A Marinha voltou a utilizar helicópteros em 1975, quando quatro Aérospatiale Alouette III formaram o Esquadrão de Helicópteros da Marinha em Elliniko, o antigo aeroporto de Atenas, de acordo com a própria história da Marinha. Entre 1979 e 1982, a Agusta entregou 11 helicópteros AB 212ASW e dois AB 212EW, os primeiros capazes de caçar submarinos a partir de navios de guerra gregos, e em 1980 foi criado um Comando de Helicópteros da Marinha na base naval de Amfiali, em Skaramanga.

Em 1986, o comando foi transferido para o Forte Naval de Kotroni, a noroeste de Maratona, e a Base de Helicópteros da Marinha Helênica foi estabelecida para administrar o aeródromo. As atribuições da base, segundo a Marinha, são controle de tráfego aéreo, segurança e defesa, manutenção da infraestrutura, segurança contra incêndio, polícia militar e logística; os voos são de responsabilidade dos esquadrões. Amfiali permanece como um heliporto da Marinha, constando na lista de instalações subordinadas do Comando de Aviação.

Em 1997, a Marinha formou dois esquadrões de helicópteros. O Esquadrão 1 recebeu os AB 212, a versão de guerra eletrônica até 2004 e o Alouette III até 2013; seu emblema, com um cavalo-marinho e um submarino, resume sua função antissubmarino, e a Marinha afirma que esses modelos acumularam mais de 70.000 horas de voo. O Esquadrão 2, formado em 17 de novembro de 1997, recebeu o S-70B-6 Aegean Hawk, uma versão do Seahawk encomendada à Sikorsky em 20 de dezembro de 1991. O primeiro, HN 51, voou em 22 de março de 1994 e foi entregue em 18 de março de 1995; onze aeronaves estavam em serviço em 2005.

A terceira geração é o MH-60R. A Grécia encomendou quatro em julho de 2020 e três em abril de 2021, e os três primeiros entraram em serviço em 20 de março de 2024, baseados em Kotroni, de acordo com o Greek City Times. A Marinha lista seu armamento como mísseis Hellfire, foguetes APKWS, torpedos Mk 46 e uma metralhadora de 7,62 mm, com sonar de imersão e sonoboias para caça a submarinos. Mais quatro eram esperados até 2026; sua chegada não foi confirmada para esta página. A Wikipédia em inglês localiza ambos os esquadrões de helicópteros em Elefsis, mas as páginas da Marinha e a imprensa indicam que os helicópteros e seu comando estão baseados em Kotroni.

Os helicópteros da Marinha operam a partir de fragatas, e sua missão mais famosa terminou em tragédia. Durante a crise de Imia, no início da manhã de 31 de janeiro de 1996, um AB 212 da fragata Navarino realizava um reconhecimento noturno sobre os ilhéus, que a Grécia considera gregos e a Turquia, que os chama de Kardak, contesta. A aeronave caiu, e o Capitão de Corveta Christodoulos Karathanasis, o Tenente Panagiotis Vlachakos e o Suboficial Hector Gialopsos morreram. A Wikipédia menciona especulações de que o fogo turco tenha sido o responsável; nenhuma confirmação oficial por parte de nenhum dos governos foi encontrada.

Vinte anos depois, a Marinha perdeu outro helicóptero: o site Militaire.gr registrou a perda do PN-28 em 11 de fevereiro de 2016, com três mortos, embora as circunstâncias não tenham sido confirmadas por uma fonte oficial. No 30º aniversário de Imia, em janeiro de 2026, o primeiro-ministro Kyriakos Mitsotakis homenageou os três aviadores de 1996.

Busca e salvamento são uma parte importante das operações realizadas a partir de Kotroni. O Esquadrão de Helicópteros 2 lista como principais missões a guerra antissuperfície e antissubmarino, mas também busca e salvamento, evacuação médica, reabastecimento vertical e operações especiais, contabilizando mais de 3.000 horas de voo e mais de 450 pessoas resgatadas desde 2014. Seu histórico destaca o resgate do ferry em chamas Norman Atlantic e o auxílio às vítimas das enchentes na Tessália após a tempestade Daniel, em setembro de 2023.

O MH-60R muda as capacidades da base no mar. A Marinha lhe confere uma tripulação de dois pilotos e um operador de sistemas, dois motores T700-GE-401C e um peso máximo de decolagem de 10.700 kg, além de equipá-lo com radar, sonar de imersão, lançador de sonoboias, torre eletro-óptica, enlaces de dados e um sistema de autoproteção. Seu armamento inclui mísseis Hellfire, foguetes guiados a laser APKWS, torpedos Mk 46 e uma metralhadora de 7,62 mm. Os caças S-70B Aegean Hawk, aos quais se junta, carregam o míssil antinavio Penguin, e o emblema da Marinha para seu esquadrão inclui a silhueta do míssil.