La construcción comenzó a finales de 1937, pero las fuentes discrepan sobre la fecha de apertura de la base. Dos historias de la aviación local indican el 4 de noviembre de 1940, el RAF Memorial Flight Club señala el 7 de enero de 1941 como la inauguración oficial, y la página web de la base de la RAF solo menciona 1941. Ninguna de las fechas coincide, por lo que esta página indica el período comprendido entre el 4 de noviembre de 1940 y el 7 de enero de 1941. En cualquier caso, Coningsby abrió sus puertas como base del Grupo n.º 5 del Mando de Bombarderos.

El Escuadrón n.º 106 llegó con aviones Hampden a finales de febrero de 1941. Su primera operación, contra Colonia los días 1 y 2 de marzo, tuvo un comienzo titubeante: se asignaron ocho aviones, pero solo cinco lograron despegar. Dos noches después, la base perdió su primer avión, el Hampden X3002, con su tripulación de cuatro personas. El Escuadrón n.º 97 llegó en marzo con el Avro Manchester, y ambos escuadrones se equiparon con el Lancaster en Coningsby.

Guy Gibson se unió al Escuadrón n.º 106 en Coningsby en la primavera de 1942, realizando su primer vuelo a Manchester con él el 22 de abril y pilotando Lancasters en julio. El escuadrón partió hacia la base de la RAF en Syerston a finales de septiembre y principios de octubre de 1942 (algunas fuentes indican el 30 de septiembre y el 1 de octubre). Coningsby permaneció prácticamente cerrada desde septiembre de 1942 hasta agosto de 1943 mientras se construían tres pistas de aterrizaje pavimentadas, la más larga de 1950 yardas.

El aeródromo reconstruido recibió al Escuadrón n.º 617 el 30 de agosto de 1943. Entre el 14 y el 15 de septiembre, sus Lancasters partieron hacia el canal Dortmund-Ems, pero tuvieron que regresar debido al mal tiempo; el avión de David Maltby se perdió, casi con toda seguridad tras colisionar con un Mosquito. La noche siguiente, ocho aviones lo intentaron de nuevo con bombas de 5.442 kg (12.000 lb), pero cinco se perdieron, incluido el nuevo comandante, George Holden. El canal resultó ileso. El escuadrón se trasladó a Woodhall Spa en enero de 1944, y desde abril, los escuadrones n.º 83 y 97 volaron desde Coningsby como aviones guía del Grupo 5 hasta 1946.

Tras la guerra, la base operó brevemente con aviones Lincoln, Mosquito hasta marzo de 1950, Boeing Washington, los B-29 de la RAF, de 1950 a 1953, y English Electric Canberra de 1953 a 1961. Los Canberra introdujeron el bombardeo a reacción en Coningsby, pero el legado más duradero de la Guerra Fría se encuentra justo fuera de la valla, en un lugar llamado Black Holt, que según Historic England fue elegido como una de las zonas de almacenamiento suplementario para las armas atómicas británicas.

A principios de la década de 1950, Black Holt se convirtió en un área de almacenamiento suplementario para la Blue Danube, la primera bomba atómica operativa británica, de 7,3 metros de largo y cuatro toneladas de peso. Las bombas se guardaban en edificios de hormigón armado con montículos y los núcleos fisionables por separado. Posteriormente se instalaron otras armas, hasta la Yellow Sun Mark 1. Historic England contabiliza 24 bahías de almacenamiento y relaciona esta cifra con tres escuadrones de ocho bombarderos V en Coningsby.

Esos escuadrones volaban con aviones Vulcan, que llegaron en 1962. El registro del Museo de la RAF para el Vulcan XM598 muestra que fue entregado al Escuadrón N.° 12 en Coningsby el 4 de septiembre de 1963. El 1 de marzo de 1964, los escuadrones N.° 9, 12 y 35 se fusionaron en una sola Ala de Coningsby, y el 7 de noviembre de 1964 el ala se trasladó a la base de la RAF en Cottesmore, poniendo fin a la breve era de la Fuerza V en Coningsby.

