Según la propia historia de la fuerza aérea, los planes para un aeródromo en Eindhoven se remontan a 1921, pero los vuelos no comenzaron hasta septiembre de 1932, cuando se inauguró el aeródromo civil de Welschap en 55 hectáreas de césped. En mayo de 1935 se construyó una terminal. Posteriormente, los militares se hicieron cargo del aeródromo al acercarse la guerra: el Ministerio de Defensa fecha la requisición en la movilización de abril de 1939, mientras que el estudio del aeródromo de la Luftwaffe realizado por Henry deZeng sitúa la fecha en septiembre de 1939.

Las tropas alemanas ocuparon el aeródromo dos días después de la invasión del 10 de mayo de 1940 y lo rebautizaron como Fliegerhorst Eindhoven. La expansión comenzó de inmediato. DeZeng registra que la Luftwaffe contrató a varios miles de trabajadores holandeses en junio de 1940 y terminó la pista principal a finales de julio. El aeródromo creció hasta alcanzar más del doble de su tamaño anterior a la guerra, con tres pistas pavimentadas dispuestas en forma de A mayúscula, dos de 1500 metros y una de 1200 metros, todas cubiertas de asfalto y pintadas para mimetizarse con los campos circundantes.

La base aérea de Fliegerhorst era un importante centro de bombarderos y cazas nocturnos. DeZeng menciona al II./KG 4 desde junio de 1940 hasta marzo de 1941, periodos del KG 30 y el KG 2 hasta principios de 1944, y al I./NJG 2 a mediados de 1944. Los Aliados la atacaron repetidamente: los P-47 la ametrallaron el 22 de febrero de 1944, la bombardearon en picado el 30 de marzo, y el 14 de junio de 1944 una incursión de 63 B-24 Liberator destruyó siete cazas nocturnos Ju 88 en tierra.

Los alemanes minaron las pistas de aterrizaje para su demolición a finales de mayo de 1944 y completaron las demoliciones el 5 de septiembre. Paracaidistas estadounidenses de la 101.ª División Aerotransportada liberaron Eindhoven el 18 de septiembre de 1944, durante la Operación Market Garden, y la bandera holandesa fue izada sobre el aeródromo al día siguiente. Posteriormente, unidades de reparación británicas rellenaron unos 1650 cráteres de bombas para que la RAF pudiera utilizar el campo, que se convirtió en la pista de aterrizaje avanzada B.78 para las alas de Typhoon y reconocimiento de la RAF y la Real Fuerza Aérea Canadiense.

La Real Fuerza Aérea de los Países Bajos se instaló en Eindhoven en 1952, cuando se formaron los escuadrones 314, 315 y 316 como escuadrones de cazabombarderos con el Republic F-84G Thunderjet. Los tres se equiparon con el F-84F Thunderstreak de ala en flecha en 1956. Durante casi dos décadas, Eindhoven albergó tres escuadrones de cazas a reacción simultáneamente. Fue el inicio de 42 años de operaciones de caza desde este aeródromo.

El Escuadrón 315 partió hacia Twenthe en abril de 1970. El Escuadrón 314 se convirtió al NF-5A en 1970 y se trasladó a Gilze-Rijen en 1988, según la historia del escuadrón que conserva el sitio web para entusiastas F-16.net; la propia historia de la fuerza aérea solo indica que se marchó unos años después del 315. El Escuadrón 316, apodado Falcon, permaneció allí y voló el NF-5A desde 1971. Su emblema mostraba un halcón marrón sobre fondo amarillo, con el lema Doelbewust en trefzeker, decidido y preciso.

En 1991, el Escuadrón 316 se equipó con el F-16A, comenzando en Gilze-Rijen antes de regresar a Eindhoven; el historial de la base sitúa al NF-5 en servicio hasta 1991. El Libro Blanco de Defensa de 1993, que redujo la fuerza aérea tras la Guerra Fría, puso fin al escuadrón, y el Escuadrón 316 fue disuelto el 1 de abril de 1994, poniendo fin a 42 años de vuelo de cazas en Eindhoven. Desde febrero de 1983 hasta 1995, la base estuvo bajo un mismo mando que Gilze-Rijen; ambas se separaron de nuevo al divergir sus funciones.

