Согласно истории военно-воздушных сил, планы строительства аэродрома в Эйндховене восходят к 1921 году, но полеты начались только в сентябре 1932 года, когда на 55 гектарах травяного поля открылся гражданский аэродром Вельшап. Терминал был построен в мае 1935 года. Затем, с приближением войны, аэродром перешел в ведение военных: Министерство обороны датирует реквизицию мобилизацией апреля 1939 года, в то время как исследование аэродромов Люфтваффе, проведенное Генри де Зенгом, указывает на сентябрь 1939 года.

Немецкие войска заняли аэродром через два дня после вторжения 10 мая 1940 года и переименовали его в Флигерхорст Эйндховен. Расширение началось немедленно. ДеЗенг отмечает, что в июне 1940 года Люфтваффе привлекло несколько тысяч голландских рабочих, и к концу июля основная взлетно-посадочная полоса была завершена. Аэродром разросся более чем вдвое по сравнению с довоенным размером, получив три асфальтированные взлетно-посадочные полосы, расположенные в форме буквы А: две длиной 1500 метров и одна длиной 1200 метров, все покрытые асфальтом и окрашенные в цвет, гармонирующий с окружающими полями.

Флигерхорст был оживлённой базой бомбардировщиков и ночных истребителей. ДеЗенг указывает, что II./KG 4 базировалась там с июня 1940 по март 1941 года, затем KG 30 и KG 2 до начала 1944 года, а I./NJG 2 — в середине 1944 года. Союзники неоднократно атаковали её: 22 февраля 1944 года её обстреляли P-47, 30 марта она подверглась пикирующему бомбардировочному нападению, а 14 июня 1944 года в результате налёта 63 бомбардировщиков B-24 Liberator было уничтожено семь ночных истребителей Ju 88.

В конце мая 1944 года немцы заминировали взлетно-посадочные полосы для подрыва и завершили работы 5 сентября. Американские десантники 101-й воздушно-десантной дивизии освободили Эйндховен 18 сентября 1944 года в ходе операции «Маркет Гарден», а на следующий день над аэродромом был поднят голландский флаг. Затем британские ремонтные подразделения заполнили около 1650 воронок от бомб, чтобы Королевские ВВС могли использовать это поле, которое стало передовым посадочным пунктом B.78 для истребителей «Тайфун» и разведывательных крыл Королевских ВВС и Королевских ВВС Канады.

Королевские ВВС Нидерландов разместились здесь в 1952 году, когда в Эйндховене были сформированы 314-я, 315-я и 316-я эскадрильи истребителей-бомбардировщиков на самолетах Republic F-84G Thunderjet. В 1956 году все три эскадрильи перешли на самолеты F-84F Thunderstreak со стреловидным крылом. Почти два десятилетия Эйндховен был домом для трех реактивных эскадрилий одновременно. Это стало началом 42-летней истории истребительной авиации на этом аэродроме.

315-я эскадрилья отправилась в Твенте в апреле 1970 года. 314-я эскадрилья перешла на NF-5A в 1970 году и к 1988 году передислоцировалась в Гилзе-Рийен, согласно истории эскадрильи, хранящейся на сайте для энтузиастов F-16.net; в собственной истории ВВС говорится лишь о том, что она покинула эскадрилью через несколько лет после 315-й. 316-я эскадрилья, получившая прозвище «Сокол», осталась и летала на NF-5A с 1971 года. На её эмблеме был изображён коричневый сокол на жёлтом фоне с девизом Doelbewust en trefzeker — «решительный и точный».

В 1991 году 316-я эскадрилья перешла на F-16A, начав службу в Гилзе-Рийене, а затем вернувшись в Эйндховен; согласно истории базы, NF-5 находился на вооружении до 1991 года. В 1993 году в Белой книге по обороне, которая сократила численность ВВС после холодной войны, эскадрилья была расформирована, и 316-я эскадрилья была упразднена 1 апреля 1994 года, завершив 42 года истребительной авиации в Эйндховене. С февраля 1983 по 1995 год база находилась под единым командованием с Гилзе-Рийеном; затем они снова разделились, поскольку их задачи разошлись.

