根据海军史料记载，1975年，希腊海军重新启用直升机，当时四架法国宇航公司生产的云雀III型直升机在雅典老机场埃利尼科组建了海军直升机中队。1979年至1982年间，阿古斯塔公司交付了11架AB 212ASW型和2架AB 212EW型直升机，这是希腊军舰上首批可用于反潜作战的直升机。1980年，海军直升机司令部在斯卡拉曼加的安菲亚利海军基地成立。.

1986年，该司令部迁至马拉松西北部的科特罗尼海军要塞，并设立了希腊海军直升机基地来管理该机场。根据海军的描述，该基地的职责包括空中交通管制、安保与防御、基础设施维护、消防安全、宪兵和后勤保障；飞行任务则由各飞行中队负责。阿姆菲亚利作为海军直升机场，仍然列于航空司令部的下属基地名单中。.

1997年，海军组建了两个直升机中队。第一中队装备AB 212，2004年之前为电子战版本，2013年之前为云雀III；其海马和潜艇图案的队徽体现了其反潜任务，海军称该型直升机累计飞行时间超过7万小时。第二中队成立于1997年11月17日，装备S-70B-6爱琴海鹰直升机，该机是1991年12月20日向西科斯基公司订购的海鹰直升机的改进型。首架飞机HN 51于1994年3月22日首飞，1995年3月18日交付；到2005年，共有11架飞机服役。.

第三代直升机是MH-60R。希腊分别于2020年7月和2021年4月订购了四架和三架，据《希腊城市时报》报道，首批三架于2024年3月20日服役，驻扎在科特罗尼海军基地。海军列出的武器包括地狱火导弹、APKWS火箭弹、Mk 46鱼雷和一挺7.62毫米机枪，以及用于反潜的吊放式声呐和声呐浮标。预计到2026年还将交付四架；但本页面尚未确认其交付情况。英文维基百科将两个直升机中队都列在埃莱夫西斯，但海军页面和媒体则将直升机及其指挥部设在科特罗尼。.

海军的直升机从护卫舰上起飞，它们最著名的一次任务以失败告终。在伊米亚岛危机期间，1996年1月31日凌晨，一架隶属于“纳瓦里诺”号护卫舰的AB 212直升机对希腊认为属于希腊、土耳其（称其为卡尔达克岛）存在争议的岛屿进行夜间侦察。直升机坠毁，机上三名飞行员——海军中校克里斯托杜洛斯·卡拉塔纳西斯、海军中尉帕纳约蒂斯·弗拉查科斯和海军士官赫克托·贾洛普索斯——全部遇难。维基百科指出，有猜测认为土耳其的炮火是造成此次事故的原因；但两国政府均未对此予以官方证实。.

二十年后，海军又损失了一架直升机：据Militaire.gr网站记录，PN-28直升机于2016年2月11日坠毁，机上三人遇难，但官方尚未证实事故原因。在2026年1月“伊米亚”事件30周年之际，总理基里亚科斯·米佐塔基斯向1996年遇难的三位飞行员致敬。.

搜救是科特罗尼空军基地飞行任务的重要组成部分。第二直升机中队的主要任务是反水面和反潜作战，但也包括搜救、医疗后送、垂直补给和特种作战。自2014年以来，该中队累计飞行超过3000小时，救起超过450人。其中，从燃烧的“诺曼大西洋”号渡轮上救出人员以及在2023年9月“丹尼尔”风暴后参与塞萨利洪灾救援的行动尤为引人注目。.

MH-60R 改变了该基地在海上的作战能力。海军为其配备了两名飞行员和一名系统操作员，两台 T700-GE-401C 发动机，最大起飞重量为 10,700 公斤，并配备了雷达、吊放式声呐、声呐浮标发射器、光电转塔、数据链和自卫系统。其武器包括“地狱火”导弹、APKWS 激光制导火箭、Mk 46 鱼雷和一挺 7.62 毫米机枪。与其并肩作战的 S-70B“爱琴海鹰”反潜巡逻机携带“企鹅”反舰导弹，海军该中队的队徽上也印有该导弹的轮廓。.