Black Holt sobrevivió a los bombarderos. En la década de 1980, mientras se reforzaban los aeródromos clave contra ataques nucleares, biológicos y químicos, uno de sus edificios de pruebas, con forma de montículo, se convirtió en un puesto de mando seguro. El recinto cerró en la década de 1990 y pasó a manos privadas. El 24 de febrero de 2020, Historic England catalogó su antiguo edificio de pruebas como monumento de Grado II. La base de la RAF en Coningsby permaneció abierta durante todo este tiempo.

Coningsby se convirtió en una base de cazas con el McDonnell Douglas Phantom FGR2. La Unidad de Conversión Operacional n.º 228 se formó allí en agosto de 1968 como la primera unidad de Phantom, seguida por el Escuadrón n.º 6 en mayo de 1969, el Escuadrón n.º 54 en septiembre de 1969 y el Escuadrón n.º 41 en abril de 1972. Los Phantom de Coningsby comenzaron desempeñando funciones de ataque a tierra y pasaron a la defensa aérea una vez que el Jaguar asumió el ataque a tierra.

Los años del Phantom trajeron consigo la peor pérdida en tiempos de paz para la base. El 9 de agosto de 1974, un Phantom del Escuadrón n.° 41 pilotado por el comandante de la base, el capitán de grupo David Blucke, colisionó con un avión fumigador sobre Norfolk, causando la muerte de Blucke, su navegante, el teniente de vuelo Terence Kirkland, y el piloto de Pawnee, Paul Hickmott, de 24 años. Los investigadores del accidente atribuyeron la causa a la falta de un sistema para coordinar los vuelos a baja altitud militares y civiles.

Según la Rama Histórica Aérea, el Tornado de defensa aérea entró en servicio en 1984 en su versión provisional F2, y los primeros Tornado F3 llegaron a Coningsby en julio de 1986. La Unidad de Entrenamiento Operacional n.º 229 comenzó a entrenar a las tripulaciones de los F3 allí ese mismo mes, y el Escuadrón n.º 29, el primer escuadrón operativo de F3, incorporó el avión a su flota en Coningsby en abril de 1987. Para 1990, el F3 equipaba a cinco escuadrones, todos con base en Gran Bretaña.

Cuando Irak invadió Kuwait en agosto de 1990, las tripulaciones de los escuadrones 5 y 29 se encontraban en un campo de prácticas de armamento en Chipre y fueron enviadas directamente a Dhahran. La Rama Histórica Aérea contabiliza 12 F3 allí para el 11 de agosto y 18 para el 22 de septiembre. Durante la Operación Granby, el destacamento de F3, procedente de varias bases, realizó 2666 salidas, 698 de ellas de combate durante la Operación Tormenta del Desierto.

Coningsby fue la primera base de la RAF en operar el Typhoon en primera línea. El Escuadrón n.º 29, reformado en 2003, fue el segundo escuadrón de la RAF en recibir la aeronave, y las primeras unidades de Typhoon se trasladaron desde el aeródromo de BAE Systems en Warton en 2005. El Escuadrón n.º 3 (de Caza) llegó en 2006 como el primer escuadrón de Typhoon en primera línea, y el Escuadrón n.º XI (de Caza) se constituyó como un escuadrón Typhoon polivalente en 2007.

El 29 de junio de 2007, el Typhoon entró en servicio cuando el Escuadrón n.º 3 (de Caza) asumió la Alerta de Reacción Rápida en Coningsby, reemplazando al Tornado F3; para entonces, la base ya contaba con 43 Typhoons. Coningsby se encarga de la mitad sur de la misión y la base de la RAF Lossiemouth de la mitad norte. En 2012, la RAF informó que sus pilotos realizaban turnos de Alerta de Reacción Rápida de 24 horas una o dos veces al mes.

El Ministerio de Defensa no publica cifras exactas de lanzamientos. En 2020, solo facilitó el número de días en que se lanzaron aeronaves de la QRA del Reino Unido, para ambas bases en conjunto: 12, 12, 6, 9 y 14 para el período 2015-2019. Algunos lanzamientos se oyen en tierra: el 12 de enero de 2021, los Typhoon de Coningsby volaron a velocidad supersónica para alcanzar una aeronave civil que había perdido las comunicaciones, y el estruendo se escuchó en Londres y los condados del este.

