Waddington, 13 Kasım 1916'da Kraliyet Hava Kuvvetleri'ne (RAF) hizmete açıldı ve 47 ve 48 numaralı Eğitim Filoları, Avro 504'ler, BE2'ler, Shorthorn'lar ve diğer eğitim uçaklarıyla buraya geldi. Yerel tarih yolu, o ilk günlerde ayda kırka kadar uçak kazasının kaydedildiğini belirtiyor. Havaalanı, Birinci Dünya Savaşı'ndan sonra kapatıldı (RAF 1920, başka bir yerel tarih kaynağı ise 1919 tarihini veriyor) ve 1926'da Özel Rezerv'in 503 (County of Lincoln) Filosu için yeniden açıldı.

1930'lardaki genişleme, burayı beş adet C tipi hangar bulunan bir bombardıman uçağı üssüne dönüştürdü. 44. Filo Haziran 1937'de geldi ve Mayıs 1943'e kadar burada kaldı. 44. Filo'nun ve 50. Filo'nun Hampden uçakları, Britanya'nın 1939'da savaş ilan ettiği gün Kiel'deki Alman deniz hedeflerine karşı harekete geçti ve ardından 5. Grup'un uçak fabrikalarına, depolama tesislerine ve petrol rafinerilerine yönelik ilk baskınlarında görev aldı. Kasım 1940'ta 207. Filo, RAF'ın ilk Manchester bombardıman uçaklarını almak üzere Waddington'da yeniden kuruldu.

Dört motorlu Lancaster ilk olarak Waddington'a geldi. Üç tanesi 24 Aralık 1941'de 44. Filo'ya teslim edildi. O zamana kadar filo, hava ve yer mürettebatının yaklaşık dörtte birini oluşturan Rodezyalıların onuruna 44. (Rodezya) Filosu olarak yeniden adlandırılmıştı. 3/4 Mart 1942 gecesi, Lancaster'ın ilk operasyonel sortisini gerçekleştirerek Heligoland Körfezi'nde mayın döşedi. RAF Müzesi, 44. Filo'nun savaşta RAF filoları arasında en yüksek üçüncü kayıp oranına sahip olduğunu kaydetmektedir.

Altı hafta sonra filo, altı mürettebatından beşini kaybettiği Augsburg baskınına katıldı. 1943'ün sonlarından itibaren Waddington büyük ölçüde Avustralyalıların kontrolündeydi. 467. Avustralya Hava Kuvvetleri Filosu 13 Kasım 1943'te geldi ve 463. Avustralya Hava Kuvvetleri Filosu, 25 Kasım'da C Bölüğünden oluşturuldu. Her iki filo da 1945 yazına kadar Waddington'dan Lancaster uçaklarıyla uçtu; 467. Filo Haziran'da, 463. Filo ise Temmuz'da ayrıldı.

1953 yılının sonlarında, V-bombardıman uçakları için pistinin 9.000 fite uzatılabilmesi amacıyla Waddington üssü kapatıldı. Mayıs 1957'de 83. Filo, Avro Vulcan'ı alan ilk RAF filosu oldu ve Ağustos 1961'e kadar üste üç Vulcan filosu faaliyet gösteriyordu. 44, 50 ve 101. Filolar, Britanya'nın havadan nükleer caydırıcılığının bir parçası olan Waddington Kanadı'nı oluşturdu. 44. Filo, Ağustos 1960'tan Aralık 1982'ye kadar Waddington'dan Vulcan uçaklarıyla uçuş yaptı.

Vulcan yılları kayıplarla da doluydu. 24 Ekim 1958'de, 83. Filo'ya ait Vulcan XA908 uçağı, Waddington'dan Nebraska, Lincoln'deki ABD Hava Kuvvetleri üssüne "Western Ranger" eğitim uçuşu yaparken tamamen elektrik arızası yaşadı ve Detroit'in bir yerleşim bölgesine düştü. Hava İşlerinden Sorumlu Devlet Sekreteri, Avam Kamarası'na beş kişilik mürettebatın ve mürettebat şefinin tamamının öldüğünü bildirdi.

Son operasyonel Vulcan filosu olan 50. Filo, Mart 1984'te Waddington'da dağıtıldı ve böylece istasyondaki 27 yıllık Vulcan dönemi sona erdi. Bu uçak tipi, Vulcan Gösteri Filosu ile burada on yıl daha uçmaya devam etti. XH558, Mayıs 1985'te gösteri görevlerini devraldı ve 20 Eylül 1992'de Cranfield'da son RAF gösterisini gerçekleştirdi ve filo 1993'te dağıtıldı.

