Donanma, kendi tarihçesine göre, 1975 yılında Atina'nın eski havaalanı Elliniko'da dört adet Aérospatiale Alouette III helikopteriyle Donanma Helikopter Filosu'nu kurarak helikopterlere geri döndü. 1979 ile 1982 yılları arasında Agusta, Yunan savaş gemilerinden denizaltı avlayabilen ilk helikopterler olan 11 adet AB 212ASW ve iki adet AB 212EW helikopteri teslim etti ve 1980 yılında Skaramanga'daki Amfiali deniz üssünde bir Donanma Helikopter Komutanlığı kuruldu.

1986 yılında komuta merkezi Marathon'un kuzeybatısındaki Kotroni Deniz Kalesi'ne taşındı ve pistin işletilmesi için Yunanistan Deniz Kuvvetleri Helikopter Üssü kuruldu. Deniz kuvvetlerinin belirttiğine göre üssün görevleri hava trafik kontrolü, güvenlik ve savunma, altyapı bakımı, yangın güvenliği, askeri polis ve lojistiktir; uçuşlar ise filolara aittir. Amfiali, Havacılık Komutanlığı'nın alt birimleri listesinde bir deniz helikopter pisti olarak varlığını sürdürmektedir.

1997 yılında donanma iki helikopter filosu kurdu. 1. Filo, 2004 yılına kadar elektronik savaş versiyonu olan AB 212'leri ve 2013 yılına kadar Alouette III'ü kullandı; denizatı ve denizaltı amblemi, denizaltı karşıtı görevini özetliyor ve donanma, bu helikopterlerin 70.000 saatten fazla uçuş yaptığını belirtiyor. 17 Kasım 1997'de kurulan 2. Filo ise, 20 Aralık 1991'de Sikorsky'den sipariş edilen Seahawk'ın bir versiyonu olan S-70B-6 Aegean Hawk'u kullandı. İlki, HN 51, 22 Mart 1994'te uçtu ve 18 Mart 1995'te teslim edildi; 2005 yılına kadar on bir uçak hizmete girdi.

Üçüncü nesil MH-60R'dir. Yunanistan Temmuz 2020'de dört, Nisan 2021'de ise üç adet sipariş verdi ve Greek City Times'a göre ilk üçü 20 Mart 2024'te Kotroni'de hizmete girdi. Donanma, silahlarını Hellfire füzeleri, APKWS roketleri, Mk 46 torpidoları ve 7,62 mm makineli tüfek olarak listeliyor; ayrıca denizaltı avı için daldırma sonarı ve sonoboyları da bulunuyor. 2026 yılına kadar dört adet daha bekleniyordu; ancak bu sayfada gelişleri teyit edilmedi. İngilizce Wikipedia her iki helikopter filosunu da Elefsis'te gösterirken, donanmanın sayfaları ve basın helikopterleri ve komutalarını Kotroni'de gösteriyor.

Donanmanın helikopterleri fırkateynlerden kalkıyor ve en ünlü görevleri kayıpla sonuçlandı. İmya krizi sırasında, 31 Ocak 1996'nın erken saatlerinde, Navarino fırkateyninden kalkan bir AB 212 tipi helikopter, Yunanistan'ın Yunan toprağı olarak kabul ettiği ve Türkiye'nin Kardak olarak adlandırdığı adacıklar üzerinde gece keşif uçuşu yaptı. Helikopter düştü ve Teğmen Komutan Christodoulos Karathanasis, Teğmen Panagiotis Vlachakos ve Astsubay Hector Gialopsos hayatlarını kaybetti. Wikipedia, Türk ateşinin sorumlu olduğuna dair spekülasyonlara dikkat çekiyor; ancak her iki hükümetten de resmi bir doğrulama bulunamadı.

Yirmi yıl sonra donanma bir helikopterini daha kaybetti: Militaire.gr, 11 Şubat 2016'da PN-28'in üç kişiyle birlikte düştüğünü kaydetti, ancak bu olayla ilgili resmi bir kaynaktan bilgi alınamadı. Ocak 2026'da, İmia faciasının 30. yıldönümünde, Başbakan Kyriakos Mitsotakis, 1996'daki üç havacıya saygı duruşunda bulundu.

Kotroni'den kalkan helikopterlerin faaliyetlerinin büyük bir bölümünü arama ve kurtarma oluşturuyor. 2. Helikopter Filosu öncelikle su üstü ve denizaltı karşıtı savaşları, ancak aynı zamanda arama ve kurtarma, tıbbi tahliye, dikey ikmal ve özel operasyonları da listeliyor ve 2014'ten beri 3.000'den fazla uçuş saati ve 450'den fazla kurtarılan kişiyi kaydediyor. Kendi rekorları arasında, yanan Norman Atlantic feribotundan kurtarma ve Eylül 2023'te Daniel Fırtınası'ndan sonra Tesalya'daki sel yardımını öne çıkarıyor.

MH-60R, üssün denizdeki yeteneklerini değiştiriyor. Donanma, ona iki pilot ve bir sistem operatöründen oluşan bir mürettebat, iki adet T700-GE-401C motoru ve 10.700 kg'lık azami kalkış ağırlığı veriyor ve radar, daldırma sonar, sonoboy fırlatıcı, elektro-optik taret, veri bağlantıları ve kendini koruma sistemi ile donatıyor. Silahları arasında Hellfire füzeleri, APKWS lazer güdümlü roketler, Mk 46 torpidoları ve 7,62 mm'lik bir makineli tüfek bulunuyor. Katıldığı S-70B Aegean Hawk uçakları Penguin gemisavar füzesini taşıyor ve donanmanın filo ambleminde füzenin silüeti yer alıyor.