Plány na letiště v Eindhovenu sahají podle historie samotného letectva až do roku 1921, ale létání začalo až v září 1932, kdy bylo na 55 hektarech trávy otevřeno civilní letiště Welschap. Terminál následoval v květnu 1935. S blížící se válkou jej pak převzala armáda: ministerstvo obrany datuje rekvizici k mobilizaci v dubnu 1939, zatímco studie letiště Luftwaffe od Henryho deZeng uvádí září 1939.

Německá vojska obsadila letiště dva dny po invazi 10. května 1940 a přejmenovala ho na Fliegerhorst Eindhoven. Expanze začala okamžitě. DeZeng zaznamenává, že Luftwaffe v červnu 1940 přivezla několik tisíc nizozemských dělníků a do konce července dokončila hlavní ranvej. Letiště se rozrostlo na více než dvojnásobek své předválečné velikosti, se třemi zpevněnými ranvejemi uspořádanými do velkého A, dvěma o délce 1 500 metrů a jednou o délce 1 200 metrů, všechny pokryté asfaltem a barevně tónované tak, aby splynuly s okolními poli.

Fliegerhorst byla rušná bombardovací a noční stíhací stanice. DeZeng uvádí II./KG 4 od června 1940 do března 1941, období KG 30 a KG 2 do začátku roku 1944 a I./NJG 2 v polovině roku 1944. Spojenci na ni opakovaně útočili: 22. února 1944 ji bombardovaly P-47, 30. března ji bombardovaly střemhlavým bombardováním a 14. června 1944 nálet 63 bombardérů B-24 Liberator zničil sedm nočních stíhaček Ju 88 na zemi.

Němci zaminovali ranveje za účelem demolice na konci května 1944 a demolice dokončili 5. září. Američtí výsadkáři 101. výsadkové divize osvobodili Eindhoven 18. září 1944 během operace Market Garden a následující den byla nad letištěm vztyčena nizozemská vlajka. Britské opravárenské jednotky poté zasypaly přibližně 1650 kráterů po bombách, aby RAF mohla letiště využívat. Toto letiště se stalo Advanced Landing Ground B.78 pro Typhoon a průzkumná křídla RAF a Královského kanadského letectva.

Nizozemské královské letectvo se na základnu přesunulo v roce 1952, kdy byly v Eindhovenu zformovány 314., 315. a 316. perutě jako stíhací bombardéry na letounech Republic F-84G Thunderjet. Všechny tři byly v roce 1956 přeměněny na letouny F-84F Thunderstreak se šípovým křídlem. Po téměř dvě desetiletí byl Eindhoven domovem tří proudových perutí najednou. Byl to začátek 42 let létání stíhacích letounů z pole.

315. peruť odjela do Twenthe v dubnu 1970. 314. peruť přešla v roce 1970 na NF-5A a do roku 1988 se přesunula do Gilze-Rijen, jak vyplývá z historie perutě, kterou uchovává nadšenecký web F-16.net; vlastní historie letectva uvádí pouze to, že odletěla několik let po 315. 316. peruť, přezdívaná Falcon, zůstala a létala s NF-5A od roku 1971. Její odznak zobrazoval hnědého sokola na žlutém pozadí s mottem Doelbewust en trefzeker, odhodlaný a přesný.

V roce 1991 byla 316. peruť přeměněna na F-16A, počínaje v Gilze-Rijen a poté se vrátila do Eindhovenu; historie základny uvádí NF-5 v provozu až do roku 1991. Bílá kniha obrany z roku 1993, která po studené válce zmenšila početní stav letectva, peruť ukončila a 316. peruť byla 1. dubna 1994 rozpuštěna, čímž se uzavřelo 42 let stíhacího létání v Eindhovenu. Od února 1983 do roku 1995 byla základna řízena jedním velením s Gilze-Rijen; obě základny byly opět odděleny, protože se jejich úkoly rozcházely.

Hluk formoval letiště dlouho předtím, než stíhačky odletěly. Ministerstvo obrany uvádí, že kvůli stížnostem obyvatel Eindhovenu byl v roce 1984 změněn směr ranveje, aby se odlétající letadla vyhnula centru města. Ve stejném roce byl na druhé straně letiště otevřen civilní terminál navržený Leem de Beverem, což je začátek dnešního společného vojenského a civilního letiště.

Krátce po šesté hodině večer v pondělí 15. července 1996 se belgický letoun C-130H Hercules CH-06 přiblížil z Itálie k Eindhovenu. Na palubě byli čtyři belgičtí členové posádky a 37 členů Fanfarekorpsu Královské nizozemské armády. Na krátkém závěru letadlo narazilo nad ranvejí do velkého hejna ptáků; sekundární zprávy založené na vyšetřování hovoří o špačcích, kteří byli pohlceni oběma levými motory. Posádka se pokusila o obrat, Hercules se prudce naklonil doleva, jeho levé křídlo narazilo do trávy a letadlo se zřítilo a začalo hořet.

Řízení letového provozu a hasičský sbor základny se domnívali, že na palubě byli pouze čtyři členové posádky, protože údaje o cestujících z letového plánu nebyly předány do Eindhovenu. Údajné údaje o tom, jak dlouho trvalo, než si někdo uvědomil, že v nákladovém prostoru jsou lidé, se liší: anglické shrnutí uvádějí asi třicet minut, heslo německé encyklopedie 23 minut. Jedenáct lidí bylo vyvedeno živých a čtyři z nich později zemřeli v nemocnici. Celkem zemřelo 34 lidí, všichni čtyři členové posádky a 30 hudebníků, a 7 přežilo s vážnými zraněními.

