根据空军自身的历史记载，早在1921年就计划在埃因霍温修建机场，但直到1932年9月，韦尔沙普民用机场才正式启用，该机场占地55公顷，为草地。航站楼于1935年5月建成。随着战争临近，军方接管了该机场：国防部将征用日期定为1939年4月动员之时，而亨利·德曾格撰写的德国空军机场研究报告则显示为1939年9月。.

1940年5月10日入侵两天后，德军占领了这片机场，并将其更名为埃因霍温空军基地（Fliegerhorst Eindhoven）。扩建工程随即展开。德曾格（DeZeng）记载，1940年6月，德国空军从荷兰引进了数千名工人，并在7月底完成了主跑道的建设。机场面积扩大到战前的两倍多，拥有三条呈字母“A”字形排列的沥青跑道，其中两条长1500米，一条长1200米，全部铺设沥青，并涂成与周围田野相协调的颜色。.

弗利格霍斯特基地曾是繁忙的轰炸机和夜间战斗机基地。德曾的记录显示，1940年6月至1941年3月期间，该基地驻扎着第4轰炸机联队第2大队（II./KG 4），1944年初之前曾先后驻扎过第30轰炸机联队（KG 30）和第2轰炸机联队（KG 2），1944年中期则驻扎着第2夜间战斗机联队第1大队（I./NJG 2）。盟军曾多次袭击该基地：1944年2月22日，P-47战斗机对其进行扫射；3月30日，对其进行俯冲轰炸；1944年6月14日，63架B-24“解放者”轰炸机空袭摧毁了地面上的7架Ju 88夜间战斗机。.

1944年5月底，德军在跑道上埋设地雷，准备拆除，并于9月5日完成。1944年9月18日，在“市场花园行动”期间，美军第101空降师的伞兵解放了埃因霍温，第二天，荷兰国旗在机场升起。随后，英国维修部队填平了约1650个弹坑，以便英国皇家空军能够使用该机场，这里成为了英国皇家空军和加拿大皇家空军的“台风”战斗机和侦察机的B.78号前进着陆场。.

1952年，荷兰皇家空军进驻埃因霍温，组建了第314、315和316三个中队，装备共和F-84G雷霆喷气式战斗机，作为战斗轰炸机中队。1956年，这三个中队全部换装了后掠翼的F-84F雷霆战斗机。此后近二十年间，埃因霍温同时驻扎着三个喷气式战斗机中队。这开启了该机场长达42年的战斗机飞行历史。.

1970年4月，第315中队前往特温特。据F-16爱好者网站F-16.net保存的中队历史记载，第314中队于1970年换装NF-5A战斗机，并于1988年移驻吉尔泽-里延；而空军自身的历史记载仅表明，该中队在第315中队离开几年后也离开了。绰号“猎鹰”的第316中队则留了下来，并从1971年开始驾驶NF-5A战斗机。该中队的队徽为黄色底，图案为一只棕色猎鹰，队训为“Doelbewust en trefzeker”，意为“坚定而精准”。.

1991年，316中队换装F-16A战斗机，最初驻扎在吉尔泽-里延，之后返回埃因霍温；基地历史记载，NF-5战斗机服役至1991年。1993年，冷战后，国防白皮书缩减了空军规模，导致该中队解散。1994年4月1日，316中队正式解散，结束了埃因霍温42年的战斗机飞行历史。1983年2月至1995年，该基地曾与吉尔泽-里延基地由同一指挥部管理；之后，由于任务分歧，两地再次分离。.

早在战斗机起飞之前，噪音就已影响了这座机场。国防部表示，由于埃因霍温居民的投诉，1984年跑道方向进行了调整，以使起飞的飞机避开市中心。同年，由利奥·德·贝弗设计的民用航站楼在机场另一侧落成，这标志着如今军民共用机场的雏形。.

1996年7月15日星期一傍晚六点刚过，比利时空军一架C-130H“大力神”运输机（CH-06）从意大利方向飞往埃因霍温。机上载有四名比利时机组人员和37名荷兰皇家陆军仪仗队成员。飞机在最后进近阶段撞上跑道上空的一大群鸟；根据调查，间接证据显示是椋鸟，它们被吸入左侧两台发动机。机组人员试图复飞，但“大力神”向左侧急剧倾斜，左翼撞上草地，飞机坠毁并起火。.

空中交通管制和基地消防部门当时认为机上只有四名机组人员，因为飞行计划上的乘客信息并未送达埃因霍温。关于人们发现货舱内有人的时间，各方说法不一：英文资料显示大约用了三十分钟，而德文百科全书则记载为二十三分钟。共有十一人被救出，其中四人后来在医院去世。事故共造成34人死亡，包括四名机组人员和30名乐队成员，另有7人身负重伤幸存。.