Шум влиял на облик аэродрома задолго до того, как истребители покинули его. По данным Министерства обороны, из-за жалоб жителей Эйндховена в 1984 году направление взлетно-посадочной полосы было изменено, чтобы вылетающие самолеты облетали центр города. В том же году на другой стороне аэродрома открылся гражданский терминал, спроектированный Лео де Бевером, положивший начало сегодняшнему военно-гражданскому аэропорту, который используется совместно.

Вскоре после шести часов вечера в понедельник, 15 июля 1996 года, бельгийский самолет C-130H Hercules CH-06 приближался к Эйндховену со стороны Италии. На борту находились четыре бельгийских члена экипажа и 37 военнослужащих фанфарного корпуса Королевской армии Нидерландов. На заключительном этапе захода на посадку самолет столкнулся с большой стаей птиц над взлетно-посадочной полосой; вторичные свидетельства, основанные на расследованиях, указывают на скворцов, попавших в оба левых двигателя. Экипаж попытался уйти на второй круг, «Геркулес» резко накренился влево, его левое крыло задели траву, и самолет разбился и загорелся.

Диспетчерская служба управления воздушным движением и пожарная служба базы полагали, что на борту находились только четыре члена экипажа, поскольку данные о пассажирах в плане полета не были переданы в Эйндховен. Данные о том, сколько времени прошло, прежде чем кто-либо понял, что в грузовом отсеке находятся люди, разнятся: в англоязычных источниках указывается около тридцати минут, в немецкой энциклопедии — 23 минуты. Одиннадцать человек были извлечены живыми, четверо из них позже скончались в больнице. Всего погибли 34 человека: все четыре члена экипажа и 30 музыкантов, а 7 выжили, получив серьезные травмы.

Последовало множество расследований; авторы книги «Забытая рампа» насчитывают около сорока отчетов до 2010 года. Группа по исследованию кризисных ситуаций (COT) под руководством профессора Ури Розенталя возложила вину на системные ошибки и организационные сбои. В октябре 1996 года три офицера ВВС были отстранены от своих обязанностей: командир базы, диспетчер управления воздушным движением и командир пожарной службы. Они были привлечены к уголовной ответственности и в итоге оправданы за недостатком доказательств. В статье немецкой энциклопедии, ссылающейся на Сеть авиационной безопасности, добавляется, что экипаж отключил не тот двигатель, номер 3, после столкновения с птицей; это не удалось подтвердить из официального источника для этой страницы.

В 2002 году по запросу Tweede Kamer национальный совет по безопасности на транспорте ответил на вопросы о спасательной операции. Его главный вывод заключался в том, что когда пассажиры не могут спастись самостоятельно, у служб экстренной помощи не хватает людских ресурсов и современного оборудования, чтобы вовремя их эвакуировать. Он категорически не разделял вывод правительства о том, что пассажиров можно было спасти раньше: такой системы не существовало ни в Эйндховене, ни где-либо еще, и в значительной степени она оставалась таковой и в 2002 году. Совет дал четыре рекомендации по работе пожарно-спасательных служб аэропортов и по перевозке гражданских лиц на военных самолетах.

Вторая жизнь Эйндховена в качестве транспортной базы началась в мае 1992 года, когда 334-я эскадрилья перебазировалась из Состерберга на самолетах Fokker F27. F27 не могли пересекать Атлантику и к 1996 году были выведены из эксплуатации, уступив место KDC-10, DC-10, C-130, Gulfstream IV, Fokker 50 и Fokker 60U. Самолеты-заправщики были приобретены компанией Martinair, два DC-10-30CF которой Нидерланды купили в 1992 году; после того, как один из них был уничтожен в катастрофе рейса Martinair 495, был приобретен третий. Два самолета были переоборудованы в транспортные самолеты-заправщики KDC-10 в период с октября 1994 года по декабрь 1995 года.