Následovalo mnoho šetření; autoři knihy De vergeten ramp napočítali asi čtyřicet zpráv do roku 2010. Krizový výzkumný tým (COT) pod vedením profesora Uri Rosenthala obvinil z chyb systém a organizační selhání. V říjnu 1996 byli tři důstojníci letectva zbaveni svých povinností: velitel základny, důstojník řízení letového provozu a velitel hasičského sboru. Byli stíháni a nakonec osvobozeni pro nedostatek důkazů. Heslo v německé encyklopedii s odvoláním na Aviation Safety Network dodává, že posádka po nárazu ptáka vypnula nesprávný motor, číslo 3; tuto skutečnost nebylo možné pro tuto stránku potvrdit z oficiálního zdroje.

V roce 2002 na žádost Tweede Kamer, národní rada pro bezpečnost dopravy, odpověděla na otázky týkající se záchranné operace. Jejím hlavním závěrem bylo, že pokud se cestující nemohou zachránit sami, záchranné složky postrádají dostatek pracovních sil a moderního vybavení, aby je včas dostaly ven. Výslovně nesdílela závěr vlády, že cestující mohli být zachráněni dříve: systém pro to neexistoval, ať už v Eindhovenu nebo jinde, a z velké části neexistoval ani v roce 2002. Vydala čtyři doporučení týkající se hasičských a záchranných složek na letištích a přepravy civilistů ve vojenských letadlech.

Druhý život Eindhovenu jako transportní základny začal v květnu 1992, kdy se ze Soesterbergu přesunula 334. peruť s letouny Fokker F27. F27 nemohl přeletět Atlantik a do roku 1996 byl vyřazen z provozu. Nahradily ho letouny KDC-10, DC-10, C-130, Gulfstream IV, Fokker 50 a Fokker 60U. Tankery pocházely od společnosti Martinair, jejíž dva letouny DC-10-30CF Nizozemsko koupilo v roce 1992; když byl jeden zničen při havárii letu Martinair 495, byl zakoupen třetí. Dva byly mezi říjnem 1994 a prosincem 1995 přestavěny na transportní tankery KDC-10.

Letouny KDC-10 s označením Prins Bernhard (T-264) a Jan Scheffer (T-235) se staly na čtvrt století charakteristickými letouny Eindhovenu. Podle vlastních slov základny na cvičení EDA v roce 2018 si nizozemský KDC-10 v rámci operace Inherent Resolve udržel 95% dostupnost nad Irákem a Sýrií a dodal téměř 6,5 milionu litrů paliva více než 1 000 koaličním letadlům. T-264 byl stažen z provozu v listopadu 2019 a T-235 v říjnu 2021; oba putovaly k americkému dodavateli Omega Aerial Refueling Services.

Jejich nástupce je společný. Mnohonárodní flotila MRTT vznikla z iniciativy NATO dohodnuté na summitu v Chicagu v roce 2012. Nizozemsko a Lucembursko zahájily projekt v červenci 2016 objednávkou dvou Airbusů A330 MRTT; Německo a Norsko se připojily v září 2017, Belgie v lednu 2018 a Česká republika v roce 2019, čímž se objednávka zvýšila na osm. Polsko odstoupilo v roce 2016, několik dní před podpisem. Partneři kupují letové hodiny, nikoli jednotlivé draky letadel.

První A330 MRTT byl dodán v červnu 2020. Hlavní operační základnou flotily je Eindhoven, předsunutou operační základnou je Kolín nad Rýnem v Německu a Karup v Dánsku, který bude následovat, až v polovině roku 2028 a začátkem roku 2029 dorazí 11. a 12. letadlo. Počáteční operační schopnosti bylo dosaženo v březnu 2023 a plné operační schopnosti v březnu 2026. Dánsko a Švédsko se připojily v červnu 2025 se dvěma dalšími letadly a Finsko v červenci 2026, čímž se počet členů zvýšil na devět. Stránka základny letectva stále uvádí šest partnerských států NATO; vlastní počet NATO je novější.

Eindhoven je nyní velitelstvím Velitelství vzdušné mobility letectva, jehož čtyři úkoly ministerstvo obrany uvádí jako leteckou dopravu a doplňování paliva ve vzduchu, odbavení nákladu a cestujících, udržování letiště otevřeného pro vojenské i civilní uživatele a hostování nizozemských i zahraničních jednotek. Patří k němu pět letek: 334. letka s Gulfstreamem, 336. letka s C-130 a 940., 941. a 942. letka pro logistiku, letištní služby a údržbu.

336. peruť létá se čtyřmi letouny C-130 Hercules, G-273, G-275, G-781 a G-988, a to jak ve standardní, tak i prodloužené verzi H-30. Tyto letouny mají být nahrazeny Embraerem C-390, zakoupeným společně s Rakouskem a Švédskem, přičemž první letadlo se očekává na konci roku 2027 a poslední v roce 2029. Vládním tryskáčem 334. perutě je Gulfstream G650ER V-117, vyrobený v roce 2014, který přepravuje až 15 cestujících pro vedení obrany, urgentní repatriace a lety královské domácnosti.

Vedle nizozemských jednotek působí tři nadnárodní subjekty. Koordinační centrum pro pohyby v Evropě (Movement Coordination Centre Europe) sídlí v Eindhovenu od 1. července 2007. Evropské velitelství letecké dopravy (European Air Transport Command) bylo zřízeno 1. července 2010 a slavnostně otevřeno v Eindhovenu 1. září 2010 Belgií, Francií, Německem a Nizozemskem; Lucembursko se k němu připojilo 22. listopadu 2012, Španělsko v červenci 2014 a Itálie v prosinci 2014. Jeho úkolem je letecká doprava, doplňování paliva ve vzduchu a letecká evakuace pro sedm členů s přibližně 200 zaměstnanci. Třetím je Velitelství letecké dopravy (MMU) s tankery A330.