Четыре летчика 854-го инженерно-авиационного батальона начали обследование известнякового плато в Пати-Пойнт 13 ноября 1944 года, через четыре месяца после того, как американские войска отвоевали Гуам. Батальон под командованием полковника Герберта Э. Брауна-младшего прибыл на остров 9 октября с острова Кваджалейн. Результаты его работы на Северном поле впоследствии были оценены в абсолютных цифрах: расчищено 847 акров джунглей, перемещено 1 231 700 кубических ярдов земли, уложено 828 000 квадратных ярдов асфальтобетона, возведено 181 ангар типа «Квонсет» и 902 каркасных здания.

Первый слой асфальта был уложен 17 января 1945 года, а аэродром был объявлен действующим 3 февраля, когда приземлился самолет C-87 314-й бомбардировочной эскадрильи, а за ним последовал генерал-майор Кертис Лемей на F-13A. Были подготовлены две параллельные полосы размером 10 500 футов на 500 футов, а затем заасфальтированы до размеров 8 500 футов на 200 футов с выездом за пределы взлетно-посадочной полосы на 1000 футов. Северная из них сегодня является взлетно-посадочной полосой 06L/24R; южная — 06R/24L.

314-я эскадрилья, в состав которой входили четыре группы бомбардировщиков B-29 — 19-я, 29-я, 39-я и 330-я — впервые бомбила Токио 25 февраля 1945 года. 12 апреля штаб-сержант Генри Э. Эрвин сбросил из своего самолета горящую фосфорную бомбу голыми руками и получил единственную Медаль Почёта, присуждаемую за операции на B-29. 7 октября 1949 года база была переименована в честь бригадного генерала Джеймса Роя Андерсена, погибшего вместе с генерал-лейтенантом Миллардом Ф. Хармоном во время полёта на Тихом океане в феврале 1945 года.

18 июня 1965 года бомбардировщики B-52F Stratofortress 7-й и 320-й бомбардировочных крыл вылетели с аэродрома Андерсен против базы Вьетконга к северу от Сайгона, совершив первую миссию Arc Light. Данные о старте разнятся: по данным Исторического отдела ВВС, участвовало 27 самолетов, в то время как в других сводках ВВС говорится о 30. Два бомбардировщика столкнулись в облаках примерно в 250 милях от берега, выполняя заход на посадку самолетов-заправщиков. Восемь членов экипажа погибли, прежде чем упала хотя бы одна бомба.

Кампания Arc Light стала самой продолжительной бомбардировочной кампанией в истории ВВС, включавшей более 126 000 вылетов в период с июня 1965 по август 1973 года с баз Андерсен, У-Тапао в Таиланде и некоторое время с базы Кадена. Ежемесячная интенсивность полетов выросла с примерно 800 в середине 1967 года до 1800 к февралю 1968 года, когда бомбардировщики сбросили около 60 000 тонн бомб на базу морской пехоты в Кхесане. Последняя миссия Arc Light была совершена 15 августа 1973 года.

В ходе операции «Пуля» (Bullet Shot), начавшейся в феврале 1972 года с возобновлением бомбардировок севера, стоянка бомбардировщиков была заполнена. За девяносто дней в Андерсен на временную службу было направлено более 15 000 человек; казармы опустели, и экипажи жили в палатках, работая по восемьдесят часов в неделю. В результате образовалась самая большая концентрация бомбардировщиков с 1945 года: по опубликованным данным, в Андерсене находилось от 152 до 155 бомбардировщиков B-52, припаркованных вдоль примерно пяти миль дорожного полотна.

Учения Linebacker II проходили с 18 по 29 декабря 1972 года, с перерывом на Рождество. Бомбардировщики B-52 совершили 729 эффективных вылетов из 741 отправленного и сбросили около 15 000 тонн бомб на районы Ханоя и Хайфона, против 26 позиций ЗРК SA-2 и примерно 1240 зенитных ракет. Андерсен поднял в воздух 87 бомбардировщиков в первую ночь учений. Численность сил на Гуаме оценивается в 152–155 самолетов против 54 B-52D на базе У-Тапао.

Третья ночь оказалась самой худшей: шесть из 99 отправленных бомбардировщиков не вернулись. В итоге ВВС пришли к выводу, что было сбито 15 B-52, десять из которых упали в Северном Вьетнаме, пять сначала достигли Лаоса или Таиланда, а еще девять получили слишком серьезные повреждения в У-Тапао, чтобы снова подняться в воздух. Это число оспаривается. В ранних заявлениях американцев признавалось 16 сбитых самолетов, прессе сообщалось о 17, а позже Конгрессу — о 13, а анализ Дренковски и Грау 2007 года показал, что реальное общее число составляло от 22 до 27.

Из 92 членов экипажа пропавшего самолета 26 были найдены, 33 попали в плен, а 33 погибли или так и не были найдены, обычно их делят на 25 пропавших без вести и 8 погибших. Среди других самолетов, потерянных за одиннадцать дней, были два F-111A, три F-4, два A-7, два A-6, EB-66, RA-5C и HH-53. Парижские мирные соглашения были подписаны 27 января 1973 года, и 591 американский военнопленный вернулся домой в течение шестидесяти дней.

