İnşaat 1937'nin sonlarında başladı, ancak kaynaklar istasyonun ne zaman açıldığı konusunda hemfikir değil. İki yerel havacılık tarihi 4 Kasım 1940 tarihini verirken, RAF Anıt Uçuş Kulübü resmi açılış tarihini 7 Ocak 1941 olarak belirtiyor ve RAF'ın istasyon sayfası sadece 1941 yılını söylüyor. Hiçbiri tarihleri uzlaştırmıyor, bu nedenle bu sayfa 4 Kasım 1940 - 7 Ocak 1941 tarihlerini veriyor. Her iki durumda da Coningsby, Bombardıman Komutanlığı'nın 5. Grubu'na bağlı bir istasyon olarak açıldı.

106. Filo, Şubat 1941'in sonlarında Hampden uçaklarıyla geldi. 1-2 Mart'ta Köln'e karşı ilk operasyonu, aksaklıklarla başladı: sekiz uçak görevlendirildi ve sadece beşi havalanabildi. İki gece sonra üs, dört kişilik mürettebatıyla birlikte ilk uçağı olan Hampden X3002'yi kaybetti. 97. Filo Mart ayında Avro Manchester ile geldi ve her iki filo da Coningsby'de Lancaster'a dönüştürüldü.

Guy Gibson, 1942 baharında Coningsby'deki 106. Filo'ya katıldı ve 22 Nisan'da ilk Manchester operasyonuna, Temmuz ayında ise Lancaster uçaklarıyla katıldı. Filo, Eylül ve Ekim 1942'nin başında (kaynaklar 30 Eylül ve 1 Ekim tarihlerini veriyor) RAF Syerston'a taşındı. Coningsby daha sonra, en uzunu 1950 yarda olan üç adet asfalt pistin döşenmesi nedeniyle Eylül 1942'den Ağustos 1943'e kadar fiilen kapatıldı.

Yeniden inşa edilen havaalanı, 30 Ağustos 1943'te 617. Filo'yu bünyesine kattı. 14-15 Eylül'de Lancaster uçakları Dortmund-Ems Kanalı'na doğru yola çıktı ve hava koşulları nedeniyle geri çağrıldı; David Maltby'nin uçağı, neredeyse kesin olarak bir Mosquito ile çarpıştıktan sonra kayboldu. Ertesi gece sekiz uçak 12.000 lb'lik bombalarla tekrar denedi ve yeni komutan George Holden da dahil olmak üzere beş uçak kayboldu. Kanal hasar görmedi. Filo, Ocak 1944'te Woodhall Spa'ya taşındı ve Nisan ayından itibaren 83 ve 97. Filolar, 1946'ya kadar 5. Grup'un öncü uçakları olarak Coningsby'den uçtu.

Savaştan sonra istasyon kısa bir süre Lincoln uçaklarını, Mart 1950'ye kadar Mosquito uçaklarını, 1950'den 1953'e kadar RAF'ın B-29'ları olan Boeing Washington'ları ve 1953'ten 1961'e kadar English Electric Canberra uçaklarını uçurdu. Canberra'lar Coningsby'ye jet bombardımanını getirdi, ancak Soğuk Savaş'ın daha kalıcı mirası, çitin hemen dışında, İngiltere'nin atom silahları için ek depolama alanlarından biri olarak seçilen Black Holt adlı bir yerde bulunuyor.

1950'lerin başlarında Black Holt, Britanya'nın ilk operasyonel atom bombası olan, 7,3 metre uzunluğunda ve dört ton ağırlığındaki Blue Danube için ek bir depolama alanına dönüştürüldü. Bombalar, toprak yığınları üzerine inşa edilmiş betonarme binalarda, bölünebilir çekirdekler ise ayrı olarak saklanıyordu. Daha sonra Yellow Sun Mark 1'e kadar çeşitli silahlar da buraya getirildi. Historic England, 24 depolama bölmesi sayıyor ve bu rakamı Coningsby'deki sekiz V-bombardıman uçağından oluşan üç filoya bağlıyor.

Bu filolar, 1962'de gelen Vulcan uçaklarını kullanıyordu. RAF Müzesi'nin Vulcan XM598 kaydı, uçağın 4 Eylül 1963'te Coningsby'deki 12. Filo'ya teslim edildiğini gösteriyor. 1 Mart 1964'te 9, 12 ve 35. Filolar tek bir Coningsby Kanadı'nda birleştirildi ve 7 Kasım 1964'te kanat RAF Cottesmore'a taşınarak Coningsby'nin kısa V-kuvvetleri dönemi sona erdi.

