La armada volvió a utilizar helicópteros en 1975, cuando cuatro Aérospatiale Alouette III formaron el Escuadrón de Helicópteros de la Armada en Elliniko, el antiguo aeropuerto de Atenas, según la propia historia de la armada. Entre 1979 y 1982, Agusta entregó 11 helicópteros AB 212ASW y dos AB 212EW, los primeros capaces de cazar submarinos desde buques de guerra griegos, y en 1980 se creó un Comando de Helicópteros de la Armada en la base naval de Amfiali, en Skaramanga.

En 1986, el mando se trasladó al Fuerte Naval de Kotroni, al noroeste de Maratón, y se estableció la Base de Helicópteros de la Armada Helénica para gestionar el aeródromo. Las funciones de la base, según la Armada, son el control del tráfico aéreo, la seguridad y la defensa, el mantenimiento de la infraestructura, la prevención de incendios, la policía militar y la logística; las operaciones de vuelo corresponden a los escuadrones. Amfiali se mantiene como helipuerto naval en la lista de instalaciones subordinadas del Mando de Aviación.

En 1997, la armada formó dos escuadrones de helicópteros. El Escuadrón 1 utilizó los AB 212, la versión de guerra electrónica hasta 2004 y el Alouette III hasta 2013; su emblema de caballito de mar y submarino resume su misión antisubmarina, y la armada afirma que sus helicópteros han acumulado más de 70 000 horas de vuelo. El Escuadrón 2, formado el 17 de noviembre de 1997, utilizó el S-70B-6 Aegean Hawk, una versión del Seahawk encargada a Sikorsky el 20 de diciembre de 1991. El primero, el HN 51, realizó su primer vuelo el 22 de marzo de 1994 y fue entregado el 18 de marzo de 1995; once aeronaves estaban en servicio en 2005.

La tercera generación es el MH-60R. Grecia encargó cuatro en julio de 2020 y tres en abril de 2021, y los tres primeros entraron en servicio el 20 de marzo de 2024, con base en Kotroni, según Greek City Times. La armada enumera su armamento como misiles Hellfire, cohetes APKWS, torpedos Mk 46 y una ametralladora de 7,62 mm, con sonar de inmersión y sonoboyas para la caza de submarinos. Se esperaban cuatro más para 2026; su llegada no fue confirmada para esta página. La Wikipedia en inglés sitúa ambos escuadrones de helicópteros en Elefsis, pero las páginas de la armada y la prensa sitúan los helicópteros y su mando en Kotroni.

Los helicópteros de la armada vuelan desde fragatas, y su misión más famosa terminó en tragedia. Durante la crisis de Imia, en la madrugada del 31 de enero de 1996, un AB 212 de la fragata Navarino realizó un reconocimiento nocturno sobre los islotes, que Grecia considera griegos y Turquía, que los llama Kardak, disputa. El helicóptero se estrelló y murieron el teniente comandante Christodoulos Karathanasis, el teniente Panagiotis Vlachakos y el suboficial Hector Gialopsos. Wikipedia menciona la especulación de que el fuego turco fue el responsable; no se encontró confirmación oficial por parte de ninguno de los dos gobiernos.

Veinte años después, la armada perdió otro helicóptero: Militaire.gr registró la pérdida del PN-28 el 11 de febrero de 2016 con tres fallecidos, aunque las circunstancias no fueron confirmadas por una fuente oficial. En el trigésimo aniversario del accidente del Imia, en enero de 2026, el primer ministro Kyriakos Mitsotakis rindió homenaje a los tres aviadores de 1996.

Las operaciones de búsqueda y rescate constituyen una parte importante de las actividades aéreas desde Kotroni. El Escuadrón de Helicópteros 2 prioriza la guerra antisubmarina y antisuperficie, pero también realiza búsqueda y rescate, evacuación médica, reabastecimiento vertical y operaciones especiales. Desde 2014, acumula más de 3000 horas de vuelo y ha rescatado a más de 450 personas. Entre sus logros destacan el rescate del ferry Norman Atlantic en llamas y las labores de socorro tras las inundaciones en Tesalia después de la tormenta Daniel en septiembre de 2023.

El MH-60R transforma las capacidades de la base en el mar. La Armada lo dota de una tripulación de dos pilotos y un operador de sistemas, dos motores T700-GE-401C y un peso máximo al despegue de 10.700 kg, además de equiparlo con radar, sonar de inmersión, lanzador de sonoboyas, torreta electroóptica, enlaces de datos y sistema de autoprotección. Su armamento incluye misiles Hellfire, cohetes guiados por láser APKWS, torpedos Mk 46 y una ametralladora de 7,62 mm. Los S-70B Aegean Hawk con los que se une portan el misil antibuque Penguin, y el emblema de la Armada para su escuadrón incluye la silueta de dicho misil.