Операция «Новая жизнь» проводилась с 23 апреля по 1 ноября 1975 года и сделала Гуам пунктом приема для исхода из Южного Вьетнама. Примерно 2600 сирот и детей, вывезенных в рамках операции «Бэбилифт», уже прошли через остров 3 и 4 апреля. По данным армейского отчета, число вьетнамцев, размещенных и прошедших оформление на Гуаме, составляло 111 919 человек; собственный пресс-служба Андерсена утверждает, что их было более 100 000, из которых более 39 000 были размещены на авиабазе.

Самолеты C-141 Starlifter и C-130 Hercules разгружали пассажиров на рампе базы Андерсен круглосуточно. Стальные общежития, построенные в 1966 году, были превращены в лагерь, который все называли «Жестяным городом», на месте, где сейчас находятся поля вокруг клуба «Топ-оф-зе-Рок»; от него осталась лишь каменная лестница. Почти все беженцы, направлявшиеся на материковую часть Америки, проходили через эту базу.

Самый большой лагерь находился не на авиабазе. Морские строители установили палатки для 50 000 человек в Ороте-Пойнт на военно-морской базе Гуам, где численность беженцев достигла пика в 39 331 человек. Пик численности беженцев на острове пришелся на 13 мая 1975 года, когда их число достигло 50 450 человек, а лагеря были закрыты 23 октября. Не все продолжили свой путь: 1546 вьетнамцев отплыли с Гуама 16 октября на борту торгового судна «Туонг Тин 1», потребовав возвращения во Вьетнам. Капитан судна был приговорен к двенадцати годам тюремного заключения.

Андерсен расположен на плато примерно в 600 футах над уровнем моря, в одном из самых подверженных тайфунам участков воды на Земле. Супертайфун «Карен» пересек Гуам 11 ноября 1962 года. Анемометр ВМС на холме Нимиц зафиксировал порывы ветра в 150 миль в час, а оценки скорости ветра на юге острова после шторма достигали 174-183 миль в час. Одиннадцать человек погибли, 95 процентов домов на Гуаме были повреждены или разрушены, а взлетно-посадочные полосы в Андерсене стали непригодными для использования.

Тайфун Пака обрушился 16 декабря 1997 года. Термоанемометр в Андерсене зафиксировал порыв ветра в 205 узлов, что составляет около 236 миль в час, и это был бы мировой рекорд; однако в оценке Национальной метеорологической службы категорически говорится, что эти показания не подтверждаются последующим анализом. Никто на Гуаме или Роте не погиб, а ущерб превысил 600 миллионов долларов. За ним последовал супертайфун Понгсона 8 декабря 2002 года, северная часть острова находилась в центре тайфуна почти два часа.

Ущерб от тайфуна «Понгсона» превысил 700 миллионов долларов, по подсчетам Департамента здравоохранения Гуама, 193 человека получили ранения, а один человек погиб косвенно — женщина, получившая порез от осколков стекла, скончалась от сердечного приступа, когда помощь не смогла ей оказать. Доплеровский радар в Андерсене вышел из строя из-за отключения электроэнергии, а резервные генераторы не смогли его обеспечить. Тайфун «Мавар» обрушился на остров 24 мая 2023 года как тайфун 4-й категории; самолеты были эвакуированы или размещены в ангарах, никто не погиб, и аэродром возобновил работу в течение 48 часов.

Земля, которую занимает Андерсен, ранее принадлежала племени чаморро. После возвращения Гуама под контроль 21 июля 1944 года военные захватили около 52 000 акров частной земли, и в конечном итоге площадь владений превысила 85 000 акров, что составляет около 63 процентов острова. Компенсация рассчитывалась исходя из стоимости земли 1941 года, примененной к изъятым землям в 1948 году, без учета инфляции. В документах Guampedia указано, что 25 акров были куплены за 850 долларов, хотя в 1928 году их цена составляла 750 долларов.

Часть земель вернулась. Закон Гуама об избыточных землях 1994 года предписывал Управлению общих служб передать Гуаму ненужную федеральную собственность бесплатно, и к 2011 году было передано пятнадцать документов, охватывающих более 2767 акров. Комиссия по исконным землям Гуама, созданная в 1999 году, передает землю первоначальным владельцам или их наследникам. Министерство обороны по-прежнему владеет примерно четвертью острова, около 36 000 акров, из которых доля Андерсена составляет 14 600 акров.

Наращивание военной мощи ещё не завершено. База морской пехоты Кэмп-Блаз, введенная в строй 1 октября 2020 года и названная в честь бригадного генерала Висенте Томаса Гарридо Блаза, является первой новой базой морской пехоты с 1952 года; около 5000 морских пехотинцев переводятся с Окинавы, что обходится примерно в 8,7 миллиарда долларов, из которых Япония оплачивает около 3,1 миллиарда. На базе Андерсен также разместится часть системы обороны Гуама, которая по состоянию на август 2024 года насчитывала 16 объектов, при этом первый элемент должен быть введен в эксплуатацию в 2027 финансовом году, а последний — в 2032 году.