Arjantin Nisan 1982'de Falkland Adaları'nı ele geçirdiğinde, Waddington Kara Geyik Operasyonu için bombardıman uçakları sağladı. Waddington Kanadı'nın 44, 50 ve 101 numaralı filolarından alınan üç Vulcan uçağı (XM597, XM598 ve XM607), Ascension Adası'ndaki Wideawake havaalanından baskınlar için hazırlandı. İlk baskında Withers'ın mürettebatı 101 numaralı filodandı ancak 44 numaralı filoya ait XM607 uçağını kullandı. Uçuş Teğmeni Martin Withers daha sonra, mürettebatına Güney Atlantik'te görev alacaklarının sadece üç hafta önce söylendiğini hatırladı.

XM607, 30 Nisan günü saat 23:00 civarında Ascension'dan havalandı. RAF, bombardıman uçağının Stanley'e menzile girmesi için 11 Victor tanker ve 15 yakıt transferi gerektiğini söylüyor. Güneye giderken tanker planı ters gitti ve Vulcan'ın yakıtı azaldı. Withers, bombardıman uçuşu için 10.000 feet yüksekliğe çıktı ve 21 adet 1.000 lb'lik bomba bıraktı; bunlardan biri pistin ortasında bir krater oluşturdu. Gidiş-dönüş yolculuğu yaklaşık 6.600 deniz miliydi ve yaklaşık 16 saat sürdü. Withers, Üstün Uçuş Nişanı'nı aldı.

Yedi Black Buck görevi planlanmış ve beşi tamamlanmıştır. XM607 ilk görevi, ikinci görevi (Filo Komutanı John Reeve komutasında) ve son görevi 12 Haziran'da gerçekleştirmiştir. Filo Komutanı Neil McDougall tarafından uçurulan XM597, Shrike füzeleriyle Arjantin radarlarına saldırmıştır. Baskınların ne kadar etkili olduğu hala tartışılmaktadır. Pist, nakliye uçakları tarafından kullanılabilir durumda kalırken, Hava Mareşali Sir John Curtiss, baskınların "Arjantin'de açıkça anlaşılan" bir mesaj gönderdiğini savunmuştur. XM607, Aralık 1982'de emekliye ayrılmış ve Ocak 1983'te Waddington'ın kapı bekçisi olmuştur.

1991 yılında 8. Filo, Boeing E-3D Sentry uçağını Waddington'a getirdi ve üs, otuz yıl boyunca İngiliz hava erken uyarı sisteminin merkezi oldu. RAF yedi uçak satın aldı. Sentry mürettebatı Irak, Afganistan ve Libya üzerinde uçtu, Karayipler'de uyuşturucu kaçakçılarına karşı devriye gezdi ve büyük spor etkinliklerini takip etti. RAF, Irak Özgürlük Operasyonu sırasında Sentry filosunun Irak hava sahasında diğer tüm RAF uçaklarının toplamından daha fazla uçuş saati kaydettiğini belirtiyor.

Sonunda, yedi E-3D'den sadece üçü hala uçabiliyordu. Gövdeleri ağır bakım gerektiriyordu ve diğer ülkelerin E-3'lerinin aksine, elektronik aksamları hiçbir zaman büyük bir güncellemeden geçmemişti. Son operasyonel uçuş, 30 Temmuz 2021'de RAF Akrotiri'den Irak üzerinde gerçekleştirildi. ZH101, 4 Ağustos'ta su selamıyla Waddington'a geri döndü ve Wessex Kontu, 30 Eylül 2021'deki emeklilik törenine katıldı. Amerika Birleşik Devletleri, ZH104'ü E-6B Mercury eğitim uçağına dönüştürmek için satın aldı.

2019'da Sentry'nin yerini alması için beş adet E-7 Wedgetail sipariş edilmişti. 2021 Entegre Gözden Geçirme'den sonra sipariş üçe indirildi; bu da yaklaşık 'lik bir tasarruf için daha küçük bir filo anlamına geliyordu ve Savunma Komitesi bunu "tam bir çılgınlık" olarak nitelendirdi. Bu arada Britanya, NATO'nun havadan erken uyarı gücüne güvenmek zorunda kaldı. Hizmete giriş 2023 için planlanmıştı, ancak ilk RAF Wedgetail olan WT001, 21 Mayıs 2026'ya kadar RAF Lossiemouth'a ulaşmadı ve orada hala test ve değerlendirme aşamasındaydı. 8. Filo, onu uçurmak için Lossiemouth'a taşındı.