Black Holt, bombardıman uçaklarından daha uzun süre varlığını sürdürdü. 1980'lerde, önemli havaalanları nükleer, biyolojik ve kimyasal saldırılara karşı güçlendirilirken, toprak üzerine inşa edilmiş test binalarından biri Güvenli Komuta Merkezi haline geldi. Tesis 1990'larda kapatıldı ve özel mülkiyete geçti ve 24 Şubat 2020'de Historic England, eski test binasını II. Derece tarihi eser olarak tescil etti. RAF Coningsby'nin kendisi ise tüm süreç boyunca açık kaldı.

Coningsby, McDonnell Douglas Phantom FGR2 ile bir savaş uçağı üssü haline geldi. 228 No'lu Operasyonel Dönüşüm Birimi, ilk Phantom birimi olarak Ağustos 1968'de burada kuruldu, ardından Mayıs 1969'da 6 No'lu Filo, Eylül 1969'da 54 No'lu Filo ve Nisan 1972'de 41 No'lu Filo geldi. Coningsby Phantom'ları başlangıçta kara saldırı görevindeydi ve Jaguar kara saldırı görevini devraldıktan sonra hava savunmasına geçtiler.

Phantom yılları, istasyonun barış zamanındaki en büyük kaybını getirdi. 9 Ağustos 1974'te, istasyon komutanı Grup Kaptanı David Blucke tarafından kullanılan 41. Filo'ya ait bir Phantom uçağı, Norfolk üzerinde bir zirai ilaçlama uçağıyla çarpıştı ve Blucke, navigatörü Uçuş Teğmeni Terence Kirkland ve Pawnee'li pilot Paul Hickmott (24 yaşında) hayatını kaybetti. Kaza araştırmacıları, askeri ve sivil alçak uçuşları koordine edecek bir sistemin olmamasını suçladı.

Hava Tarihi Şubesi'ne göre, Tornado hava savunma uçağı 1984 yılında geçici F2 modeliyle hizmete girdi ve ilk Tornado F3'ler Temmuz 1986'da Coningsby'ye geldi. 229 No'lu Operasyonel Eğitim Birimi (OCU) o ay orada F3 mürettebatını eğitmeye başladı ve ilk operasyonel F3 filosu olan 29 No'lu Filo, Nisan 1987'de Coningsby'de bu uçağı hizmete aldı. 1990 yılına gelindiğinde F3, tamamı İngiltere'de konuşlanmış beş filoyu donatmıştı.

Irak, Ağustos 1990'da Kuveyt'i işgal ettiğinde, 5 ve 29 numaralı filoların mürettebatı Kıbrıs'ta silahlanma eğitim kampındaydı ve doğrudan Dahran'a gönderildi. Hava Tarihi Şubesi, 11 Ağustos'a kadar orada 12, 22 Eylül'e kadar ise 18 F3 uçağı bulunduğunu kaydetmektedir. Granby Operasyonu sırasında, çeşitli üslerden gelen F3 müfrezesi, 2.666 sorti gerçekleştirdi; bunların 698'i Çöl Fırtınası sırasında muharebe sortisiydi.

Coningsby, Typhoon'u ön cephede uçuran ilk RAF üssüydü. 2003 yılında yeniden kurulan 29. Filo, uçağı alan ikinci RAF filosuydu ve ilk Typhoon birimleri 2005 yılında BAE Systems'in Warton'daki havaalanından buraya taşındı. 3. (Avcı) Filosu, ilk ön cephe Typhoon filosu olarak 2006'da geldi ve XI. (Avcı) Filosu, çok amaçlı bir Typhoon filosu olarak 2007'de kuruldu.

29 Haziran 2007'de Typhoon, 3. (Avcı) Filosu'nun Coningsby'deki Hızlı Tepki Alarmı görevini Tornado F3'ten devralmasıyla operasyonel hale geldi; o zamana kadar üsse 43 Typhoon teslim edilmişti. Coningsby görevin güney yarısını, RAF Lossiemouth ise kuzey yarısını üstleniyor. 2012'de RAF, pilotlarının ayda bir veya iki kez 24 saatlik Hızlı Tepki Alarmı vardiyalarında görev yaptığını belirtti.

Savunma Bakanlığı kesin fırlatma rakamlarını yayınlamıyor. 2020'de, her iki üs için birlikte, Birleşik Krallık Hızlı Müdahale (QRA) uçaklarının fırlatma yaptığı gün sayısını verdi: 2015'ten 2019'a kadar sırasıyla 12, 12, 6, 9 ve 14. Bazı fırlatmaların sesi yerde duyuluyor: 12 Ocak 2021'de Coningsby Typhoon'lar, iletişimi kesilmiş bir sivil uçağa ulaşmak için süpersonik hızda uçtu ve ses dalgası Londra ve doğu illerine kadar yayıldı.

