para la compra de 17 aviones Saab Gripen a mediados de noviembre de 2025. Infodefensa informó que la ceremonia de firma se realizó el 14 de noviembre, fecha del aniversario de la Fuerza Aérea. Saab anunció el contrato el 15 de noviembre de 2025 por un valor de 3.100 millones de euros para 15 Gripen E monoplaza y dos Gripen F biplaza, con entregas previstas entre 2026 y 2032. Infodefensa informó que el precio era de 4.402 millones de dólares estadounidenses y describió los 17 aviones como modelo E. Aquí se utilizan las cifras proporcionadas por Saab.

Palanquero será su base. Según Infodefensa, la Fuerza Aérea firmó un contrato de US$$91 millones con Consorcio ASA el 31 de diciembre de 2025 para un hangar principal de dos niveles de 7.800 m² con ocho puestos de estacionamiento y dos de reparación, ocho refugios tipo búnker, un búnker de reacción con cuatro posiciones para aeronaves y estaciones para tripulaciones, un laboratorio de guerra electrónica Gripen, un centro de entrenamiento táctico de 1.650 m² con cuatro simuladores y 35.410 m² de nueva plataforma. La finalización de las obras está prevista para el 30 de noviembre de 2028.