Actualmente, la RAF considera a los escuadrones n.º 3 (caza) y n.º XI (caza) como unidades de primera línea, mientras que el escuadrón n.º 29 entrena a los pilotos del Typhoon. El escuadrón n.º 12 se reconstituyó en julio de 2018 como un escuadrón conjunto de la Real Fuerza Aérea Británica y la Fuerza Aérea del Emir de Qatar para el Typhoon, y comenzó a operar conjuntamente en Coningsby en 2020. El escuadrón n.º XI (caza) ostenta la condecoración de batalla de Libia 2011, obtenida en el debut en combate del Typhoon.

La unidad se inauguró el 11 de julio de 1957 en la base aérea de Biggin Hill como la RAF Historic Aircraft Flight, pasó a llamarse Battle of Britain Flight y adoptó su nombre actual en 1969. Entre 1959 y 1965 contaba con un solo Spitfire, el PM631, y un Hurricane, el LF363; ambos siguen en servicio. Llegó a Coningsby procedente de la base aérea de Coltishall el 1 de marzo de 1976, y en 2026 la base celebró 50 años como su hogar.

La RAF enumera su flota como cinco Spitfires, Hurricanes LF363 y PZ865, Lancaster PA474, Dakota ZA947 y dos Chipmunks, WG486 y WK518. La unidad de vuelo señala que solo quedan 12 Hurricanes y dos Lancasters en condiciones de vuelo en todo el mundo. Su hangar está abierto al público a través de un centro de visitantes, recientemente renovado en colaboración con el Consejo del Condado de Lincolnshire. En 2018, con motivo del centenario de la RAF, el hangar también exhibió el Hawker Typhoon MN235 del Museo de la RAF, el único ejemplar superviviente de su tipo.

El 11 de septiembre de 1991, el Hurricane LF363, que volaba en formación con un Lancaster y un Spitfire desde Coningsby hasta Jersey, sufrió una avería en el árbol de levas. El motor se detuvo durante la aproximación a la base aérea de Wittering y el avión se estrelló en el aeródromo; su piloto sufrió una fractura de tobillo y quemaduras leves. La reparación duró años, y el Escuadrón vendió el Spitfire PS853 para ayudar a sufragar los gastos. El LF363 volvió a volar el 29 de septiembre de 1998.

Solo un accidente de la BBMF ha sido mortal. El 25 de mayo de 2024, el Spitfire MK356, fabricado en 1944, se estrelló cerca de Coningsby, causando la muerte del comandante de escuadrón Mark Long, de 43 años. FlightGlobal informó que fue la primera pérdida mortal que involucró a una aeronave de la BBMF desde 1957. La unidad fue inmovilizada. En marzo de 2025, la RAF autorizó a sus Spitfires y Hurricanes a volar nuevamente mientras continuaba la investigación.

El escuadrón que ahora pone a prueba las tácticas del Typhoon tiene una larga trayectoria en combate. Formado como el Escuadrón n.º 41 del Real Cuerpo Aéreo y enviado a Francia en 1916, voló Spitfires durante Dunkerque y la Batalla de Inglaterra, cuando Eric Lock, el piloto de la RAF con mayor número de derribos en la batalla, formaba parte de él. En 1944, destruyó 53 bombas volantes V-1 en nueve semanas.

Su primera conexión con Coningsby se produjo el 1 de abril de 1972, cuando se reconstituyó allí con el Phantom FGR2. Fue uno de los Phantom del escuadrón el que pilotaba el comandante de la base en la fatal colisión sobre Norfolk en agosto de 1974. El escuadrón se pasó al Jaguar en 1977, poniendo fin a cinco años de vuelos con Phantom desde Coningsby. Su lema es «Buscar y destruir».

En 2006, ante la inminente disolución como unidad de primera línea, se convirtió en el Escuadrón n.º 41 (Reserva), la Unidad de Evaluación Operativa de Aviones de Combate y Armamento. En 2013, pasó a denominarse Escuadrón n.º 41 (Reserva) de Pruebas y Evaluación y recibió su primer Typhoon. Actualmente conocido como Escuadrón XLI de Pruebas y Evaluación, pertenece al Centro de Guerra Aeroespacial, con sede en la base aérea de Waddington, y la Real Fuerza Aérea (RAF) describe su principal objetivo como el desarrollo de capacidades y tácticas para el Typhoon.