Задолго до того, как Паланкеро стал авиабазой, это было скотоводческое поместье на берегу реки Магдалена, старой колумбийской магистрали, ведущей к Карибскому морю. Согласно английской Википедии, с 1919 года, когда Законом № 126 была создана колумбийская военная авиация, поместье Паланкеро служило аэродромом для колумбийско-немецкой авиакомпании SCADTA. Здесь останавливались гидросамолеты, а затем и сухопутные самолеты, на маршруте, соединяющем Барранкилью с внутренними районами страны.

Война с Перу превратила это место в военную базу. 1 сентября 1932 года перуанские мирные жители и войска захватили Летисию на Амазонии, и Колумбия, имевшая лишь несколько самолетов и не имевшая баз вблизи границы, в спешке закупила самолеты за границей. Википедия утверждает, что правительство выбрало Паланкеро в 1932 году в качестве центральной военной базы; президент Энрике Олайя Эррера торжественно открыл его 27 августа 1933 года в качестве национального аэропорта для Ла-Дорады. После окончания конфликта базы на Амазонии были демонтированы, а их персонал переведен на новые базы, такие как Трес-Эскинас, Паланкеро и Сан-Хосе-дель-Гуавиаре, согласно истории службы в английской Википедии.

Паланкеро стал базой реактивных самолетов в 1950-х годах. Испанская Википедия сообщает о бомбардировщиках A-26C Invader, поступивших на базу с 1955 года, и истребителях Canadair Sabre Mk 4 с 1956 года. Колумбия перешла на сверхзвуковые самолеты в 1972 году, имея в своем распоряжении восемнадцать Mirage 5, и этот тип самолетов все еще эксплуатировался в Паланкеро в 2009 году: 15 мая того года Mirage 5 FAC 3031 не смог взлететь, и его пилот катапультировался.

Затем последовал израильский Kfir. В 1989–1990 годах Колумбия приобрела двенадцать бывших израильских Kfir C2 и один TC2 и модернизировала их до стандарта C7; в феврале 2008 года она подписала соглашение о приобретении еще 24 бывших израильских самолетов, и сегодня этот парк эксплуатируется как Kfir C10/C12, обозначение, используемое Infodefensa. Английская Википедия в 2019 году насчитывала 23 самолета Kfir на вооружении. Они эксплуатируются 111-й боевой эскадрильей ‘Дардос’, единственной истребительной эскадрильей Колумбии, и широко используются для наземных атак против партизан. О прекращении эксплуатации самолетов Kfir президент Густаво Петро объявил в апреле 2025 года, а первый экземпляр был выведен из эксплуатации в качестве сторожевого самолета у ворот в мае 2025 года. Однако Infodefensa сообщила, что в сентябре 2026 года самолеты Kfir C10/C12 совершали вооруженные патрульные полеты над севером страны по приказу президента Абелардо де ла Эсприэльи.

30 октября 2009 года Колумбия и Соединенные Штаты подписали дополнительное соглашение о сотрудничестве в области обороны и безопасности. Конституционный суд Колумбии перечисляет объекты, открытые для американского персонала: авиабазы Германа Олано Морено в Паланкеро, Альберто Пауэлса Родригеса в Маламбо и Луиса Фернандо Гомеса Ниньо в Апиае, армейские форты Толемайда и Ларандия, а также военно-морские базы в Картахене и Баия-Малага. В отчете Исследовательской службы Конгресса США за 2012 год отмечается, что сделка, позволившая американским войскам использовать семь военных объектов, “еще больше разозлила” президента Венесуэлы Уго Чавеса.

Соглашение в таком виде не выдержало проверки в рамках конституционного права Колумбии. В решении Auto 288 от 17 августа 2010 года (дела D-7964 и D-7965, рецензию судьи Хорхе Ивана Паласио Паласио) Конституционный суд постановил, что текст соглашения создает для Колумбии новые обязательства, выходящие за рамки соглашений о сотрудничестве 1952, 1962 и 1974 годов, что, следовательно, это договор, и что он не может иметь юридической силы, пока не пройдет проверку Конгресса и автоматического рассмотрения Судом. Действия американских войск в Паланкеро в рамках более ранних соглашений выходят за рамки решения суда и здесь не описываются.

Колумбия подписала контракт на 17 самолетов Saab Gripen в середине ноября 2025 года; Infodefensa сообщила о церемонии подписания 14 ноября, в годовщину создания военно-воздушных сил. Компания Saab объявила о контракте 15 ноября 2025 года на сумму 3,1 миллиарда евро за 15 одноместных Gripen E и два двухместных Gripen F, поставки которых запланированы на период с 2026 по 2032 год; Infodefensa сообщила цену в 14,4 миллиарда долларов США и описала все 17 самолетов как модель E. Здесь используются данные Saab.

Паланкеро станет их домом. По данным Infodefensa, 31 декабря 2025 года ВВС подписали контракт с Consorcio ASA на сумму 1 004 000 долларов США на строительство двухуровневого главного ангара площадью 7800 м² с восемью стоянками и двумя ремонтными позициями, восемью бункерными укрытиями, реактивным бункером с четырьмя позициями для самолетов и рабочими местами экипажей, лабораторией радиоэлектронной борьбы для истребителей Gripen, центром тактической подготовки площадью 1650 м² с четырьмя тренажерами и 35 410 м² новой перронной площадки. Работы должны быть завершены к 30 ноября 2028 года.