Hava kuvvetlerinin kendi tarihine göre, Eindhoven'da bir havaalanı planları 1921 yılına kadar uzanıyor, ancak uçuşlar ancak Eylül 1932'de, 55 hektarlık çimenlik alanda Welschap sivil havaalanının açılmasıyla başladı. Mayıs 1935'te bir terminal inşa edildi. Savaş yaklaşırken askeriye burayı devraldı: Savunma Bakanlığı, el koymayı Nisan 1939'daki seferberliğe tarihlendirirken, Henry deZeng'in Luftwaffe havaalanı çalışması Eylül 1939'u veriyor.

Alman birlikleri, 10 Mayıs 1940'taki işgalden iki gün sonra sahayı işgal etti ve adını Fliegerhorst Eindhoven olarak değiştirdi. Genişleme hemen başladı. DeZeng, Luftwaffe'nin Haziran 1940'ta birkaç bin Hollandalı işçiyi getirdiğini ve ana pistin Temmuz ayı sonuna kadar tamamlandığını kaydediyor. Saha, savaş öncesi boyutunun iki katından fazla büyüdü ve büyük bir A harfi şeklinde düzenlenmiş, ikisi 1500 metre, biri 1200 metre uzunluğunda, tamamı asfaltla kaplı ve çevredeki alanlarla uyumlu olacak şekilde renklendirilmiş üç piste sahip oldu.

Fliegerhorst, yoğun bir bombardıman ve gece avcı uçağı üssüydü. DeZeng, Haziran 1940'tan Mart 1941'e kadar II./KG 4'ü, 1944 başlarına kadar KG 30 ve KG 2'yi ve 1944 ortalarında I./NJG 2'yi listeliyor. Müttefikler buraya defalarca saldırdı: 22 Şubat 1944'te P-47'ler burayı makineli tüfeklerle taradı, 30 Mart'ta dalış bombardımanı yaptı ve 14 Haziran 1944'te 63 B-24 Liberator'un düzenlediği bir baskınla yerde bulunan yedi Ju 88 gece avcı uçağını imha etti.

Almanlar, Mayıs 1944'ün sonlarında pistleri imha etmek için mayınladılar ve yıkımı 5 Eylül'de tamamladılar. 101. Hava İndirme Tümeni'nin Amerikan paraşütçüleri, Market Garden Operasyonu sırasında 18 Eylül 1944'te Eindhoven'ı özgürleştirdi ve ertesi gün havaalanına Hollanda bayrağı çekildi. Daha sonra İngiliz onarım birlikleri, RAF'ın alanı kullanabilmesi için yaklaşık 1650 bomba kraterini doldurdu ve burası RAF ve Kanada Kraliyet Hava Kuvvetleri'nin Typhoon ve keşif filoları için Gelişmiş İniş Alanı B.78 oldu.

Hollanda Kraliyet Hava Kuvvetleri 1952'de Eindhoven'a yerleşti ve burada Republic F-84G Thunderjet uçaklarıyla savaş bombardıman filoları olarak 314, 315 ve 316 filoları kuruldu. Her üç filo da 1956'da ok kanatlı F-84F Thunderstreak'e dönüştürüldü. Neredeyse yirmi yıl boyunca Eindhoven, aynı anda üç jet filosuna ev sahipliği yaptı. Bu, sahadan 42 yıl sürecek savaş uçuşlarının başlangıcıydı.

315 Filosu Nisan 1970'te Twenthe'ye gitti. 314 Filosu 1970'te NF-5A'ya geçti ve F-16.net meraklı sitesinin tuttuğu filo tarihine göre 1988'e kadar Gilze-Rijen'e taşınmıştı; hava kuvvetlerinin kendi tarihi ise sadece 315'ten birkaç yıl sonra ayrıldığını söylüyor. Falcon lakaplı 316 Filosu kaldı ve 1971'den itibaren NF-5A uçurdu. Ambleminde sarı zemin üzerinde kahverengi bir şahin ve "Doelbewust en trefzeker" (kararlı ve isabetli) sloganı yer alıyordu.

1991 yılında 316 Filosu, Gilze-Rijen'de başlayarak Eindhoven'a dönmeden önce F-16A'ya geçti; üssün tarihçesi, NF-5'in 1991 yılına kadar hizmette olduğunu gösteriyor. Soğuk Savaş'tan sonra hava kuvvetlerini küçülten 1993 Savunma Beyaz Kitabı, filonun sonunu getirdi ve 316 Filosu 1 Nisan 1994'te dağıtılarak Eindhoven'da 42 yıllık savaş uçağı faaliyetine son verdi. Şubat 1983'ten 1995'e kadar üs, Gilze-Rijen ile birlikte tek bir komuta altında yönetilmişti; görevleri farklılaştıkça ikisi tekrar ayrıldı.