El ruido marcó el aeródromo mucho antes de que los cazas partieran. Debido a las quejas de los residentes de Eindhoven, según el Ministerio de Defensa, en 1984 se cambió la dirección de la pista para que los aviones que despegaban evitaran el centro de la ciudad. Ese mismo año se inauguró una terminal civil diseñada por Leo de Bever al otro lado del aeródromo, dando origen al actual aeropuerto compartido militar y civil.

Poco después de las seis de la tarde del lunes 15 de julio de 1996, un C-130H Hercules CH-06 de la Fuerza Aérea Belga se aproximaba a Eindhoven procedente de Italia. A bordo viajaban cuatro tripulantes belgas y 37 miembros del Cuerpo de Fanfarria del Ejército Real de los Países Bajos. En la aproximación final, la aeronave se topó con una gran bandada de pájaros sobre la pista; informes secundarios basados en las investigaciones indican que se trataba de estorninos, que fueron succionados por ambos motores izquierdos. La tripulación intentó abortar el aterrizaje, pero el Hercules giró bruscamente hacia la izquierda, su ala izquierda impactó contra la hierba y la aeronave se estrelló y se incendió.

El control de tráfico aéreo y el servicio de bomberos de la base creían que solo los cuatro tripulantes estaban a bordo, ya que los datos de los pasajeros del plan de vuelo no se habían transmitido a Eindhoven. Los relatos difieren en cuanto al tiempo que transcurrió antes de que alguien se percatara de que había personas en la bodega: los resúmenes en inglés indican unos treinta minutos, mientras que la entrada de la enciclopedia alemana menciona 23 minutos. Once personas fueron rescatadas con vida y cuatro de ellas fallecieron posteriormente en el hospital. En total murieron 34 personas: los cuatro tripulantes y 30 músicos; siete sobrevivieron con heridas graves.

Se realizaron numerosas investigaciones; los autores del libro De vergeten ramp contabilizan unos cuarenta informes hasta 2010. El Equipo de Investigación de Crisis (COT), dirigido por el profesor Uri Rosenthal, atribuyó la causa a errores del sistema y fallos organizativos. En octubre de 1996, tres oficiales de la fuerza aérea fueron relevados de sus funciones: el comandante de la base, el controlador de tráfico aéreo y el comandante del servicio de bomberos. Fueron procesados y finalmente absueltos por falta de pruebas. La entrada de la enciclopedia alemana, citando a la Red de Seguridad Aérea, añade que la tripulación apagó el motor equivocado, el número 3, tras el impacto con el ave; esta información no pudo ser confirmada por una fuente oficial para esta página.

En 2002, a petición de la Tweede Kamer, la Junta Nacional de Seguridad del Transporte respondió a preguntas sobre el rescate. Su principal conclusión fue que, cuando los ocupantes no pueden salvarse a sí mismos, los servicios de emergencia carecían del personal y el equipo avanzado necesarios para evacuarlos a tiempo. Rechazó explícitamente la conclusión del gobierno de que los pasajeros podrían haber sido rescatados antes: el sistema para ello no existía, ni en Eindhoven ni en ningún otro lugar, y en gran medida seguía sin existir en 2002. Formuló cuatro recomendaciones sobre los servicios de bomberos y rescate aeroportuarios y sobre el transporte de civiles en aeronaves militares.

La segunda etapa de Eindhoven como base de transporte comenzó en mayo de 1992, cuando el Escuadrón 334 se trasladó desde Soesterberg con el Fokker F27. El F27 no podía cruzar el Atlántico y fue retirado en 1996, siendo reemplazado por el KDC-10, el DC-10, el C-130, el Gulfstream IV, el Fokker 50 y el Fokker 60U. Los aviones cisterna provenían de Martinair, cuyos dos DC-10-30CF fueron adquiridos por los Países Bajos en 1992; cuando uno fue destruido en el accidente del vuelo 495 de Martinair, se adquirió un tercero. Dos de ellos fueron convertidos en aviones cisterna-transporte KDC-10 entre octubre de 1994 y diciembre de 1995.

