Námořnictvo se k vrtulníkům vrátilo v roce 1975, kdy čtyři vrtulníky Aérospatiale Alouette III vytvořily vrtulníkovou letku námořnictva na Elliniku, starém letišti v Aténách, jak uvádí historie námořnictva. Mezi lety 1979 a 1982 dodala společnost Agusta 11 vrtulníků AB 212ASW a dva vrtulníky AB 212EW, první, které dokázaly lovit ponorky z řeckých válečných lodí, a v roce 1980 bylo na námořní základně Amfiali ve Skaramanze zřízeno velitelství vrtulníků námořnictva.

V roce 1986 se velení přesunulo do námořní pevnosti Kotroni severozápadně od Marathonu a pro řízení pole byla zřízena helínská námořní vrtulníková základna. Vlastní úkoly základny, jak je uvádí námořnictvo, jsou řízení letového provozu, bezpečnost a obrana, údržba infrastruktury, požární bezpečnost, vojenská policie a logistika; létání patří letkám. Amfiali přetrvává jako námořní heliport na seznamu podřízených lokalit leteckého velení.

V roce 1997 námořnictvo zformovalo dvě vrtulníkové letky. Letka 1 převzala vrtulníkové letouny AB 212, verzi pro elektronický boj (EW) do roku 2004 a Alouette III do roku 2013; její symbol mořského koníka a ponorky shrnuje její protiponorkovou práci a námořnictvo uvádí, že její typy nalétaly více než 70 000 hodin. Letka 2, zformovaná 17. listopadu 1997, převzala vrtulníkové letouny S-70B-6 Aegean Hawk, verzi Seahawku objednanou u společnosti Sikorsky 20. prosince 1991. První, HN 51, vzlétl 22. března 1994 a byl dodán 18. března 1995; do roku 2005 bylo v provozu jedenáct letadel.

Třetí generací je MH-60R. Řecko si objednalo čtyři v červenci 2020 a tři v dubnu 2021, přičemž první tři vstoupily do služby 20. března 2024 se základnou v Kotroni, uvádí Greek City Times. Námořnictvo uvádí jako své zbraně řízené střely Hellfire, rakety APKWS, torpéda Mk 46 a kulomet ráže 7,62 mm, s ponorným sonarem a sonobójemi pro lov ponorek. Další čtyři se očekávaly do roku 2026; jejich příchod nebyl pro tuto stránku potvrzen. Anglická Wikipedie umisťuje obě vrtulníkové letky do Elefsis, ale stránky námořnictva a tisk umisťují vrtulníky a jejich velení do Kotroni.

Vrtulníky námořnictva létají z fregat a jejich nejslavnější mise skončila ztrátou. Během krize v Imii, brzy ráno 31. ledna 1996, provedl AB 212 z fregaty Navarino noční průzkumný let nad ostrůvky, které Řecko považuje za řecké a Turecko, které je nazývá Kardak, o ně přepíralo. Havaroval a zahynuli nadporučík Christodoulos Karathanasis, poručík Panagiotis Vlachakos a poddůstojník Hector Gialopsos. Wikipedie uvádí spekulace, že za incident byla zodpovědná turecká palba; oficiální potvrzení od žádné z vlád se nenašlo.

O dvacet let později námořnictvo ztratilo další vrtulník: Militaire.gr zaznamenal ztrátu PN-28 11. února 2016 se třemi mrtvými, ačkoli okolnosti nebyly oficiálním zdrojem potvrzeny. U příležitosti 30. výročí bitvy u Imie, v lednu 2026, vzdal premiér Kyriakos Mitsotakis hold třem letcům z roku 1996.

Pátrací a záchranné operace tvoří velkou část toho, co létá z Kotroni. Druhá vrtulníková letka uvádí na prvním místě boj proti hladině a ponorkám, ale také pátrací a záchranné operace, lékařskou evakuaci, vertikální doplňování zásob a speciální operace a od roku 2014 eviduje více než 3 000 letových hodin a více než 450 zachráněných osob. Ve své vlastní evidenci zmiňuje záchranu z hořícího trajektu Norman Atlantic a pomoc při povodních v Thesálii po bouři Daniel v září 2023.

MH-60R mění možnosti základny na moři. Námořnictvo mu dává posádku dvou pilotů a systémového operátora, dva motory T700-GE-401C a maximální vzletovou hmotnost 10 700 kg a vybavuje ho radarem, sonarem, odpalovacím zařízením pro sonobóje, elektrooptickou věží, datovými spoji a systémem vlastní ochrany. Jeho zbraněmi jsou rakety Hellfire, laserem naváděné rakety APKWS, torpéda Mk 46 a kulomet ráže 7,62 mm. S-70B Aegean Hawk, ke kterým se připojuje, nesou protilodní střelu Penguin a silueta střely je součástí znaku námořnictva pro jejich letku.