Savaş uçakları ayrılmadan çok önce, gürültü havaalanının şeklini belirlemişti. Savunma Bakanlığı'na göre, Eindhoven sakinlerinin şikayetleri nedeniyle, kalkış yapan uçakların şehir merkezinden kaçınması için pistin yönü 1984 yılında değiştirildi. Aynı yıl, Leo de Bever tarafından tasarlanan bir sivil terminal, pistin diğer tarafında açıldı ve bu da günümüzdeki ortak askeri ve sivil havaalanının başlangıcı oldu.

15 Temmuz 1996 Pazartesi günü akşam saat altıyı biraz geçe, Belçika Hava Kuvvetleri'ne ait C-130H Hercules CH-06 tipi uçak İtalya'dan Eindhoven'a yaklaşıyordu. Uçakta dört Belçikalı mürettebat ve Hollanda Kraliyet Ordusu'nun Fanfarekorps birliğinden 37 üye bulunuyordu. İnişe yaklaşırken uçak pist üzerinde büyük bir kuş sürüsüne çarptı; soruşturmalara dayanan ikincil anlatımlar, kuşların her iki sol motora da girdiğini belirtiyor. Mürettebat tekrar yükselmeye çalıştı, Hercules sola doğru keskin bir şekilde yattı, sol kanadı çimlere çarptı ve uçak düşerek alev aldı.

Hava trafik kontrolü ve üs itfaiyesi, uçuş planındaki yolcu bilgilerinin Eindhoven'a iletilmediği gerekçesiyle uçakta sadece dört mürettebat üyesinin bulunduğuna inanıyordu. Ambarın içinde insanlar olduğunun ne kadar sürede fark edildiğine dair anlatımlar farklılık gösteriyor: İngilizce özetler yaklaşık otuz dakika, Almanca ansiklopedi girişi ise 23 dakika diyor. On bir kişi canlı olarak kurtarıldı ve bunlardan dördü daha sonra hastanede hayatını kaybetti. Toplamda 34 kişi öldü; dört mürettebat üyesi ve 30 bando üyesi. 7 kişi ise ağır yaralarla kurtuldu.

Olayı birçok soruşturma izledi; "Unutulmuş Pist" kitabının yazarları 2010 yılına kadar yaklaşık kırk rapor sayıyor. Profesör Uri Rosenthal başkanlığındaki Kriz Araştırma Ekibi (COT), sistem hatalarını ve organizasyonel eksiklikleri suçladı. Ekim 1996'da üç hava kuvvetleri subayı görevden alındı: üs komutanı, hava trafik kontrol subayı ve itfaiye komutanı. Haklarında dava açıldı ve sonunda delil yetersizliğinden beraat ettiler. Alman ansiklopedisi, Havacılık Güvenlik Ağı'na atıfta bulunarak, kuş çarpmasından sonra mürettebatın yanlış motoru, yani 3 numaralı motoru kapattığını ekliyor; bu bilgi bu sayfa için resmi bir kaynaktan doğrulanamadı.

2002 yılında, Tweede Kamer'in talebi üzerine, ulusal ulaşım güvenliği kurulu kurtarma operasyonuyla ilgili soruları yanıtladı. Başlıca sonucu, yolcuların kendilerini kurtaramadığı durumlarda, acil servislerin onları zamanında tahliye etmek için yeterli insan gücüne ve gelişmiş ekipmana sahip olmadığıydı. Yolcuların daha erken kurtarılabileceği yönündeki hükümetin sonucunu açıkça paylaşmadı: Eindhoven'da veya başka bir yerde böyle bir sistem mevcut değildi ve 2002 yılında da büyük ölçüde mevcut değildi. Havaalanı yangın ve kurtarma hizmetleri ile askeri uçaklarda sivillerin taşınması konusunda dört tavsiyede bulundu.

Eindhoven'ın nakliye üssü olarak ikinci hayatı, 334. Filo'nun Fokker F27 uçaklarıyla Soesterberg'den taşınmasıyla Mayıs 1992'de başladı. F27 Atlantik'i geçemediği için 1996'da hizmetten çıkarıldı ve yerini KDC-10, DC-10, C-130, Gulfstream IV, Fokker 50 ve Fokker 60U uçakları aldı. Tankerler ise Hollanda'nın 1992'de satın aldığı iki DC-10-30CF uçağıyla Martinair'den geldi; bunlardan biri Martinair Flight 495 kazasında imha edilince üçüncüsü satın alındı. İki uçak, Ekim 1994 ile Aralık 1995 arasında KDC-10 tanker-nakliye uçağına dönüştürüldü.