51. Filo, 1974'ten itibaren Nimrod R1 uçaklarını kullandı. Yerine geçen RC-135W Rivet Joint uçakları, Airseeker Projesi kapsamında üç uçak için 634 milyon sterlinlik bir bütçeyle satın alındı. Teslimattan önce, İngiliz mürettebatı ABD Hava Kuvvetleri'nin 55. Kanadı ile 32.000 saatten fazla uçuş ve 1.800 sorti gerçekleştirdi. İlk RC-135W, planlanandan önce, Kasım 2013'te, üçüncüsü ise 7 Haziran 2017'de geldi. RAF, hizmet dışı kalma tarihini 2035 olarak belirtirken, UK Defence Journal 2017'de 2045 yılını bildirdi.

Beechcraft King Air 350 temel alınarak geliştirilen Shadow R1, acil bir operasyonel gereksinim olarak ortaya çıktı ve 2009 yılında dört uçak teslim edildi. 5 (AC) Filosunun Shadow Filosu, 14. Filo oldu; RAF'ın Shadow sayfası bunu 2011 olarak belirtirken, filonun kendi sayfası 2016 yılını veriyor. Kasım 2021'de Raytheon UK, filoyu altı uçaktan sekize çıkarmak ve Mk2 standardına yükseltmek için 110 milyon sterlinlik bir sözleşme kazandı.

2012 yılında Waddington'da kurulan XIII. Filo, Birleşik Krallık merkezli ilk Reaper filosu oldu. İlk operasyonel görevini Nisan 2013'te Lincolnshire'dan gerçekleştirdi; o zamana kadar İngiliz Reaper mürettebatı Nevada'daki Creech Hava Kuvvetleri Üssü'nden çalışıyordu. Uçaklar, Lincolnshire'daki yer istasyonlarından kontrol edilerek Afganistan, ardından Irak ve Suriye üzerinde Shader Operasyonu kapsamında uçtu. RAF'ta 18 yıl hizmet verdikten ve 173.000'den fazla uçuş saatinden sonra Reaper emekliye ayrıldı; filonun sayfasında 30 Eylül 2025 tarihi belirtiliyor ve RAF, son uçuşunu 3 Ekim 2025'te duyurdu.

RAF'ın MQ-9B versiyonu olan ilk Protector RG1, Eylül 2023'te geldi ve 17 Kasım 2023'te Waddington üzerinde turlar attı. 31. Filo, 11 Ekim 2023'te Birleşik Krallık merkezli ilk Protector filosu olarak yeniden kuruldu. Protector, Birleşik Krallık ulusal hava sahasında uçmasına izin verilen ilk uzaktan kumandalı uçak olarak 16 Haziran 2025'te hizmete girdi ve 16 adet planlanıyor. RAF, yeni hangar, destek binaları ve mürettebat konaklama yerlerinin maliyetini 94 milyon sterlin olarak belirtiyor; 2018 tahmini ise 93 milyon sterlindi.

Waddington Uluslararası Hava Gösterisi, 1995 yılında RAF Finningley'den taşınmasıyla başladı; Finningley o yıl kapanmıştı. Gösteri, Haziran sonu veya Temmuz başında düzenleniyor ve düzenli olarak 140.000'den fazla ziyaretçi çekiyordu. Pistin yeniden inşası 2015 yılında gösterinin yapılmasını imkansız hale getirdi. 28 Eylül 2015'te RAF, güvenlik tehditleri ve operasyonel riskler nedeniyle Waddington'da artık gösteri yapılmayacağını duyurdu. Bu endişelerin, istasyonun Reaper üssü olarak rolüyle bağlantılı olduğu bildirildi.

Red Arrows ekibi yedi yıl sonra geldi. Mayıs 2020'de RAF, RAF Scampton'ın kapatılmasının ardından 30'dan fazla alternatif yerin değerlendirildiğini duyurdu. Operasyonel Güvenlik Değerlendirmesi, Waddington'ı "RAF Scampton'a tek uygun alternatif" olarak belirledi. 13 Ekim 2022 haftasında, 146 kişilik ekip 24 ton ekipmanla birlikte yerleşti.

Ekip, 1983'ten beri Lincolnshire'dan, 1995-2000 yılları arasındaki kısa bir dönem hariç, Scampton'dan uçuşlar gerçekleştiriyordu. Waddington'da ise hangar ve karargah henüz yenilenmemişken, ilk operasyonel kapasiteyle faaliyete başladı. 2023'ten beri Red Arrows, Gösteri Hava Kanadı'nın (Display Air Wing) bünyesinde yer alıyor. Karargahı ve Hawk T1'in uçuşa elverişlilik organizasyonu Waddington'da bulunurken, Britanya Savaşı Anıt Uçuşu (Battle of Britain Memorial Flight) RAF Coningsby'de kalıyor.