Dlouho předtím, než se Palanquero stalo leteckou základnou, byl dobytčí statek u řeky Magdalena, staré kolumbijské dálnice do Karibiku. Podle anglické Wikipedie sloužila Hacienda Palanquero kolumbijsko-německé letecké společnosti SCADTA jako letiště od roku 1919, kdy zákon 126 vytvořil kolumbijské vojenské letectvo. Na trase spojující Barranquillu s vnitrozemím zde zastavovaly hydroplány a poté pozemní letadla.

Válka s Peru proměnila toto místo ve vojenskou základnu. Peruánští civilisté a vojáci obsadili Leticii na Amazonii 1. září 1932 a Kolumbie, která měla hrstku letadel a žádné základny poblíž hranic, spěšně nakoupila letadla v zahraničí. Wikipedie uvádí, že vláda si v roce 1932 vybrala Palanquero jako centrálně umístěnou vojenskou základnu; prezident Enrique Olaya Herrera ji slavnostně otevřel 27. srpna 1933 jako národní letiště pro La Doradu. Po skončení konfliktu byly amazonské základny rozpuštěny a jejich muži posláni na nové základny, jako jsou Tres Esquinas, Palanquero a San José del Guaviare, uvádí historie služby na anglické Wikipedii.

Palanquero se stalo základnou pro tryskové letectvo v 50. letech 20. století. Španělská Wikipedie uvádí bombardéry A-26C Invader přidělené od roku 1955 a stíhačky Canadair Sabre Mk. 4 od roku 1956. Kolumbie dosáhla nadzvukového výkonu v roce 1972 s osmnácti Mirage 5 a tento typ létal z Palanquera ještě v roce 2009: 15. května téhož roku se Mirage 5 FAC 3031 nepodařilo vzlétnout a jeho pilot se katapultoval.

Následoval izraelský letoun Kfir. Kolumbie v letech 1989–1990 koupila dvanáct bývalých izraelských letounů Kfir C2 a jeden TC2 a modernizovala je na standard C7; v únoru 2008 podepsala smlouvu na dalších 24 bývalých izraelských draků letadel a flotila dnes létá jako Kfir C10/C12, což je označení, které používá Infodefensa. Anglická Wikipedie napočítala v roce 2019 v provozu 23 letounů Kfir. Létá s nimi Escuadrón de Combate 111 ‘Dardos’, jediná kolumbijská stíhací letka, a byly široce používány při pozemních útocích proti partyzánům. Konec letounů Kfir oznámil prezident Gustavo Petro v dubnu 2025 a první byl vyřazen jako hlídkový letoun v květnu 2025, nicméně Infodefensa v září 2026 informovala o tom, že Kfir C10/C12 létají ozbrojené hlídky nad severem země na příkaz prezidenta Abelarda de la Esprielly.

Dne 30. října 2009 podepsaly Kolumbie a Spojené státy dodatečnou dohodu o spolupráci v oblasti obrany a bezpečnosti. Kolumbijský ústavní soud uvádí seznam zařízení, která Kolumbie zpřístupnila americkému personálu: letecké základny Germána Olana Morena v Palanqueru, Alberta Pauwelse Rodrígueze v Malambu a Luise Fernanda Gómeze Niña v Apiay, armádní pevnosti Tolemaida a Larandia a námořní základny v Cartageně a Bahía Málaga. Zpráva Výzkumné služby amerického Kongresu z roku 2012 uvádí, že dohoda, která umožnila americkým jednotkám využívat sedm vojenských zařízení, “dále roznítila” venezuelského prezidenta Huga Cháveze.

Dohoda v této podobě nepřežila kolumbijský ústavní přezkum. V případu Auto 288 ze dne 17. srpna 2010 (věci D-7964 a D-7965, soudce zpravodaj Jorge Iván Palacio Palacio) Ústavní soud rozhodl, že text vytváří pro Kolumbii nové závazky nad rámec dohod o spolupráci z let 1952, 1962 a 1974, že se tedy jedná o smlouvu a že nemůže mít žádné účinky, dokud neprojde Kongresem a automatickým přezkumem Soudu. To, co americké síly udělaly v Palanqueru na základě dřívějších dohod, je mimo rámec rozhodnutí soudu a zde to není popsáno.

Kolumbie podepsala v polovině listopadu 2025 smlouvu na 17 letounů Saab Gripen; server Infodefensa informoval o slavnostním podpisu 14. listopadu, k výročí založení letectva. Saab oznámil smlouvu 15. listopadu 2025 v hodnotě 3,1 miliardy EUR na 15 jednomístných Gripenů E a dva dvoumístné Gripeny F, dodané v letech 2026 až 2032; Infodefensa uvedla cenu 4,402 miliardy USD a všech 17 letounů popsala jako model E. Zde jsou použity údaje společnosti Saab.

Palanquero se stane jejich domovem. Podle Infodefensy podepsalo letectvo 31. prosince 2025 smlouvu se společností Consorcio ASA v hodnotě 91 milionů USD na dvoupatrový hlavní hangár o rozloze 7 800 m² s osmi parkovacími a dvěma opravárenskými pozicemi, osm krytů bunkrového typu, reakční bunkr se čtyřmi pozicemi pro letadla a stanovišti posádky, laboratoř elektronického boje Gripen, taktické výcvikové středisko o rozloze 1 650 m² se čtyřmi simulátory a 35 410 m² nové odbavovací plochy. Termín dokončení prací je 30. listopadu 2028.