Bugün RAF, 3 (Avcı) ve XI (Avcı) Filolarını ön cephe birimleri olarak listeliyor ve 29. Filo Typhoon pilotlarını eğitiyor. 12. Filo, Temmuz 2018'de Kraliyet Hava Kuvvetleri ve Katar Emirlik Hava Kuvvetleri'nin ortak Typhoon filosu olarak yeniden kuruldu ve 2020'de Coningsby'de ortak operasyonlara başladı. XI (Avcı) Filosu, Typhoon'un muharebedeki ilk çıkışından dolayı Libya 2011 muharebe onurunu taşıyor.

Filo, 11 Temmuz 1957'de RAF Biggin Hill'de RAF Tarihi Uçak Filosu olarak kuruldu, daha sonra Britanya Savaşı Filosu adını aldı ve 1969'da bugünkü ismini aldı. 1959 ile 1965 yılları arasında sadece bir Spitfire (PM631) ve bir Hurricane (LF363) uçağı vardı; her ikisi de hala envanterde yer almaktadır. 1 Mart 1976'da RAF Coltishall'dan Coningsby'ye geldi ve 2026'da üs, filonun evi olarak 50. yılını kutladı.

RAF, filosunu beş Spitfire, Hurricane LF363 ve PZ865, Lancaster PA474, Dakota ZA947 ve iki Chipmunk (WG486 ve WK518) olarak listeliyor. Filo, dünyada sadece 12 uçuşa elverişli Hurricane ve iki uçuşa elverişli Lancaster kaldığını belirtiyor. Hangar, Lincolnshire İlçe Konseyi ile ortaklaşa yakın zamanda yenilenen bir ziyaretçi merkezi aracılığıyla halka açık. 2018'de, RAF'ın yüzüncü yılı için hangar, türünün hayatta kalan tek örneği olan RAF Müzesi'nin Hawker Typhoon MN235 uçağını da sergiledi.

11 Eylül 1991'de, Coningsby'den Jersey'e Lancaster ve Spitfire ile birlikte formasyon halinde uçan Hurricane LF363, eksantrik mili arızası yaşadı. RAF Wittering'e yaklaşırken motor durdu ve uçak havaalanına düştü; pilot kırık bir ayak bileği ve hafif yanıklarla kurtuldu. Yeniden yapım yıllar sürdü ve filo, masrafları karşılamak için Spitfire PS853'ü sattı. LF363, 29 Eylül 1998'de tekrar uçtu.

BBMF'nin bugüne kadar yaşadığı kazalardan sadece biri ölümcül oldu. 25 Mayıs 2024'te, 1944 yapımı Spitfire MK356, Coningsby yakınlarında düştü ve 43 yaşındaki Filo Komutanı Mark Long hayatını kaybetti; FlightGlobal bunu 1957'den beri BBMF uçağıyla ilgili ilk ölümcül kayıp olarak bildirdi. Filo uçuşa yasaklandı. Mart 2025'te RAF, soruşturma devam ederken Spitfire ve Hurricane uçaklarının tekrar uçmasına izin verdi.

Şu anda Typhoon'un taktiklerini test eden filo, uzun bir savaş geçmişine sahip. 1916'da Kraliyet Hava Kuvvetleri'nin 41. Filosu olarak kurulan ve Fransa'ya gönderilen filo, Dunkirk ve Britanya Savaşı'nda Spitfire uçaklarıyla görev yaptı; bu savaşta RAF'ın en yüksek skorlu pilotu Eric Lock da filoda yer alıyordu. 1944'te dokuz hafta içinde 53 adet V-1 uçan bombasını imha etti.

Coningsby ile ilk bağlantısı 1 Nisan 1972'de, Phantom FGR2 uçağıyla orada yeniden kurulmasıyla gerçekleşti. İstasyon komutanının Ağustos 1974'te Norfolk üzerinde meydana gelen ölümcül çarpışmada kullandığı uçak, filonun Phantom uçaklarından biriydi. Filo, 1977'de Jaguar'a geçerek Coningsby'den beş yıl süren Phantom uçuşlarına son verdi. Mottosu "Ara ve yok et"tir.

2006 yılında, ön cephe birimi olarak dağıtılma tehlikesiyle karşı karşıya kalan birlik, 41 (Yedek) Filosu, Hızlı Jet ve Silah Operasyonel Değerlendirme Birimi haline geldi. 2013 yılında ise 41 (Yedek) Test ve Değerlendirme Filosu adını aldı ve ilk Typhoon uçağını teslim aldı. Şu anda XLI Test ve Değerlendirme Filosu olarak adlandırılan birlik, RAF Waddington'da bulunan Hava ve Uzay Savaş Merkezi'ne bağlıdır ve RAF, ana odak noktasının Typhoon yetenek ve taktik geliştirme olduğunu belirtmektedir.