De marine keerde in 1975 terug naar helikopters, toen vier Aérospatiale Alouette III's het Marinehelikoptereskader vormden op Elliniko, de oude luchthaven van Athene, volgens de eigen geschiedenis van de marine. Tussen 1979 en 1982 leverde Agusta 11 AB 212ASW en twee AB 212EW helikopters, de eerste die vanaf Griekse oorlogsschepen op onderzeeërs konden jagen, en in 1980 werd een Marinehelikoptercommando opgericht op de marinebasis Amfiali in Skaramanga.

In 1986 verhuisde het commando naar het marinefort Kotroni, ten noordwesten van Marathon, en werd de helikopterbasis van de Griekse marine opgericht om het vliegveld te beheren. De taken van de basis, zoals die door de marine worden opgesomd, zijn luchtverkeersleiding, beveiliging en defensie, onderhoud van de infrastructuur, brandveiligheid, militaire politie en logistiek; het vliegen wordt uitgevoerd door de squadrons. Amfiali blijft bestaan als helikopterplatform van de marine op de lijst van ondergeschikte locaties van het Luchtvaartcommando.

In 1997 richtte de marine twee helikoptereskaders op. Eskader 1 nam de AB 212's in gebruik, de EW-versie tot 2004 en de Alouette III tot 2013; het embleem met het zeepaardje en de onderzeeër vat de anti-onderzeeboottaak samen, en de marine zegt dat de toestellen meer dan 70.000 vlieguren hebben gemaakt. Eskader 2, opgericht op 17 november 1997, nam de S-70B-6 Aegean Hawk in gebruik, een versie van de Seahawk die op 20 december 1991 bij Sikorsky was besteld. Het eerste toestel, HN 51, vloog op 22 maart 1994 en werd geleverd op 18 maart 1995; elf toestellen waren in 2005 in dienst.

De derde generatie is de MH-60R. Griekenland bestelde er vier in juli 2020 en drie in april 2021. De eerste drie werden op 20 maart 2024 in gebruik genomen en zijn gestationeerd in Kotroni, aldus Greek City Times. De marine vermeldt Hellfire-raketten, APKWS-raketten, Mk 46-torpedo's en een 7,62 mm machinegeweer als wapens, met een dompelsonar en sonoboeien voor de onderzeebootbestrijding. Vier extra toestellen werden verwacht in 2026; hun aankomst is voor deze pagina niet bevestigd. De Engelstalige Wikipedia plaatst beide helikoptereskaders in Elefsis, maar de pagina's van de marine en de pers plaatsen de helikopters en hun commando in Kotroni.

De helikopters van de marine opereren vanaf fregatten, en hun beroemdste missie eindigde in een verlies. Tijdens de Imia-crisis, in de vroege ochtend van 31 januari 1996, voerde een AB 212 van het fregat Navarino een nachtelijke verkenningsvlucht uit boven de eilandjes, die Griekenland als Grieks beschouwt en die door Turkije, dat ze Kardak noemt, worden betwist. Het toestel stortte neer, waarbij luitenant-commandant Christodoulos Karathanasis, luitenant Panagiotis Vlachakos en onderofficier Hector Gialopsos om het leven kwamen. Wikipedia vermeldt speculaties dat Turks vuur de oorzaak was; er is geen officiële bevestiging van beide regeringen gevonden.

Twintig jaar later verloor de marine opnieuw een helikopter: Militaire.gr meldt het verlies van PN-28 op 11 februari 2016 met drie doden, hoewel de omstandigheden niet door een officiële bron zijn bevestigd. Op de 30e verjaardag van Imia, in januari 2026, bracht premier Kyriakos Mitsotakis een eerbetoon aan de drie piloten van 1996.

Zoek- en reddingsoperaties vormen een groot deel van de activiteiten die vanuit Kotroni worden uitgevoerd. Helikoptereskader 2 noemt bestrijding van oppervlakteschepen en onderzeeërs als belangrijkste taken, maar voert ook zoek- en reddingsoperaties, medische evacuatie, verticale bevoorrading en speciale operaties uit. Het eskader heeft sinds 2014 meer dan 3000 vlieguren gemaakt en meer dan 450 mensen gered. In de eigen statistieken worden onder andere de redding van de brandende veerboot Norman Atlantic en de hulpverlening na de overstromingen in Thessalië na storm Daniel in september 2023 genoemd.

De MH-60R verandert de mogelijkheden van de basis op zee. De marine voorziet het toestel van een bemanning van twee piloten en een systeemoperator, twee T700-GE-401C-motoren en een maximaal startgewicht van 10.700 kg, en rust het uit met radar, dompelsonar, een sonoboei-lanceerder, een elektro-optische geschutskoepel, datalinks en een zelfbeschermingssysteem. De bewapening bestaat uit Hellfire-raketten, APKWS-lasergeleide raketten, Mk 46-torpedo's en een 7,62 mm machinegeweer. De S-70B Aegean Hawks waarmee het toestel samenwerkt, zijn uitgerust met de Penguin-antischeepsraket, en het embleem van het squadron bevat het silhouet van deze raket.