随后展开了多项调查；《被遗忘的坡道》（De vergeten ramp）一书的作者统计，截至2010年，已有约40份相关报告。由乌里·罗森塔尔教授领导的危机研究小组（COT）将事故归咎于系统错误和组织失职。1996年10月，三名空军军官被解除职务：基地指挥官、空中交通管制员和消防指挥官。他们被起诉，但最终因证据不足而被判无罪。德国百科全书的条目援引航空安全网的说法称，机组人员在鸟击后关闭了错误的发动机——3号发动机；但本页面无法从官方渠道证实这一点。.

2002年，应德国下议院（Tweede Kamer）的要求，国家运输安全委员会就此次救援行动作出了答复。其主要结论是，当机上人员无法自救时，紧急救援部门缺乏足够的人力和先进设备来及时将他们救出。该委员会明确表示不同意政府关于乘客本可以更早获救的结论：无论是在埃因霍温还是其他地方，当时都没有相应的救援系统，而且在2002年时，这种情况仍然普遍存在。该委员会就机场消防救援服务以及军用飞机运送平民提出了四项建议。.

埃因霍温作为运输基地的第二次征程始于1992年5月，当时第334中队从苏斯特贝格迁至此地，并带来了福克F27飞机。F27无法飞越大西洋，于1996年退役，取而代之的是KDC-10、DC-10、C-130、湾流IV、福克50和福克60U等机型。这些加油机来自马丁航空，荷兰于1992年购买了两架马丁航空的DC-10-30CF；其中一架在马丁航空495号航班空难中损毁后，荷兰又购买了第三架。1994年10月至1995年12月期间，这两架飞机被改装为KDC-10加油运输机。.

两架KDC-10加油机，分别命名为“伯恩哈德亲王”（T-264）和“扬·斯凯弗”（T-235），在长达四分之一世纪的时间里，一直是埃因霍温空军基地的标志性机型。据该基地自身记录，在2018年的一次欧洲防务局（EDA）演习中，这两架荷兰KDC-10在“坚定决心行动”期间，在伊拉克和叙利亚上空保持了95%的可用率，并为超过1000架联军飞机输送了近650万升燃油。T-264于2019年11月退役，T-235于2021年10月退役；两架飞机均交付给了美国承包商欧米茄空中加油服务公司（Omega Aerial Refueling Services）。.

它们的后续机型由各方共享。多国联合多用途战术运输机（MRTT）机队源于2012年芝加哥峰会上北约达成的一项倡议。荷兰和卢森堡于2016年7月启动该项目，订购了两架空客A330 MRTT；德国和挪威于2017年9月加入，比利时于2018年1月加入，捷克共和国于2019年加入，使订单总数达到八架。波兰在2016年，也就是签署合同前几天退出了该项目。合作伙伴购买的是飞行小时数，而不是单个机身。.

首架A330 MRTT于2020年6月交付。埃因霍温是该机队的主要作战基地，德国科隆是前沿作战基地，丹麦卡鲁普将在第11架和第12架飞机分别于2028年中期和2029年初交付后成为前沿作战基地。该机队于2023年3月具备初始作战能力，并于2026年3月具备全面作战能力。丹麦和瑞典于2025年6月加入，增购了两架飞机；芬兰于2026年7月加入，使该机队成员达到九个。空军基地页面仍然显示有六个北约伙伴国；北约自身的统计数据更为准确。.

埃因霍温现为荷兰空军空中机动司令部总部所在地。国防部列出的该司令部四项任务是：空中运输和空中加油、货物和旅客处理、保持机场对军民两用开放，以及驻扎荷兰和外国部队。该司令部下辖五个中队：装备湾流飞机的第334中队、装备C-130运输机的第336中队，以及负责后勤、机场服务和维护的第940、941和942中队。.

第336中队装备四架C-130“大力神”运输机，编号分别为G-273、G-275、G-781和G-988，包括标准型和加长型H-30。这些飞机将由巴西航空工业公司与奥地利和瑞典联合采购的C-390运输机取代，首架飞机预计将于2027年底交付，最后一架将于2029年交付。第334中队的政府专机是一架2014年制造的湾流G650ER V-117，最多可搭载15名乘客，用于国防领导人、紧急撤侨和王室成员的出行。.

除了荷兰的机构外，还有三个多国机构。欧洲机动协调中心自2007年7月1日起设在埃因霍温。欧洲空中运输司令部由比利时、法国、德国和荷兰于2010年7月1日成立，并于2010年9月1日在埃因霍温正式启用；卢森堡于2012年11月22日加入，西班牙于2014年7月加入，意大利于2014年12月加入。该司令部负责其七个成员国的空中运输、空中加油和航空医疗后送机队的指挥，拥有约200名工作人员。第三个机构是拥有A330加油机的多国机动协调机构（MMU）。.