Самолеты KDC-10, получившие имена Prins Bernhard (T-264) и Jan Scheffer (T-235), стали визитной карточкой Эйндховена на протяжении четверти века. По собственным данным базы, на учениях EDA в 2018 году голландский KDC-10 поддерживал 95-процентную готовность над Ираком и Сирией в рамках операции «Непоколебимая решимость» и заправил почти 6,5 миллионов литров топлива более чем 1000 самолетов коалиции. Самолет T-264 был снят с вооружения в ноябре 2019 года, а T-235 — в октябре 2021 года; оба перешли к американскому подрядчику Omega Aerial Refueling Services.

Их преемник — общий. Многонациональный флот MRTT возник в результате инициативы НАТО, согласованной на саммите в Чикаго в 2012 году. Нидерланды и Люксембург запустили проект в июле 2016 года, заказав два Airbus A330 MRTT; Германия и Норвегия присоединились в сентябре 2017 года, Бельгия — в январе 2018 года, а Чехия — в 2019 году, увеличив заказ до восьми самолетов. Польша вышла из проекта в 2016 году, за несколько дней до подписания соглашения. Партнеры покупают летные часы, а не отдельные самолеты.

Первый A330 MRTT был поставлен в июне 2020 года. Эйндховен является основной оперативной базой флота, Кёльн в Германии — передовой оперативной базой, а Каруп в Дании последует за ним после прибытия 11-го и 12-го самолетов в середине 2028 и начале 2029 года. Начальная оперативная готовность была достигнута в марте 2023 года, а полная — в марте 2026 года. Дания и Швеция присоединились в июне 2025 года, получив по два дополнительных самолета, а Финляндия — в июле 2026 года, таким образом, число членов достигло девяти. На странице баз ВВС по-прежнему указано шесть партнеров по НАТО; собственные данные НАТО являются более актуальными.

В настоящее время в Эйндховене находится штаб командования воздушной мобильности ВВС, четыре задачи которого, по данным Министерства обороны, включают воздушные перевозки и дозаправку в воздухе, обработку грузов и пассажиров, обеспечение работы аэродрома для военных и гражданских пользователей, а также размещение голландских и иностранных подразделений. В его состав входят пять эскадрилий: 334-я эскадрилья на самолетах Gulfstream, 336-я эскадрилья на самолетах C-130, а также 940-я, 941-я и 942-я эскадрильи, отвечающие за логистику, обслуживание аэродрома и техническое обслуживание.

336-я эскадрилья эксплуатирует четыре самолета C-130 Hercules: G-273, G-275, G-781 и G-988, как в стандартной, так и в удлиненной версии H-30. Их планируется заменить самолетами Embraer C-390, приобретенными совместно с Австрией и Швецией; первая партия ожидается в конце 2027 года, а последняя — в 2029 году. Правительственный самолет 334-й эскадрильи — Gulfstream G650ER V-117, построенный в 2014 году, вмещает до 15 пассажиров и используется для перевозки руководства министерства обороны, срочной репатриации и рейсов Королевского двора.

Наряду с голландскими подразделениями действуют три многонациональные организации. Европейский координационный центр по перемещению воздушных судов находится в Эйндховене с 1 июля 2007 года. Европейское командование воздушного транспорта было создано 1 июля 2010 года и торжественно открыто в Эйндховене 1 сентября 2010 года Бельгией, Францией, Германией и Нидерландами; Люксембург присоединился 22 ноября 2012 года, Испания — в июле 2014 года, а Италия — в декабре 2014 года. Оно управляет флотом воздушных судов, самолетов-заправщиков и санитарной авиации семи своих членов, имея в своем штате около 200 человек. Третьей является MMU со своими самолетами-заправщиками A330.