Prins Bernhard (T-264) ve Jan Scheffer (T-235) isimli KDC-10 uçakları, çeyrek yüzyıl boyunca Eindhoven'ın simge uçakları haline geldi. Üssün kendi açıklamasına göre, 2018'deki bir EDA tatbikatında, Hollanda'ya ait KDC-10, Inherent Resolve Operasyonu sırasında Irak ve Suriye üzerinde 'lik bir kullanılabilirlik sağladı ve 1.000'den fazla koalisyon uçağına yaklaşık 6,5 milyon litre yakıt aktardı. T-264 Kasım 2019'da, T-235 ise Ekim 2021'de hizmetten çekildi; her ikisi de Amerikan yüklenici Omega Aerial Refueling Services'e devredildi.

Halefleri ortaktır. Çokuluslu MRTT Filosu, 2012'deki Chicago zirvesinde kararlaştırılan bir NATO girişiminden doğmuştur. Hollanda ve Lüksemburg, Temmuz 2016'da iki Airbus A330 MRTT siparişiyle projeyi başlattı; Almanya ve Norveç Eylül 2017'de, Belçika Ocak 2018'de ve Çek Cumhuriyeti 2019'da katılarak siparişi sekize çıkardı. Polonya, imzadan birkaç gün önce 2016'da çekildi. Ortaklar, tek tek uçak gövdeleri yerine uçuş saatleri satın alıyorlar.

İlk A330 MRTT uçağı Haziran 2020'de teslim edildi. Filo'nun ana operasyon üssü Eindhoven olup, Almanya'daki Köln ileri operasyon üssü olarak görev yapmaktadır ve 11. ve 12. uçakların 2028 ortalarında ve 2029 başlarında gelmesiyle Danimarka'daki Karup da ek bir üs olacaktır. İlk operasyonel yetenek Mart 2023'te, tam operasyonel yetenek ise Mart 2026'da elde edildi. Danimarka ve İsveç Haziran 2025'te iki ek uçakla, Finlandiya ise Temmuz 2026'da katılarak dokuz üyeye ulaştı. Hava kuvvetlerinin üs sayfasında hala altı NATO ortağından bahsedilmektedir; NATO'nun kendi sayımı daha günceldir.

Eindhoven artık Hava Kuvvetleri Hava Hareketlilik Komutanlığı'nın karargahı olup, Savunma Bakanlığı'nın belirttiği dört görevi şunlardır: hava taşımacılığı ve havadan havaya yakıt ikmali, kargo ve yolcu işlemleri, havaalanının askeri ve sivil kullanıcılar için açık tutulması ve Hollandalı ve yabancı birliklere ev sahipliği yapılması. Komutanlığa beş filo bağlıdır: Gulfstream uçaklarıyla 334. Filo, C-130 uçaklarıyla 336. Filo ve lojistik, havaalanı hizmetleri ve bakım için 940, 941 ve 942. Filolar.

336. Filo, standart ve uzatılmış H-30 versiyonlarında olmak üzere dört adet C-130 Hercules uçağı (G-273, G-275, G-781 ve G-988) kullanmaktadır. Bu uçakların yerini, Avusturya ve İsveç ile birlikte satın alınan Embraer C-390'lar alacak olup, ilk uçağın 2027 yılının sonunda, son uçağın ise 2029 yılında teslim edilmesi beklenmektedir. 334. Filo'nun hükümet uçağı ise 2014 yılında üretilen Gulfstream G650ER V-117'dir ve savunma liderliği, acil geri dönüşler ve Kraliyet Ailesi uçuşları için 15 yolcuya kadar taşıyabilmektedir.

Hollanda birimlerinin yanında üç çok uluslu kuruluş daha bulunmaktadır. Avrupa Hareket Koordinasyon Merkezi 1 Temmuz 2007'den beri Eindhoven'da faaliyet göstermektedir. Avrupa Hava Taşımacılığı Komutanlığı 1 Temmuz 2010'da kurulmuş ve 1 Eylül 2010'da Eindhoven'da Belçika, Fransa, Almanya ve Hollanda tarafından faaliyete geçirilmiştir; Lüksemburg 22 Kasım 2012'de, İspanya Temmuz 2014'te ve İtalya Aralık 2014'te katılmıştır. Yaklaşık 200 kişilik kadrosuyla yedi üyesinin hava taşımacılığı, havadan havaya yakıt ikmali ve hava ambulansı tahliye filolarını yönetmektedir. Üçüncüsü ise A330 tanker uçaklarıyla MMU'dur.