Los KDC-10, denominados Prins Bernhard (T-264) y Jan Scheffer (T-235), se convirtieron en el avión emblemático de Eindhoven durante un cuarto de siglo. Según el propio informe de la base, en un ejercicio de la EDA en 2018, el KDC-10 neerlandés mantuvo una disponibilidad del 95 % sobre Irak y Siria durante la Operación Resolución Inherente y suministró casi 6,5 millones de litros de combustible a más de 1000 aeronaves de la coalición. El T-264 fue retirado en noviembre de 2019 y el T-235 en octubre de 2021; ambos fueron entregados al contratista estadounidense Omega Aerial Refueling Services.

Su sucesor es compartido. La Flota Multinacional MRTT surgió de una iniciativa de la OTAN acordada en la cumbre de Chicago en 2012. Países Bajos y Luxemburgo lanzaron el proyecto en julio de 2016 con un pedido de dos Airbus A330 MRTT; Alemania y Noruega se unieron en septiembre de 2017, Bélgica en enero de 2018 y la República Checa en 2019, elevando el pedido a ocho aeronaves. Polonia se retiró en 2016, días antes de la firma. Los socios compran horas de vuelo en lugar de aeronaves individuales.

El primer A330 MRTT se entregó en junio de 2020. Eindhoven es la base operativa principal de la flota, con Colonia en Alemania como base operativa avanzada, y Karup en Dinamarca se unirá cuando lleguen los aviones número 11 y 12 a mediados de 2028 y principios de 2029. La capacidad operativa inicial se alcanzó en marzo de 2023 y la plena capacidad operativa en marzo de 2026. Dinamarca y Suecia se unieron en junio de 2025 con dos aviones adicionales, y Finlandia en julio de 2026, sumando así nueve miembros. La página de la base de la fuerza aérea aún menciona seis socios de la OTAN; el recuento de la propia OTAN es más reciente.

Eindhoven es ahora la sede del Comando de Movilidad Aérea de la fuerza aérea, cuyas cuatro funciones, según el Ministerio de Defensa, son el transporte aéreo y el reabastecimiento de combustible en vuelo, la gestión de carga y pasajeros, el mantenimiento del aeródromo para usuarios militares y civiles, y la acogida de unidades holandesas y extranjeras. Cinco escuadrones pertenecen a este comando: el Escuadrón 334 con el Gulfstream, el Escuadrón 336 con el C-130, y los Escuadrones 940, 941 y 942 para logística, servicios aeroportuarios y mantenimiento.

El Escuadrón 336 opera cuatro C-130 Hercules, G-273, G-275, G-781 y G-988, tanto en su versión estándar como en la versión alargada H-30. Está previsto que sean reemplazados por el Embraer C-390, adquirido conjuntamente con Austria y Suecia, con la primera aeronave prevista para finales de 2027 y la última para 2029. El avión oficial del Escuadrón 334 es un Gulfstream G650ER V-117, construido en 2014, con capacidad para hasta 15 pasajeros, destinado a la cúpula de defensa, repatriaciones urgentes y vuelos de la Casa Real.

Tres organismos multinacionales coexisten con las unidades neerlandesas. El Centro de Coordinación de Movimientos de Europa se encuentra en Eindhoven desde el 1 de julio de 2007. El Mando Europeo de Transporte Aéreo se estableció el 1 de julio de 2010 y se inauguró en Eindhoven el 1 de septiembre de 2010 por Bélgica, Francia, Alemania y los Países Bajos; Luxemburgo se unió el 22 de noviembre de 2012, España en julio de 2014 e Italia en diciembre de 2014. Gestiona las flotas de transporte aéreo, reabastecimiento en vuelo y evacuación aeromédica de sus siete miembros, con una plantilla de aproximadamente 200 personas. El tercero es la Unidad de Mantenimiento de Aeronaves (MMU) con sus aviones cisterna A330.